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TaqMan™ Assayによる簡単CNV（コピー数多型）解析

Written by | Published: 05.14.2020

TaqMan Assaysを使用した一塩基多型（SNP)のジェノタイピングは、広く研究に用いられています。しかし、コピー数多型の解析について聞いたことがありますか？そこで今回は、TaqMan Copy Number Assaysについて、ご紹介いたします。

▼こんな方におすすめです！
・手軽にコピー数解析を行いたい
・マイクロアレイ、NGSによるCNV解析のバリデーションをしたい
・ノックアウトマウスの作成（レポーター遺伝子のコピー数解析）

CNV（Copy Number Variation）－コピー数多型とは

CNVは、1 Kbから数MbのDNAセグメントがリファレンスゲノムと比較して、コピー数が変動している構造変化の一種です。このCNVは遺伝子発現に影響を与える可能性があり、特定の表現型や疾患に関連する可能性があります。この変動はヒトゲノムの約12％をカバーする領域で報告され、欠損と重複が含まれます。Applied Biosystems™ TaqMan Copy Number Assaysは、大きなサンプルセットのコピー数の変化を検証するための、簡便、高精度かつ、ハイスループットにも対応可能なアプローチを提供します。

TaqMan Copy Number Assaysはどのように機能するのでしょうか？

TaqMan Copy Number Assaysは、FAMラベルの標的遺伝子のアッセイとVICラベルのリファレンスアッセイを同じウェルで使用するMultiplex反応で行います。同一ウェルで同一サンプルを検出することで小さな変化を検出することが可能です。リファレンスアッセイは、サンプル間で変動のない、コピー数既知の遺伝子をターゲットにします。たとえば、RNase Pは2つのコピー(ゲノムあたり1コピー)で安定していることが示されているため、ヒトサンプルによく使用されます。
コピー数を決定するには、未知のサンプルとキャリブレーターサンプル（ターゲット遺伝子のコピー数がわかっているサンプル）の間で相対定量することにより行います。サンプルは両アッセイ、マスターミックスと組み合わされ、4反復でリアルタイムPCRにかけられます。

無償提供ソフトウェアで解析の簡素化が可能に

リアルタイムPCRの結果からΔCt値を計算します。ΔCtはアッセイ間のCt値の差（標的遺伝子アッセイCt値－リファレンスアッセイCt値）です。次に、未知サンプルのΔCtからキャリブレーターサンプルのΔCtを差し引くことでΔΔCt値を計算し、2－ΔΔCtから相対定量値を算出します。最後に、相対定量値にキャリブレーターサンプルのコピー数（この場合は2）を掛けます。
当社はリアルタイムPCR装置からエクスポートされたデータを使用してすべての分析を行うApplied Biosystems™ CopyCaller™ Softwareを無償提供しています。ソフトウェアは、データの信頼性を評価するのに役立つ統計値を提供し、キャリブレーターサンプルを使用しない場合でもコピー数を計算できます。

まとめ

・標的遺伝子とリファレンス遺伝子のアッセイをMultiplex反応
・解析は無償のCopy Caller Softwareで実施
・ヒト、マウスについては多数のデザイン済みAssayをご用意

CNV解析を行われる方は、TaqMan Copy Number Assaysの使用をご検討ください。
Copy Caller Softwareのダウンロードはこちら>>
Copy Caller Softwareを使用できるリアルタイム機器の問い合わせはこちら>>

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研究用にのみ使用できます。診断用には使用いただけません。

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