表观遗传学研究抗体

表观遗传学研究基因表达中修饰DNA、RNA和蛋白质,但不改变一级序列的遗传性变更。翻译后修饰(PTM)是调节表观遗传状态的最常用方法之一。许多类型的蛋白质受到PTM的影响,得到最多修饰的蛋白质之一是组蛋白。

组蛋白将基因组DNA包装到核小体中,这使得可将大约2米的DNA放入细胞的细胞核。核小体含有两个亚基,每个亚基由组蛋白H2A、H2B、H3和H4组成。此外,还有组蛋白H1,通常称为连接组蛋白。在组蛋白上发现的最普遍的PTM是甲基化、乙酰化、磷酸化和泛素化。

我们为大多数组蛋白修饰提供特异性抗体。我们还提供数百种用于检测其他表观遗传和转录因子的抗体。我们使用Invitrogen™ABfinity™抗体技术开发了越来越多的用于表观遗传学研究的抗体,以创建重组兔单克隆抗体和寡克隆抗体。ABfinity抗体不易受细胞系漂变或批次间差异的影响,因此可实现最大特异性和性能。

染色质免疫沉淀实验指南    下载表观遗传学抗体海报


已经知道您感兴趣的表观遗传学研究目标?

使用以下搜索工具查找感兴趣的抗体。然后,按照靶标或宿主物种、单克隆或多克隆抗体类型以及其他标准过滤结果。


用于表观遗传学靶标特异性和可重复性检测的抗体

我们不断增加的传统和重组抗体产品系列旨在实现对表观遗传学靶标的检测和表征,对特定的翻译后修饰具有极佳的特异性,而且以抗体批次间的一致性证明了其可重复性。

未在3个批次的H3K9me3抗体中检测到差异。

未在3个批次的H3K9me3抗体中检测到差异。将3个不同批次的组蛋白H3K9me3 ABfinity™重组兔寡克隆抗体(货号710816,0.5 mg/mL)用于经固定和透化的HeLa细胞,进行免疫荧光检测,然后用山羊抗兔 IgG (H+L) Superclonal™二抗、Alexa Fluor™ 488偶联物(货号A27034,0.4 µg/mL,以1:2500稀释)进行标记。左图显示了通过抗体实现的组蛋白H3K9me3蛋白(绿色)的核定位。中图显示使用SlowFade™ Gold Antifade Mountant with DAPI(货号S36938,以1:50稀释)进行的核染色(蓝色)。右图是前两者加上使用Alexa Fluor™ 594鬼笔环肽(货号A12381,以1:200稀释)进行的细胞骨架F-肌动蛋白染色(红色)得到的合成图像。这些数据证明了该ABfinity抗体在检测组蛋白H3K9me3时具有卓越的批次间一致性。


当使用组蛋白去乙酰化酶(HDAC)抑制剂处理细胞时检测到H3K18ac。对使用丁酸钠(5 mM,24小时)或SAHA(0.5 μM,24小时)处理的细胞进行H3K18ac的蛋白质免疫印迹分析,如印迹图底部所示。使用按所示方法处理的HeLa、HCT116、Jurkat和K562细胞核提取物,并将30 μg提取物上样到NuPAGE™ 4–12% Bis-Tris凝胶(货号NP0321BOX)上, 与Novex™ Sharp预染蛋白分子量标准品(货号LC5800)一同在XCell SureLock™电泳系统(货号EI0002)上运行。然后用iBlot™干式印迹系统(货号IB21001)将分离的蛋白质转印到硝酸纤维素膜上。用抗组蛋白H3K18ac兔多克隆抗体( 货号720095)探测印迹,并在使用山羊抗兔 IgG (H+L) Superclonal™二抗、HRP偶联物(货号A27036)标记后进行化学发光检测。在测试的细胞系中观察到一条清晰的对应于组蛋白H3K18ac的17kDa条带。使用β-微管蛋白抗体(货号32-2600)作为上样对照对印迹进行重新探测。


与表观遗传学研究相关的翻译后修饰(PTM)

