Banques de criblage CRISPR Cas9 | Thermo Fisher Scientific

Bibliothèques CRISPR pour le criblage de génomique fonctionnelle

Le criblage CRISPR vous permet d’effectuer des analyses ciblées de perte de fonction sur des ensembles de gènes pertinents ou des collections personnalisées, ou des criblages CRISPR impartiaux à l’échelle du génome en toute confiance.

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Bibliothèques d’ARNg LentiArray et LentiPool pour le criblage CRISPR

Développez vos capacités de criblage CRISPR avec les bibliothèques d’ARNg lentiviral. Les bibliothèques lenvirales facilitent l’exécution des modifications génétiques CRISPR pour des centaines de gènes à la fois. Les bibliothèques CRISPR Invitrogen LentiArray et LentiPool primées utilisent des ARNg de conception avancée pour une efficacité de knock-out maximale sans sacrifier la spécificité.

Formats de bibliothèque lentivirales

Bibliothèques CRISPR LentiArray

Livrées sur plaques disposées en réseau avec une cible génétique (et jusqu’à quatre ARNg) par puits. Compatibles avec les plateformes de criblage à haut débit.

Two images showing difference in format between LentiArray CRISPR library and Lentipool CRISPR library

Bibliothèques CRISPR LentiPool

Collections de lentivirus à ARNg regroupées dans un seul tube. Facilitez le criblage CRISPR-Cas9 sans avoir besoin d’une infrastructure à haut débit.

Les bibliothèques CRISPR sont construites à l’aide de notre algorithme exclusif de conception d’ARNg, qui intègre les dernières recherches et notre vaste expérience interne. Les conceptions d’ARNg sont sélectionnées pour une efficacité de knock-out maximale sans compromettre la spécificité. Pour chaque cible génétique, nous incluons jusqu’à quatre ARNg de haute qualité pour nous assurer que la bibliothèque lentivirale fournira un knock-out de haute efficacité des gènes cibles dans un large éventail de types de cellules.

Bibliothèques CRISPR LentiArray pour le criblage CRISPR à haut débit en réseau

Les bibliothèques CRISPR LentiArray sont livrées sur des plaques à 96 puits disposées en réseau, compatibles avec les plateformes de criblage à haut débit. Ces bibliothèques lentivirales fournissent un système flexible qui n’impose pas de limites à la conception de vos tests de génomique fonctionnelle ou à vos objectifs de recherche.

Données : Les bibliothèques CRISPR LentiArray permettent d’obtenir une haute efficacité de modification génétique pour la plupart des gènes ciblés

Images d’un graphique et de transferts Western montrant que l’efficacité de la modification était élevée pour les cellules transduites avec les ARNg de la bibliothèque CRISPR LentiArray

Figure 1. Les ARNg de la bibliothèque CRISPR LentiArray permettent d’obtenir une grande efficacité de modification pour un grand pourcentage de gènes ciblés.(A) Les cellules HT1080 exprimant de façon stable Cas9 ont été transduites avec des particules lentivirales ARNg LentiArray disposées en réseau contre un sous-ensemble de gènes trouvés dans la bibliothèque CRISPR de biologie du cancer chez les humains LentiArray. L’analyse NGS a montré que 87 % des gènes ciblés ont été éliminés à >une efficacité de 50 % (ligne rouge) et 77 % >à une efficacité de 70 % (ligne violette). (B) Les cellules U87MG et A431 exprimant de façon stable Cas9 ont été transduites avec des ARNg lentiviraux individuels, puis récoltées pour l’analyse par transfert Western à l’aide d’anticorps spécifiques contre les gènes cibles correspondants. L’absence de protéines AKT, PIK3R1 et EGFR détectables démontre un knock-out efficace des protéines par cette méthode.

