plant genotyping in cotton

新型单核苷酸多态性(SNP)的发现对于植物基因分型至关重要,可以为关键作物标记辅助选育程序提供多个候选标记。近期实时PCR和新一代测序的改进更加简化了SNP的发现并使其更具性价比。我们提供了一系列解决方案,可以简化您所有的重测序研究,帮助您完成实验,实现生产目标。

阅读Franziska Turck在德国科隆马普所的采访,探讨了在她的拟南芥研究工作中使用测序获得谱图的优势。

SNP为何重要?

SNP是DNA序列中与所需性状相关的小的变异。SNP与数量性状基因座 (QTL) 谱图联合使用,用于开发标记辅助选育程序的测定试剂盒,旨在提高或者增强某些性状,如更高产量、更好的抗逆性,或者增强抗虫性。

植物靶向重测序和SNP分析解决方案

在Ion Personal Genome Machine (PGM) 上使用靶向重测序策略发现重要作物变异体中的新SNP。随后使用 TaqMan测定试剂盒(靶向SNP分析金标准)或者在Applied Biosystems 3500系列基因分析仪上采用Sanger测序来确认您的发现。

下表对我们产品组合中的最佳解决方案进行了比较:

研究需求 最佳实验方法 赛默飞世尔科技平台 原因
将我的作物的多个变异体的序列进行比较以发现功能SNP 通过测序的基因分型 (GBS) Ion Torrent PGM™
  • 速度、成本、可扩展性、简单性
  • PGM™ 还允许您通过测序 (GBS) 应用来实施基因分型
基因组不同区域最多绘制10个 SNP 片段分析

使用CE的SNP基因分型

3500系列基因分析仪

  • 多通路能力:每反应最多10 SNP
在基因组较小区域绘制SNP Sanger测序

使用CE的Sanger测序

3500系列基因分析仪

  • 测序金标准
  • 准确、成本低
  • 简单的工作流程
确认我推测的SNP并为下游工作开发SNP测定试剂盒 通过实时PCR在植物中进行基因分型

TaqMan SNP基因分型测定

TaqMan 主要反应混合物

qPCR仪器

  • 简易快捷的工作流程
  • 靶向SNP分析的金标准
  • 高检出率和准确性
  • 适合不同项目规模的不同规格
    (SNP 数 # x 样本数 #)

使用TaqMan测定试剂盒的拷贝数变异分析

TaqMan拷贝数测定可用于获取特定的、可重现的且易于判读的植物样品的拷贝数结果。此外,该方法简易快捷,工作流程可以自动完成,从而使得能够在一天内处理成百上千的样品。在此订购测定试剂盒