  • 甲基化 - 一个、两个或三个甲基被引入到赖氨酸或精氨酸中。在组蛋白的情况下,指组蛋白甲基转移酶(HMT)对组蛋白残基和单、二或三甲基化具有特异性。
  • 乙酰化 - 来自乙酰辅酶A的乙酰基通过组蛋白乙酰转移酶(HAT)被引入特异性组蛋白赖氨酸残基中,并且可通过特异性组蛋白去乙酰化酶(HDAC)去除乙酰基。乙酰化通常与基因活化有关。
  • 磷酸化 - 激酶使组蛋白上的特异性丝氨酸、苏氨酸或酪氨酸磷酸化,并且可通过磷酸酶进行去磷酸化。磷酸化通常发生在DNA修复和有丝分裂期间。
  • 泛素化 - 可通过E3连接酶引入泛素,并可通过去泛素化酶(DUB)将其去除。虽然泛素化常常是蛋白质降解的标志,但在这种情况下,泛素化是一种表观遗传标记。

有关表观遗传学和可选抗体的更多信息

组蛋白上的甲基化、乙酰化、磷酸化和泛素化标记是基因表达的关键参与者。这些标记用作打开和压缩染色质的信号,以及促进和拮抗转录的募集因子。


影响表观遗传学的重要组蛋白翻译后修饰位点。


必须使用个体组蛋白修饰特异性抗体,因为每个组蛋白修饰均代表一个独特的基因表达信号。例如,H3位点上的Lys9可以被乙酰化或甲基化。乙酰化是活化标记,甲基化具有不同的信号,具体取决于甲基的数量。经观察发现,H3K9me1在转录起始位点处富集,而H3K9me2和H3K9me3与基因抑制相关。此外,H3K9me2与染色体X失活特异性相关。因此,H3K9位点上的每个修饰都对细胞具有明显的影响,而且知晓修饰的身份是准确表征表达的必要条件。


H3K9me2抗体特异性识别Lys9处的二甲基。使用组蛋白H3K9me2 ABfinity™重组兔单克隆抗体(货号701783)进行交叉反应ELISA,以证明对二甲基 - 组蛋白H3 Lys9(组蛋白H3K9me2)的特异性。以0.004 μg/ mL的浓度包被抗原(H3K9me1、H3K9me2、H3K9me3和H3K9 Nme)。加入10、2.5、0.625和0.156 μg/ mL浓度的抗体,并在使用山羊抗兔IgG (H+L)二抗、HRP偶联物(货号G-21234,以1:5000稀释)标记后进行信号检测。使用Stabilized Chromogen,TMB(货号SB02)使该板呈色,并在488 nm的吸光度下检测。


抗组蛋白修饰的抗体必须具有特异性和敏感性。以H3K4me1为例,H3K4me1抗体必须仅识别H3位点的Lys4上的单个甲基而不识别二甲基化或三甲基化。与在肽段芯片中测试的两种来自竞争对手的抗体产品相比,我们提供的经ChIP验证H3K4me1抗体对该单个修饰的特异性更高,并且产生的总体信号更高(见图)。还在生物学环境中测试了该抗体的特异性。SETD7在Lys4处单甲基化H3。PFI-2是SETD7的有效抑制剂。使用该抗体,我们能够检测到在用PFI-2处理的细胞的核裂解物中H3K4me1下降(见图)。经证明,这种重组寡克隆抗体可用于多种应用中:WB、流式细胞术、IHC、IF和ChIP。


组蛋白H3K4me1检测具有优异的多肽特异性。使用我们的ABfinity™重组兔寡克隆抗体(货号710795)和两家 其他供应商 的靶向H3K4me1的抗体进行肽段芯片验证。将芯片放入 1:2,000 稀释的一抗溶液中孵育过夜。洗涤后,将芯片放入 1:5,000 稀释的山羊抗兔 IgG (H+L) Superclonal ™二抗(货号A27036)溶液孵育 1 小时。将芯片与 SuperSignal™ West Pico 底物(货号 34078)一同孵育,然后采用 myECL ™(货号62236)成像仪成像。


