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Présentations

Description


Mise au point et validation d’un nouveau kit de PCR en temps réel pour la tuberculose

La tuberculose bovine (TB) est une maladie chronique qui touche le bétail, ainsi que les animaux sauvages, et qui est principalement causée par Mycobacterium bovis. Le kit de détection du complexe Mycobacterium tuberculosis (CMTB) Applied Biosystems™ VetMAX™, un nouvel outil moléculaire, permet la détection simultanée de mycobactéries appartenant au complexe Mycobacterium tuberculosis (CMTB) et un contrôle interne. Pour démontrer les performances du kit, des études de vérification ont été menées sur du bétail et différents animaux sauvages.

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Mise au point et validation du kit de détection de MAP VetMAX™-Gold

Le kit de détection de MAP homologué par l’USDA VetMAX™-Gold est un dosage PCR en temps réel pour la détection in vitro rapide de l’ADN de MAP purifiée d’excréments bovins. L’analyse cible un élément de séquence unique dans le génome de MAP pour produire des résultats hautement sensibles et précis. L’objectif de cette étude est de déterminer les caractéristiques de performance du kit de détection de MAP VetMAX™-Gold en matière de détection de l’ADN de MAP dans l’acide nucléique extrait d’échantillons fécaux de bovins individuels et en pool.

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Obtenir le bon résultat du premier coup avec le contrôle positif interne Xeno

Les matrices d’échantillons animaux utilisées pour les tests de diagnostic QPCR peuvent contenir différents inhibiteurs de PCR susceptibles d’entraîner de faux résultats négatifs. Afin de proposer une solution permettant de diagnostiquer les problèmes de santé des animaux d’élevage de façon plus précise, nous avons mis au point un contrôle positif interne qui peut facilement être intégré à des flux de travail basés sur TaqMan™ existants pour détecter la présence d’inhibiteurs de PCR, réduisant ainsi le risque de faux résultats négatifs.

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Surveillance des souches de SDRP européennes à l’aide de technologies de séquençage

Le SDRP est causé par un virus à ARN simple brin à polarité positive présentant un taux de mutation élevé, ce qui accentue l’hétérogénéité de la séquence de nucléotides entre les souches individuelles. La grande diversité génétique du virus augmente le risque de sensibilité réduite de l’outil de diagnostic par RT-PCR en temps réel. L’objectif de la présente étude était de surveiller une souche de SDRP en circulation dans toute l’Europe à l’aide du séquençage capillaire du gène ORF7 et de la technologie NGS.

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Analyse de la prévalence du Tritrichomonas fœtus chez les taureaux dans l’état de Chihuahua, au Mexique, avec le système de préparation d’échantillons MagMAX™ et le kit de détection de la trichomonase VetMAX™-Gold

La prévalence de la trichomonase bovine au Mexique, et plus particulièrement dans l’état de Chihuahua, est inconnue, car aucun test de diagnostic n’a été appliqué à grande échelle. Par conséquent, l’objectif de cette étude était d’estimer la prévalence de la trichomonase chez les taureaux dans l’état de Chihuahua à l’aide d’un test de diagnostic moléculaire reposant sur la PCR en temps réel : le kit de détection de la trichomonase VetMAX™-Gold, homologué par l’USDA (United States Department of Agriculture - ministère de l’Agriculture des États-Unis).

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Le concept OHC (Optimized herd concept) - Une solution stratégique complète pour le contrôle du SDRP

Dans l’industrie porcine, les épidémies de SDRP sont redoutées en raison de leur impact économique dévastateur. Bien qu’il existe de nombreux tests de diagnostic du SDRP, notamment les techniques ELISA et PCR, la bonne interprétation des résultats quant à l’état réel du SDRP constitue un défi de taille. La diversité génétique des isolats de SDRP, la persistance prolongée du SDRP et le comportement immunologique complexe du virus1 sont remarquables. Il a été démontré que la vaccination contre le SDRP était un outil efficace pour limiter la maladie clinique ; cependant, cette pratique ne prévient en aucun cas l’infection par le SDRP. 