Bibliothèques CRISPR LentiPool pour un criblage abordable

Les bibliothèques CRISPR LentiPool permettent le criblage CRISPR-Cas9 sans avoir besoin d’une infrastructure à haut débit. Ces bibliothèques lentivirales regroupées de haute qualité couvrent les mêmes cibles génétiques que nos bibliothèques LentiArray et sont livrées sous forme de particules de lentivirus prêtes à l’emploi à haut titre (>1 x 10⁸ TU/ml) pour un criblage de knock-out de gènes avec un impact maximal.

Les bibliothèques CRISPR LentiPool comprennent des lentivirus qui codent jusqu’à quatre ARNg pour chaque gène ciblé, regroupés en un seul tube. Toutes les analyses peuvent être effectuées à l’aide du séquençage de nouvelle génération (NGS). La qualité de nos bibliothèques LentiPool est contrôlée par NGS pour confirmer la représentation de l’ARNg et des gènes.

Flux de travaux de criblage des bibliothèques CRISPR regroupées

	Génération de cellules exprimant Cas9 : Transduction lentivirale des cellules avec des particules lentivirales LentiArray Cas9 Sélection avec la blasticidine Expansion des cellules résistantes
	Transduction avec une bibliothèque d’ARNsg groupée Transduction lentivirale des cellules exprimant Cas9 avec la bibliothèque d’ARNsg LentiPool Sélection avec la puromycine Expansion des cellules résistantes
	Criblage primaire par sélection positive ou négative : Sélection positive (+) : Appliquer un traitement aux cellules (p. ex. des médicaments, un perturbateur chimique) Sélection négative (–) : Diviser les cellules en échantillons de référence et d’expérimentation Appliquer une pression sélective ou un traitement uniquement à l’échantillon expérimental
	Identification des résultats par NGS Analyse par séquençage à haut débit de l’ARNsg enrichi [sélection positive (+)] ou appauvri [sélection négative (-)] à partir de l’ADN génomique

Figure 2.Flux de travaux pour le criblage groupé lentiviral. Une lignée cellulaire stable exprimant Cas9 est générée avec la nucléase lentivirale LentiArray Cas9 en utilisant la sélection pour la résistance à la blasticidine. Ces cellules exprimant Cas9 sont ensuite transduites avec la bibliothèque d’ARNsg LentiPool au niveau de la MOI appropriée et soumises à une sélection pour la résistance à la puromycine. La population transduite subit alors une pression sélective ou un traitement tel qu’un médicament ou un perturbateur chimique. L’ADN génomique est isolé et les inserts d’ARNsg sont amplifiés par PCR. Enfin, les amplicons sont ensuite séquencés pour déterminer quels gènes ont été enrichis/appauvris en réponse au traitement.

Contrôles positifs, négatifs et de délivrance pour le criblage CRISPR

Les contrôles de haute qualité jouent un rôle essentiel dans la réussite du développement et des performances des criblages à haut débit. N’oubliez pas de commander des contrôles pour vous aider à optimiser les conditions de livraison, à optimiser l’efficacité de modification et à établir des critères de sélection des résultats.

Pour les bibliothèques CRISPR LentiArray, nous proposons un ensemble d’options de contrôle de délivrance négatives ou positives qui peuvent être fournies avec ou sans construction exprimant la GFP. Le marqueur GFP peut fournir un affichage visuel pour faciliter l’optimisation rapide des conditions de livraison virale.

Commandez les bibliothèques CRISPR LentiArray et LentiPool

Ces bibliothèques CRISPR comprennent jusqu’à quatre ARNg par cible génétique avec un gène par puits. Les bibliothèques lentivirales sont disponibles en deux formats :

100 μl (2 x 50 μl) de particules lentivirales prêtes à l’emploi par cible génétique avec un titre moyen de 1 x 10⁸ TU/ml
Les stocks de glycérol livrés sous forme de 50 μl par ARNg, qui peuvent être utilisés comme centre de stockage pour générer vos propres bibliothèques groupées ou disposées en réseau. Veuillez noter que l’utilisation de ce format nécessite la préparation de plasmides et le conditionnement lentiviral.