使用H3K4me1寡克隆抗体(货号710795)识别出PFI-2处理的细胞中H3K4me1下降。

使用H3K4me1寡克隆抗体(货号710795)识别出PFI-2处理的细胞中H3K4me1下降。使用所示的各种浓度的SETD7抑制剂对HeLa细胞进行2小时处理。收集细胞,制备染色质结合的核提取物。将在还原样品缓冲液(货号39000)中制备的10 μg染色质结合的酸性核提取物和蛋白分子量标准品(货号 26619)上样到 4–20% 的Tris-甘氨酸聚丙烯酰氨凝胶(货号WT4201BX10)上,进行H3K4me1(上图)的蛋白质免疫印迹分析。使用Pierce™一步转膜缓冲液(货号84731),应用半干式印迹系统(货号62288)将蛋白质转印到硝酸纤维素膜(货号88018)上。在室温下将膜在StartingBlock™ T20(货号37543)中封闭30分钟。

(附图标题续)采用 1:2000 在StartingBlock T20中稀释的H3K4me1 ABfinity™重组兔寡克隆抗体(货号 710795)在 4°C 震荡平台上孵育过夜,然后采用1:5000稀释的山羊抗兔Superclonal™ IgG-HRP 二抗(货号 A27036)孵育1 小时,在大约17kDa条带处检测到H3K4me1。采用SuperSignal™ West Pico底物(货号34078)和myECL成像仪(货号62236)进行化学发光检测。用Restore™ PLUS蛋白质免疫印迹抗体剥离缓冲液(货号46430)剥离印迹,采用在StartingBlock T20中1:2000稀释的组蛋白H3 ABfinity™寡克隆抗体(货号711055)在 4°C 震荡平台上孵育过夜,然后采用1:5000稀释的山羊抗兔Superclonal™ IgG-HRP二抗(货号A27036)孵育1小时,进行上样对照抗体(下图)检测。