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Mise au point et validation d’une solution complète pour le test du SIV

Nous avons validé un flux de travail de test du SIV comprenant la purification d’acides nucléiques à haut débit, la détection du SIV et le sous-typage du SIV à partir d’écouvillons nasaux de porc. Le SIV peut être détecté à l’aide du kit de détection de SIV homologué par l’USDA VetMAX™-Gold, un kit de RT-PCR en temps réel à tube simple en une étape pour le dépistage rapide et précis de la grippe A. L’analyse cible trois régions indépendantes du génome de SIV pour limiter considérablement le nombre de faux négatifs dus à la mutation du génome viral.

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Des outils de diagnostic plus rapides et plus simples pour la gestion du SDRP touchant le bétail : comparaison de méthodes de prélèvement et prévalence dans des conditions réelles

Plusieurs études avaient pour objectif de comparer les méthodes de prélèvement de salive aux méthodes de prélèvement de sang / sérum et de tissu, et d’établir une recommandation en matière de prélèvement de salive dans des conditions réelles pour un diagnostic plus rapide du SDRP en utilisant une méthode de prélèvement plus simple. Thermo Fisher Scientific a demandé à plusieurs laboratoires et instituts de recherche à travers le monde d’évaluer les outils de PCR en temps réel en utilisant plus de 800 échantillons de génotypes différents prélevés sur le terrain. Des études menées sur le terrain en Europe et en Amérique du Nord ont permis d’évaluer les performances du kit concernant les prélèvements de salive.

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La salive comme procédure de diagnostic pour détecter et déterminer la prévalence du SDRP dans des conditions réelles

D’après l’expérimentation de souches européennes et nord-américaines du virus du syndrome dysgénésique et respiratoire du porc (SDRP), la probabilité de détecter le SDRP dans la salive est fortement associée à la prévalence du SDRP dans le sérum (p<0,0001). Si la prévalence dans le sérum est supérieure à 50 %, la probabilité de détecter ce virus dans des prélèvements de salive est proche de 1. Par conséquent, le prélèvement de salive est un bon outil pour détecter le SDRP au niveau du bétail, mais cette méthode n’est pas appropriée pour déterminer la prévalence de cette maladie.

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Mise au point et validation d’un nouveau kit de PCR en temps réel pour la peste porcine africaine

La peste porcine africaine (PPA) est une maladie extrêmement contagieuse à déclaration obligatoire qui peut entraîner des pertes économiques importantes. Étant donné qu’il n’existe encore aucun vaccin ni traitement, la surveillance de la PPA par le diagnostic est le seul moyen de la contrôler et est donc d’une importance capitale. Un nouveau kit de PCR duplex en temps réel ciblant le gène p72 et un contrôle interne ont été mis au point, et leurs performances de diagnostic de la PPA ont été évaluées.

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Pourquoi la standardisation des règlements et des méthodes d’analyse de laboratoire de la trichomonase d’un état à l’autre est-elle importante pour les producteurs de viande bovine ?

Dr Kathy Simmons, Vétérinaire en chef, National Cattlemen’s Beef Association, Washington. L’harmonisation des règlements des différents états concernant la trichomonase pour assurer la circulation du bétail entre les états faciliterait le mouvement du bétail à la vitesse du commerce. Des procédures d’analyse de la trichomonase bien définies, réfléchies et mutuellement acceptées entre les états voisins pourraient éliminer les procédures d’analyse redondantes et réduire le danger que représentent les analyses répétées ou inutiles pour les animaux et les éleveurs.*

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Comment l’état du Kansas est passé d’une réglementation inexistante concernant la trichomonase à l’application de règlements efficaces en la matière et de méthodes de test de diagnostic acceptées

Dr Bill Brown, Commissaire à la santé animale, département de l’Agriculture du Kansas, Topeka Kansas. Présentation de l’adoption de nouveaux règlements plus complets concernant la trichomonase au Kansas pour le transfert de propriété à l’intérieur de l’état et la circulation et les tests de diagnostic du bétail entre différents états. Le Dr Brown a nommé un groupe de travail composé de quatre vétérinaires et de quatre producteurs de viande bovine pour mener l’évaluation visant à améliorer la gestion de la trichomonase dans l’état du Kansas.*

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Pourquoi la standardisation des règlements et des procédures d’analyse de laboratoire de la trichomonase est-elle bénéfique pour les vétérinaires et leurs clients producteurs de viande bovine ?