Des bibliothèques CRISPR prédéfinies et personnalisées sont disponibles, allant d’ensembles de gènes ciblés à des bibliothèques de génomes entiers. Notre bibliothèque CRISPR du génome médicamenteux est conçue pour identifier les cibles thérapeutiques potentielles impliquées dans le développement et la progression des maladies.

Les cibles génétiques contenues dans chaque bibliothèque CRISPR ont été sélectionnées à l’aide des bases de données génomiques les plus récentes, y compris la base de données RefSeq du NCBI, et ont été recoupées avec la base de données du Gene Ontology Consortium (GO) et/ou le Comité de nomenclature des gènes HUGO (HGNC). Les conceptions d’ARNg pour chaque cible ont ensuite été créées à l’aide d’un algorithme de conception exclusif développé par les scientifiques de Thermo Fisher Scientific.

Banques de criblage CRISPR Cas9 disponibles

Vous recherchez des bibliothèques CRISPR au format LentiPool ? Plus d’informations ici

Bibliothèque CRISPR et description	Comptage de gènes*	Comptage d’ARNg*	Format LentiArray
Bibliothèque CRISPR et description	Comptage de gènes*	Comptage d’ARNg*	Particules prêtes à l’emploi	Stocks de glycérol
Bibliothèque CRISPR du génome entier Conçu pour les dépistages CRISPR à l’échelle du génome afin d’identifier de nouvelles cibles dans les voies biologiques et le développement de maladies.	18 392	73 568	A42234	A32167
Bibliothèque CRISPR du génome médicamenteux Conçue pour identifier les cibles thérapeutiques potentielles impliquées dans le développement et la progression des maladies.	10 132	40 512	Nous contacter	A32184
Bibliothèque CRISPR des kinases Les kinases étant impliquées dans de nombreuses cascades de signalisation et leur dérégulation étant liée au développement de maladies, les kinases sont une classe clé de cibles médicamenteuses. D’autres cibles génétiques ont été sélectionnées à partir de la base de données KinBase et d’autres ressources.	822	3 288	A42234	A32167
Bibliothèque CRISPR de GPCR En tant que régulateurs de nombreux processus physiologiques et pathologiques, les récepteurs couplés aux protéines G (RCPG) sont apparus comme l’une des classes de gènes les plus susceptibles d’être des cibles thérapeutiques, puisque près de 30 % des médicaments approuvés par la FDA les ciblent.	446	1 784	A42282	A32183
Bibliothèque CRISPR de biologie du cancer Cible certains des gènes les plus courants impliqués dans le développement du cancer. D’autres cibles génétiques ont été sélectionnées dans l’Atlas du génome du cancer (TCGA).	510	2 040	A42268	A32169
Bibliothèque CRISPR d’épigénétique La régulation épigénétique de l’expression génétique joue un rôle central dans le développement normal et est reconnue comme un facteur contribuant au développement de nombreuses maladies.	396	1 548	A42269	A32170
Bibliothèque CRISPR d’ubiquitine Le système de l’ubiquitine fait partie intégrante du maintien de l’homéostasie cellulaire en régulant le renouvellement des protéines. Sa dérégulation est liée au cancer, aux infections virales, aux maladies neurodégénératives, musculo-squelettiques, cardiovasculaires et métaboliques.	943	3 722	A42270	A32171
Bibliothèque CRISPR du cycle cellulaire Les régulateurs du cycle cellulaire sont importants pour le développement normal ainsi que pour le cancer et les maladies cardiovasculaires, inflammatoires et neurodégénératives. Les cibles comprennent les kinases dépendantes des cyclines (CDK), essentielles à la progression du cycle cellulaire ; les régulateurs de la progression du cycle cellulaire tels que les protéines de la famille CIP/KIP et les inhibiteurs du cycle cellulaire INK4 ; les protéines de la famille du rétinoblastome ; et les facteurs de réplication de l’ADN tels que les protéines du cycle de division cellulaire (CDC).	1 444	5 776	A42271	A32172