靶向常见组蛋白修饰的抗体

组蛋白 位点 修饰 货号 抗体 规格
H2A 所有 所有 710045 组蛋白H2A抗体(15HCLC),ABfinity™兔寡克隆 100 µg
H2A 所有 所有 700158 组蛋白H2A抗体(15H4L7),ABfinity™兔单克隆 100 µg
H2A 所有 ac PA5-40095 乙酰化-组蛋白H2A.Z (Lys5 + Lys7 +Lys11)抗体 50 µg
H2A K5 ac 710830 乙酰化-组蛋白H2A Lys5抗体(3HCLC),ABfinity™兔寡克隆 100 µg
H2A K5 ac 720070 乙酰化-组蛋白H2A (Lys 5)抗体 100 µg
H2A K9 ac MA5-11195 乙酰化-组蛋白H3 (Lys9)抗体(J.924.2) 100 µL
H2B 所有 所有 710912 H2B抗体(18HCLC),ABfinity™兔寡克隆 100 µg
H2B K5 ac 710812 乙酰化-组蛋白H2B (Lys 5)抗体(24HCLC),ABfinity™兔寡克隆 100 µg
H2B K12 ac PA5-40100 乙酰化-组蛋白H2B (Lys12)抗体 50 µg
H2B K20 ac PA5-17821 乙酰化-组蛋白H2B (Lys20)抗体 100 µL
H3 所有 所有 702023 组蛋白H3抗体(17H2L9),ABfinity™兔单克隆 100 µg
H3 所有 所有 701517 组蛋白H3抗体(24HC2 LC12),ABfinity™兔单克隆 100 µg
H3 K4 me1 710795 甲基化-组蛋白H3 (Lys4)抗体(1HCLC),ABfinity™兔寡克隆 100 µg
H3 K4 me1 720072 甲基化-组蛋白H3 (Lys4)抗体 100 µg
H3 K4 me2 701764 二甲基化-组蛋白H3 (Lys4)抗体(24H8L19),ABfinity™兔单克隆 100 µg
H3 K4 me2 710796 二甲基化-组蛋白H3 (Lys4)抗体(24HCLC),ABfinity™兔寡克隆 100 µg
H3 K4 me2 720073 二甲基化-组蛋白H3 (Lys4)抗体 100 µg
H3 K4 me3 49-1039 三甲基化-组蛋白H3 (Lys4)抗体 100 µL
H3 K4 ac PA5-40093 乙酰化-组蛋白H3 (Lys4)抗体 50 µg
H3 K9 me1 701782 甲基化-组蛋白H3 (Lys9)抗体(9H11L2),ABfinity™兔单克隆 100 µg
H3 K9 me1 720091 甲基化-组蛋白H3 (Lys9)抗体 100 µg
H3 K9 me2 701783 二甲基化-组蛋白H3 Lys 9抗体(3H6L4),Abfinity™兔单克隆 100 µg
H3 K9 me2 710815 二甲基化-组蛋白H3 Lys9抗体(2HCLC),ABfinity™兔寡克隆 100 µg
H3 K9 me2 720092 二甲基化-组蛋白H3 (Lys9)抗体 100 µg
H3 K9 me3 701784 三甲基化-组蛋白H3 (Lys9)抗体(21H2L16),ABfinity™兔单克隆 100 µg
H3 K9 me3 710815 二甲基化-组蛋白H3 Lys9抗体(2HCLC),ABfinity™兔寡克隆 100 µg
H3 K9 me3 720093 三甲基化-组蛋白H3 (Lys9)抗体 100 µg
H3 K9 ac 701269 乙酰化-组蛋白H3 (Lys9)抗体(17H12L11),ABfinity™兔单克隆 100 µg
H3 K9 ac 710293 乙酰化-组蛋白H3 (Lys9)抗体(17HCLC),ABfinity™兔寡克隆 100 µg
H3 K14 ac 720094 乙酰化-组蛋白H3 (Lys14)抗体 100 µg
H3 K18 ac 720095 乙酰化-组蛋白H3 (Lys18)抗体 100 µg
H3 K27 me1 720097 甲基化-组蛋白H3 (Lys27)抗体 100 µg
H3 K27 me2 720098 二甲基化-组蛋白H3 Lys27抗体 100 µg
H3 K27 me3 720069 三甲基化-组蛋白H3 Lys27抗体 100 µg
H3 K27 ac 720096 乙酰化-组蛋白H3 (Lys27)抗体 100 µg
H3 K36 me1 701766 甲基化-组蛋白H3 (Lys36)抗体(14H6L21),ABfinity™兔单克隆 100 µg
H3 K36 me1 710798 甲基化-组蛋白H3 Lys36抗体(14HCLC),ABfinity™兔寡克隆 100 µg
H3 K36 me2 710799 二甲基化-组蛋白H3 Lys 36抗体(8HCLC),Abfinity™兔寡克隆 100 µg
H3 K36 me3 49-1017 三甲基化-组蛋白H3 (Lys36)抗体 50 µg
H3 K79 me1 720081 甲基化-组蛋白H3 Lys79抗体 100 µg
H3 K79 me2 710802 二甲基化-组蛋白H3 Lys79抗体(8HCLC),ABfinity™兔寡克隆 100 µg
H3 K79 me2 720079 二甲基化-组蛋白H3 (Lys79)抗体 100 µg
H3 K79 me3 49-1020 三甲基化-组蛋白H3 (Lys79)抗体 50 µg
H3 K79 ac 710805 乙酰化-组蛋白H3 Lys 79抗体(2HCLC),Abfinity™兔寡克隆 100 µg
H3 K79 ac 720082 乙酰化-组蛋白H3 Lys79抗体 100 µg
H4 所有 所有 720166 组蛋白H4抗体 100 µg
H4 K8 ac 710828 乙酰化-组蛋白H4 (Lys8)抗体(9HCLC),ABfinity™兔寡克隆 100 µg
H4 K8 ac 720105 乙酰化-组蛋白H4 (Lys8)抗体 100 µg
H4 K12 ac 701797 乙酰化-组蛋白H4 (Lys12)抗体(6 H18L6),ABfinity™兔单克隆 100 µg
H4 K12 ac 710829 乙酰化-组蛋白H4 (Lys12)抗体(6HCLC),ABfinity™兔寡克隆 100 µg
H4 K12 ac 720106 乙酰化-组蛋白H4 (Lys12)抗体 100 µg
H4 K16 ac 720083 乙酰化-组蛋白H4 (Lys16)抗体 100 µg
H4 K20 me2 720085 二甲基化-组蛋白H4 (Lys20)抗体 100 µg
H4 K20 me2 701777 三甲基化-组蛋白H4 (Lys20)抗体(12 H2L19),ABfinity™兔单克隆 100 µg
H4 K20 me3 720086 三甲基化-组蛋白H4 (Lys20)抗体 100 µg
H4 K20 ac 701778 乙酰化-组蛋白H4 (Lys20)抗体(2H2L2),ABfinity™兔单克隆 100 µg
H4 K20 ac 710810 乙酰化-组蛋白H4 (Lys20)抗体(2HCLC),ABfinity™兔寡克隆 100 µg
H4 K20 ac 720087 乙酰化-组蛋白H4 (Lys20)抗体 100 µg

