在蛋白质组学研究中,科学家们常常面临一个棘手难题:当我们对血清、血浆或脑脊液等体液样本进行质谱分析时,那些数量极少却具有重要生物学意义的低丰度蛋白,总被少数几种高丰度蛋白所掩盖。白蛋白和IgG 这两种蛋白就占据了血清总蛋白的70%以上,使得质谱仪的灵敏度和鉴定深度大打折扣。
在典型体液样本中,高丰度蛋白的比例高达97%-99%,而低丰度蛋白虽然数量众多,却仅占蛋白质总量的1%-3%。
这些低丰度蛋白往往是疾病特异性生物标志物或药物靶点,能否有效“去噪”成为质谱检测成败的关键。
传统去噪技术:各有局限的“过滤器”
为了在质谱分析中“捕捉”这些珍贵的低丰度蛋白,科研人员开发了多种高丰度蛋白去除技术,但每种方法都有其局限性:
- 亲和层析技术:利用固定化配基或多克隆抗体特异性结合靶蛋白。特异性相对较高,但操作步骤多、耗时长;去除蛋白种类和效率受限于配基质量和数量;可能存在非特异性结合或交叉污染;成本相对较高(尤其多抗);物种适用性受限。
- 低丰度蛋白富集法:利用组合化学肽库平等化/富集低丰度蛋白。理论上能富集更多种类的低丰度蛋白,但操作复杂且标准化程度要求高;蛋白得率可能较低;富集效果受文库性质影响;成本高。
- 多重亲和去除系统:采用色谱柱去除人血浆中14种高丰度蛋白,但对不同物种适用性不同。
这些方法共同面临着操作时间长、去除蛋白种类有限、物种特异性强、可能引入交叉污染、成本高等挑战,制约着蛋白质组学研究的深度和效率。
赛默飞High-Select™系列——高效、快速、可靠的高丰度蛋白去除方案
面对传统方法的局限和新兴技术的挑战,赛默飞世尔科技凭借深厚的亲和层析技术积淀,推出了High-Select™系列高丰度蛋白去除产品,为质谱分析样本前处理提供成熟、稳定、高性能的优选方案!
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创新的离心柱设计将处理时间从传统方法的20-30分钟缩短至5-10分钟,效率提升50%以上。操作流程标准化、简单快速,无需复杂孵育或特殊设备,实验员上手更容易。
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严格质控,批次间一致性高。一次性使用设计杜绝交叉污染,确保不同批次实验间的重复性和可靠性。

高丰度蛋白去除增强独特蛋白质鉴定能力。样本分三组:(a) 未处理正常人血浆,(b) HSA/免疫球蛋白去除处理,(c) Top14高丰度蛋白去除处理。所有的样品都在还原/烷基化后,采用胰蛋白酶酶解, 随后在Orbitrap Fusion Tribrid质谱仪上进行LC-MS分析,参数为60分钟梯度洗脱,每次进样750 ng(三次重复)。最后使用Thermo Scientific Proteome Discoverer 1.4软件匹配人蛋白质数据库。结果显示,非冗余蛋白组鉴定数:Top14去除组(c)显著高于未处理组(a)及HSA/免疫球蛋白去除组(b)。
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