Bibliothèque CRISPR de trafic membranaire Les protéines de trafic membranaire sont impliquées dans la libération de neurotransmetteurs et d’endocrines, la phagocytose, l’endocytose, l’autophagie et d’autres processus.	141	564	A42272	A32173
Bibliothèque CRISPR de facteur de transcription Les facteurs de transcription sont les principaux régulateurs de l’expression génétique.	1 817	7 724	A42273	A32174
Bibliothèque CRISPR des récepteurs d’hormones nucléaires Les récepteurs d’hormones nucléaires sont une famille de facteurs de transcription qui sont activés par des ligands liposolubles tels que les hormones stéroïdes, l’hormone thyroïdienne, la vitamine D et l’acide rétinoïque, et qui régulent le métabolisme, le développement, la prolifération, la reproduction et d’autres processus biologiques.	47	188	A42274	A32175
Bibliothèque CRISPR d’apoptose L’apoptose est un processus étroitement régulé essentiel au maintien de l’homéostasie dans les organismes multicellulaires. L’inhibition de l’apoptose peut entraîner un cancer, des maladies auto-immunes et inflammatoires et une infection virale, tandis qu’une suractivation peut entraîner une atrophie, des lésions tissulaires et des maladies neurodégénératives.	904	3 616	A42275	A32176
Bibliothèque CRISPR des transporteurs de médicaments Les protéines de transport jouent un rôle clé en pharmacologie, affectant ainsi la façon dont les molécules sont déplacées à travers les membranes cellulaires.	98	392	A42276	A32177
Bibliothèque CRISPR de canaux ioniques Les canaux ioniques sont des protéines membranaires intégrales qui établissent le gradient électrochimique à l’origine du potentiel de repos de la membrane et de la formation des potentiels d’action. Ceux-ci sont essentiels à la conduction nerveuse, à la contraction cardiaque et musculaire, à la libération d’insuline pancréatique, à l’activation des cellules T et à d’autres processus.	328	1 312	A42277	A32178
Bibliothèque CRISPR de protéines de surface cellulaire Le vaste réseau de protéines de surface cellulaire permet aux cellules de recevoir des informations de leur environnement et d’y réagir.	778	3 112	A42278	A32179
Bibliothèque CRISPR de protéase Outre la dégradation des protéines, les protéases sont également des molécules de signalisation intégrales, la dérégulation des voies de signalisation des protéases est impliquée dans les maladies cardiovasculaires, les troubles neurologiques, le cancer et les maladies inflammatoires.	475	1 900	A42279	A32180
Bibliothèque CRISPR de suppresseurs de tumeur Les suppresseurs de tumeur sont des régulateurs négatifs de la progression du cycle cellulaire, et la perte ou la mutation de gènes suppresseurs de tumeur est souvent impliquée dans le cancer. D’autres cibles ont été sélectionnées dans la base de données des gènes suppresseurs de tumeurs (TSGene).	716	2 864	A42280	A32181
Bibliothèque CRISPR de réponse aux dommages causés par l’ADN Les protéines de surveillance de l’ADN surveillent continuellement l’intégrité de l’ADN et peuvent activer les points de contrôle du cycle cellulaire et les voies de réparation de l’ADN en réponse aux dommages subis.	561	2 244	A42281	A32182
Bibliothèque CRISPR de phosphatase La phosphorylation réversible joue un rôle central dans la régulation des voies de transduction du signal. Les phosphatases déphosphorylent leurs protéines cibles, font partie intégrante de la régulation des voies de signalisation et sont des cibles thérapeutiques potentielles.	288	1 152	A42267	A32168
Bibliothèque CRISPR personnalisée	Personnalisé	Personnalisé	Nous contacter	Nous contacter

* Le nombre de gènes et le nombre d’ARNg sont sujets à changement

Ressources et assistance pour les bibliothèques CRISPR

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Communiqué de presse sur les 10 innovations les plus en vue de The Scientist

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