表观遗传学调控是动态的,包括写入因子、擦除因子和识别因子。写入因子在组蛋白或其他蛋白质上的特异性氨基酸上留下标记。这些写入因子包括组蛋白乙酰转移酶(HATs)、组蛋白甲基转移酶(HMTs)、蛋白质精氨酸甲基转移酶(PRMTs)和激酶。擦除因子去除这些标记,包括组蛋白去乙酰化酶(HDACs)、赖氨酸去甲基化酶(KDMs)和磷酸酶。识别因子与表观遗传标记结合,包括溴结构域、染色质结构域和Tudor结构域蛋白。这些翻译后标记的写入、读取和擦除导致发生可促进或拮抗基因表达的染色质结构变化。这种高度动态的过程调控转录、DNA复制和DNA修复。许多这类蛋白质的突变与疾病有关。

我们为您提供可检测大多数这类写入因子、识别因子和擦除因子靶标的抗体,用于各种应用:蛋白质免疫印迹、IF、IHC、IP、流式细胞术和ChIP。


Writers, readers, and erasers dynamically associate with chromatin and regulate gene expression.

写入因子、识别因子和擦除因子与染色质动态相关并调控基因表达。经MacMillan Publishers Ltd许可转载:Nature Reviews Drug Discovery 13, 673–691 (2014)。请访问 http://www.nature.com/nrd/index.html阅读原文。


CBX5的免疫组化分析,表明与不加一抗的阴性对照(左)相比,石蜡包埋的小鼠脑组织细胞核的染色情况(右)。为了暴露靶蛋白,使用10 mM柠檬酸钠(pH6.0),并通过微波加热8-15分钟,以进行抗原修复。完成抗原修复后,在室温下将组织在3% H2O2-甲醇溶液中封闭15分钟,使用ddH2O和PBS洗涤,然后采用在3% BSA-PBS中1:100稀释的CBX5单克隆抗体(货号730019)在加湿室中以4℃孵育过夜。将组织在PBST中充分洗涤,并使用HRP偶联的二抗进行检测,然后使用DAB试剂盒进行比色法检测。将组织用苏木精复染,并用乙醇和二甲苯脱水进行制备,用于封片。


在70%汇合的对数期MCF-7细胞上进行的PRMT5免疫荧光分析。将细胞用4%多聚甲醛固定10分钟,用0.1% Triton TM X-100透化10分钟,并在室温下用1% BSA封闭1小时。采用以2 μg/mL的浓度用0.1% BSA制备的PRMT5小鼠单克隆抗体(货号730054)标记细胞,并在室温下孵育3小时,然后用1:2000稀释的山羊抗小鼠IgG (H+L) Superclonal™二抗、Alexa Fluor TM 488偶联物(货号A28175)标记,在室温下孵育45分钟(绿色,图A)。细胞核(蓝色,图B)用SlowFade™ Gold Antifade Mountant with DAPI(货号S36938)染色。F-肌动蛋白(红色,图C)用Alexa Fluor TM 555罗丹明鬼笔环肽(货号R415,1:300稀释)染色。图D是显示细胞质定位的合并图像。图E显示不加一抗的对照。图像以60X放大率采集。