Dr Jeremy VanBoening - Republican Valley Medical Center, Alma / Holbrook / Franklin Nebraska. Le Dr VanBoening a constaté une grande variabilité dans les protocoles de gestion d’échantillons recommandés parmi les laboratoires de diagnostic de l’état. Les laboratoires divergent sur la question de savoir si les échantillons doivent être incubés et mis au frais, sur la manière dont les échantillons sont expédiés et sur les milieux de collecte privilégiés. La standardisation des recommandations de laboratoire pour la collecte et la manipulation des échantillons améliorerait la qualité des échantillons soumis aux fins d’analyse.*

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Mise au point d’un flux de travail de séquençage de la grippe A sur le séquenceur Ion PGM™ pour améliorer la surveillance

Le séquençage complet du génome est essentiel à l’identification, la surveillance et la caractérisation continues de la grippe A. Lors du séquençage de génomes viraux, les acides nucléiques des hôtes de fond peuvent être co-traités pendant la préparation de la bibliothèque, ce qui entraîne une réaction de séquençage lors de laquelle la plupart des lectures sont utilisées par le génome de l’hôte. Une solution à ce problème consiste à exécuter une pré-amplification

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Détection du virus de la grippe A dans des prélèvements de salive et des écouvillons nasaux de
porcs vaccinés contre la grippe A

La détection de la grippe A dans des populations porcines à l’aide d’écouvillons nasaux nécessite beaucoup de main-d’œuvre et est relativement peu sensible chez les porcs non fébriles (1). Comme alternative, il a été démontré que les échantillons de salive constituaient d’excellents échantillons de surveillance pour plusieurs virus respiratoires porcins (2,3,4). L’objectif de cette étude était de comparer le taux de détection de la grippe A à l’aide de la technique RT-PCR, par isolement viral (IV) et à l’aide de l’analyseur VetScan® (Abaxis Inc.).

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Corrélation entre une analyse PCR en temps réel commerciale et une culture HEYM pour la détection de MAP dans des échantillons fécaux de bovins

Les programmes de contrôle des maladies de Mycobacterium avium, sous-espèce paratuberculosis (MAP) reposent sur des outils précis et sensibles visant à détecter les animaux infectés. La détection basée sur les cultures de MAP prend de nombreuses semaines, tandis que la PCR permet une détection rapide. Plusieurs analyses PCR en temps réel commerciales et de nombreuses analyses conviviales du même type permettent de détecter MAP dans des échantillons fécaux de bovins.

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Établissement d’une limite de diagnostic présumée pour les bovins infectés de manière persistante

Le virus de la diarrhée virale bovine provoque une infection chez le bétail responsable d’importantes pertes économiques à la fois pour la filière bovine et l’industrie laitière. L’infection à BVDV in utero peut entraîner une tolérance immunitaire, les animaux étant infectés de manière persistante toute leur vie. Ces animaux excrètent en permanence le virus et sont la principale source d’infection dans les troupeaux. Les animaux présentant une infection aiguë ou transitoire transmettront la maladie et indiqueront

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Mise en commun d’échantillons en culture de Tritrichomonas fœtus, utilisation du système de préparation d’échantillons MagMAX™ et amplification avec les réactifs qPCR Applied Biosystems

Les objectifs de cette étude étaient les suivants : 1) comparer plusieurs flux de travail de préparation d’échantillons (ébullition, QIAGEN et MagMAX™) et les dosages PCR en temps réel actuellement utilisés par les laboratoires de test de diagnostic avec le système MagMAX™ et les réactifs Applied Biosystems VetMAX™ pour les tests individuels de T. fœtus, et (2) évaluer la faisabilité de

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Une préparation d’échantillons standardisée pour plusieurs matrices d’échantillons

Il existe diverses méthodes pour traiter les différentes matrices d’échantillons. Cela peut être une source de confusion et de frustration pour les chercheurs manipulant plusieurs types d’échantillons. Ce résumé décrit le kit d’ARN / ADN de pathogènes MagMAX™ qui est conçu pour offrir une solution plus standardisée pour permettre aux laboratoires de commander un seul kit pour diverses matrices d’échantillons ainsi que différents volumes d’entrée pour chaque échantillon. Cela permettra aux laboratoires de manipuler

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