HDAC3的染色质免疫沉淀分析。使用来自用血清处理0、15和30分钟的1 x 106个HCT116结肠癌细胞的交联染色质进行实验。采用多重微孔板Matrix ChIP测定法(参见Matrix ChIP方案参考网址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22098709),使用每100 μL孔体积1.0 μL HDAC3多克隆抗体(货号PA1-862)的设置,进行免疫沉淀。每次ChIP拉下(pull-down)实验使用约1 x 105个细胞的染色质等分试样。使用1 μL洗脱的DNA,在含有引物(用于扩增Egr1基因或者Egr1外显子1或外显子2的15 kb上游)的2 μL SYBR实时PCR反应中获取一式四份定量PCR数据。从剪切的总基因组DNA的稀释系列中生成每个引物对的PCR校准曲线。免疫沉淀染色质的定量表示为相对于输入染色质总量的信号。结果代表三次实验的平均值±SEM。Egr-1基因座的示意图显示在数据上方,其中框表示外显子(黑框=翻译区,白框=非翻译区),Z字形线代表内含子,直线代表上游序列。由Egr-1引物扩增的区域用黑条表示。数据由 抗体数据交换计划(Antibody Data Exchange Program)提供。


组蛋白修饰及其相关的写入因子、擦除因子和识别因子。

下表按组蛋白(第1列)排列,然后按位点的氨基酸位置(第2列)排列。如需查找感兴趣的写入因子、擦除因子或识别因子抗体,请使用本页顶部的抗体搜索工具搜索目标。

组蛋白 位点 修饰 识别因子 擦除因子 写入因子
H1 K26 me EZH2   L3MBTL1
H1 S27 ph      
H2A S1 ph MSK1, PKC    
H2A R3 me PRMT6    
H2A K5 ac Tip60, p300, CBP, KAT1, KAT5    
H2A R11 me PRMT1, PRMT6    
H2A R29 me PRMT1, PRMT6    
H2A K119 ub Ring2, Ring1A    
H2A T120 ph Bub1, VprBP, NHK-1    
H2A.X S139 ph ATM, ATR, DNA-PK PP4 MDC1, MDC1, NBS1, 53BP1, TDRr, BRCA1
H2A.X T142 ph WSTF EYA1/3 APBB1
H2B K5 ac p300, ATF2    
H2B K12 ac p300, CBP, ATF2    
H2B S14 ph Mst1    
H2B K15 ac p300, CBP, ATF2    
H2B K20 ac p300    
H2B S33 ph TAF1    
H2B S36 ph AMPK    
H2B K120 ub UBE2E1, RNF20, RNF40, UBE2A, UBE2B    
H3 R2 me PRMT4, PRMT6 JMJD6  
H3 T3 ph Haspin, Vrk1   Survivin
H3 K4 ac   SIRT1, SIRT2, SIRT3, HDAC1, HDAC2, HDAC3  
H3 K4 me MLL1, MLL2, MLL3, MLL4, MLL5, SETD1A, SETD1B, ASH1, SETD7, NSD3 LSD1, LSD2, KDM2B, JARID1A, JARID1B, JARID1C, JARID1D, PHF8, NO66 CHD1, MRG15, PHF20L1, TAF3, ING1, ING2, ING3, ING4, ING5, BPTF, RAG2, ATRX
H3 T6 ph PKC beta    
H3 R8 me PRMT5    
H3 K9 ac GCN5, PCAF, ELP3 SIRT6, SIRT1 BRD4, BAZ1B
H3 K9 me Suv39H1, SUV39H2, G9a, SETDB1, Ash1, KMT1D, CLL8, RIZ1 LSD1, KMD3A, KMD3B, KMD4A, KMD4B, KMD4C, KMD4D, TRIP8, PHF8 L3MBTL1, Tip60, SFMBT, HP1, CDY1, PC1, MPP8, CBX1, CBX2, CBX3, CBX4, CBX5, CBX6, CBX7, CBX8, Np95, JARID1C, ATRX
H3 S10 ph Aurora-B, MSK1, IKK-alpha, Snf1, MSK2, Pim1 PPF 14-3-3
H3 T11 ph Dlk/Zip    
H3 K14 ac GCN5, PCAF, CBP, p300, Tip60, SRC-1, Elp3, KAT12, TAF1, MOZ, MORF   BRD4, BAZ1B, BRG1
H3 R17 me PRMT4   TDRD3
H3 K18 ac GCN5, p300, CBP, PCAF, KAT12    
H3 K23 ac GCN5, Sas3, p300, CBP, KAT3A, KAT3B    
H3 R26 me PRMT4    
H3 K27 ac GCN5, p300, CBP    
H3 K27 me EZH2, G9a, EZH1, NSD3 UTX, JMJD3, PHF8 PC1, CBX2, CBX4, CBX6, CBX7, CBX8, EED
H3 S28 ph Aurora-B, MSK1, MSK2   14-3-3
H3 K36 ac GCN5, PCAF    
H3 K36 me SETD2, NSD1, SMYD2, NSD2, ASH1, SETMAR KDM2A, KDM2B, KDM4A, KDM4B, KDM4C, NO66 MSL3, MRG15, BRPF1, PHF19, PHF1
H3 Y41 ph JAK2    
H3 R42 me CARM1    
H3 Y45 ph PKC-delta    
H3 K56 ac GCN5, CBP, p300 HDAC1, HDAC2, SIRT2, SIRT6  
H3 K79 me Dot1    
H4 S1 ph CKII    
H4 R3 me PRMT 1, PRMT5, PRMT6 JMJD6 TDRD3
H4 K5 ac Hat1, Tip60, ATF2, p300, CBP, HBO1   BRD4
H4 K8 ac GCN5, Tip60, ATF2, Elp3, p300, CBP, HBO1   BRD2, BRD4
H4 K12 ac Hat1, Tip60, p300, CBP   BRD2, BRD4
H4 K16 ac Gcn15, MOF, Tip60, ATF2 SIRT2, SIRT1  
H4 K20 me PR-SET7, SUV4-20H1, SUV20-H2, ASH1, NSD1, SETD8   PHF20L1, L3MBTL1, SFMBT, MBTD1, 53BP1
H4 K91 ac HAT4, GCN5    
H4 K91 ub DTXL3    

多梳家族(PcG)蛋白以多梳抑制复合物(PRC1和PRC2)的形式起作用。PRC复合物修饰组蛋白以及其他蛋白质,通常与基因表达的沉默相关。这些复合物不仅在转录的表观遗传学调控中发挥关键作用,而且在干细胞身份、分化和疾病中也发挥关键作用。 PRC1和PRC2相互作用是动态的:PRC2被募集到染色质中,其组分之一EZH2使H3位点上的抑制性三甲基化Lys27沉积。形成PRC1组分的CBX蛋白被募集到H3K27me3标记中。  PRC1中的RING蛋白可作为E3泛素连接酶并将H2A位点上的Lys119泛素化——这是发育过程中的一个关键沉默标记。


11-PcG-proteins-Epigenetics-500x278px

多梳抑制复合物(PRC1和PRC2)的功能。


使用抗组蛋白H2A-Ub兔多克隆抗体富集内源性组蛋白H2A-Ub蛋白。

使用抗组蛋白H2A-Ub兔多克隆抗体富集内源性组蛋白H2A-Ub蛋白。使用MAGnify TM染色质免疫沉淀系统(货号49-2024),采用抗组蛋白H2A-Ub兔多克隆抗体(货号720148,3 μg)在来自2 x 106 个HeLa细胞的剪切染色质上进行染色质免疫沉淀(ChIP)。正常的兔IgG(1 μg)用作阴性IP对照。在Applied Biosystems TM 7500快速实时PCR系统(货号4351106)上分析纯化的DNA,用于无活性SAT2卫星重复区域的优化的PCR引物对用作阳性对照靶标,活性cFOS(FOS)β-肌动蛋白(ACTB)区域的启动子用作阴性对照靶标。应用比较 Ct值法,将结果表示为与阴性对照IgG相比抗体信号的倍数富集。


使用EZH2对HCT 116细胞进行的流式细胞分析。

使用EZH2对HCT 116细胞进行的流式细胞分析。将细胞用70%乙醇固定10分钟,用0.25% Triton TM X-100透化20分钟,并在室温下用5% BSA封闭30分钟。采用EZH2兔多克隆抗体(货号36-6300,红色直方图)或采用兔同型对照抗体(粉红色直方图),在2.5%BSA中以3-5 μg/106个细胞的浓度标记细胞。在室温下孵育2小时后,采用1:400稀释的山羊抗兔二抗、Alexa Fluor TM 488偶联物(货号A-11008)标记细胞,在室温下孵育30分钟。使用Applied Biosystems TM Attune TM声波聚焦流式细胞仪采集并分析每个样品的10000个代表性细胞。紫色直方图表示未染色的对照细胞,绿色直方图表示无一抗的对照细胞。


PcG成员
  • Ring1a
  • CBX4
  • CBX7
  • PCGF6
  • HPH3
  • RbAp46
  • EZH1
  • Ring1b
  • CBX5
  • PCGF2
  • HPH1
  • EZH2
  • RbAp48
  • CBX2
  • CBX6
  • PCGF4
  • HPH2
  • SUZ12
  • EED

转录因子识别并结合DNA上的特异性序列。它们可以通过改变RNA聚合酶募集来激活或抑制基因表达。这类因子可以单独起作用或结合为复合物。一些因子结合未修饰的蛋白质,而其他因子则需要蛋白质修饰(如磷酸化)才能与之结合。一些转录因子是基础转录因子,而其他转录因子则响应环境或细胞内信号。这类其他因子在发育或分化过程中至关重要。转录因子也可能涉及发病机理;这类转录因子包括癌基因和肿瘤抑制因子。


NF-κB(p65)的蛋白质免疫印迹分析。

NF-κB(p65)的蛋白质免疫印迹分析。将20 μg HeLa、A549、A431、K562、Jurkat、HEK-293和MDA-MB-231细胞裂解物上样到NuPAGE TM 4-12%Bis-Tris凝胶(货号NP0321BOX)上,与 Novex™ Sharp预染蛋白分子量标准品(货号LC5800)一同在XCell SureLock™电泳系统(货号EI0002)上运行,并使用iBlot™干式印迹系统(货号IB21001)对蛋白质进行转印,从而进行实验。将蛋白质转印到硝酸纤维素膜上,并用5%脱脂牛奶在室温下封闭1小时。采用以0.5-1 μg/mL的浓度用0.5%脱脂牛奶制备的NF-κB(p65)小鼠寡克隆抗体(货号710048)在4℃震荡平台上孵育过夜,在约65kDa处检测NF-κB(p65)。采用1:5000稀释的山羊抗兔IgG HRP二抗(货号G-21234),使用Novex TM ECL化学发光底物试剂盒(货号WP20005)进行化学发光检测。使用β-微管蛋白(货号32-2600)作为上样对照对印迹进行重新探测。


用特异性抗体对NF-κB-p65进行的ChIP-qPCR分析。

用特异性抗体对NF-κB(p65)进行的ChIP-qPCR分析。使用MAGnify™染色质免疫沉淀系统(货号49-2024),采用3 μg/mL的NF-κB-p65 Abfinity TM寡克隆抗体(货号710048)在来自用TNF-α(50 ng/mL,1小时)处理的2 x 106个HeLa细胞的剪切染色质上进行实验。正常的兔IgG(3 μg/mL)用作阴性IP对照。使用Applied BiosystemsTM StepOnePlus TM实时PCR系统(货号4376600)分析来自每个ChIP样品的纯化DNA,用于IL-8和IL-6基因启动子的引物用作阳性对照靶标,GAPDH基因用作阴性对照靶标。应用比较 Ct值法,将结果表示为与阴性对照IgG相比抗体信号的倍数富集。


用siRNA转染HeLa细胞后检测到的SMAD2表达。

用siRNA转染HeLa细胞后检测到的SMAD2表达。分别使用50nM Silencer TM SMAD2 siRNA(货号115714)(泳道3)、50nM Silencer TM阴性对照siRNA(泳道2)转染细胞,或保持其未转染(泳道1)。然后通过凝胶电泳分离来自细胞裂解物的蛋白质,将其转印至膜并使用SMAD2 ABfinity TM单克隆抗体(货号700048,0.5 μg/mL)和山羊抗兔IgG (H+L) Superclonal™二抗、HRP偶联物(货号A27036,0.4 μg/mL,1:2500稀释)进行蛋白质免疫印迹检测。使用肌动蛋白抗体(货号PA5-16914)作为上样对照对印迹进行重新探测。归一化为肌动蛋白的条带的相对密度证实了SMAD2表达的沉默和ABfinity TM抗体的特异性。