GeneArt Strings DNA 片段和文库

可直接用于克隆的合成基因——每个实验室都负担得起

GeneArt™ Strings DNA片段是使用和GeneArt™基因合成相同的高质量工艺从合成核苷酸组装而成的用户定制、非克隆双链线性DNA片段,长度从150bp 至 3000bp。Strings DNA片段以干粉形式投递,可直接重悬、克隆并筛选以得到正确克隆。

GeneArt™ Strings DNA文库是 200 – 2000 bp 的 GeneArt™ Strings DNA片段的混合,包含最多3段随机分布的简并核苷酸。每段可包含最多30bp使用全 IUPAC编码的DNA核苷酸(U 不可选)。 每段简并核苷酸之间需要由30 bp非简并核苷酸分隔。

所有GeneArt™ Strings DNA产品都可以针对蛋白表达进行设计和优化,并使用我们的在线订购平台进行订购,以试管形式投递。

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GeneArt™ Strings和gBlocks比较白皮书


DNA 片段生产工作流程
  • 经济实惠——较 GeneArt™ 基因合成或混合文库便宜
  • 灵活——全基因设计和合成灵活性,在我们的在线订购平台输入您的序列并直接编辑、优化和订购
  • 快速——生产在5个工作日后开始

 

GeneArt Strings Assistant

采用 GeneArt Strings DNA片段,由于序列区域的复杂性,您的定制基因序列可能偶尔会不符合我们的生产标准。为了解决这一问题,我们在 Thermo Fisher Cloud 发布了在线GeneArt Strings Assistant应用程序。

上传您的序列后,该应用将会分析您的DNA序列区域并确定潜在的问题。随后,您可以手动编辑序列或使用 Assistant提供的建议,包括沉默突变的介绍。

之后,即可以GeneArt Strings DNA片段的形式订购编辑的序列。

立即查看您的序列

订购方法

  全新选项 1

GeneArt Strings Assistant
选项 2

GeneArt 主页

选项 3

Excel 提交表发送至geneartsupport@thermofisher.com
检测并修改序列复杂度      
快速报价和订购      
优化蛋白表达序列      
订购 Strings DNA文库      
  • 快速——最长 1000bp 的 Strings™ DNA 片段可在 5 个工作日内生产
  • 灵活——在我们的在线订购平台输入您的序列并直接编辑、优化和订购
  • 经济实惠——Strings™ DNA 片段是合成 1000bp 基因或组装更长基因的经济选择

产品、生产时间和价格

产品
生产时间(工作日)* 价格

DNA 片段 150–600 bp

5
1219

DNA 片段 601-750 bp

5
1588

DNA 片段 751-1,000 bp

5
1834

DNA 片段 1,001-1,250 bp

8 2159

DNA 片段 1,251-1,500 bp

8 2553

DNA 片段 1,501-1,750 bp

8 2948

DNA 片段 1,751-2,000 bp

8 3441

DNA 片段 2,001-2,250 bp

8 3934

DNA 片段 2,251-2,500 bp

8 4427

DNA 片段 2,501-2,750 bp

8 4919

DNA 片段 2,751-3000 bp

8 5412

*生产时间是指在我们的生产车间内合成GeneArt Strings™ DNA片段所需的工作日数。 投递时间在生产时间之上顺延并取决于投递地点。 投递的产品包含至少200 ng 的GeneArt Strings™ DNA片段干粉,可直接重悬并用于克隆。

产品、价格和生产时间

产品名称 描述 价格
DNA 片段 100–600 bp DNA 片段100–600 bp 5个工作日 请联系当地销售代表获取价格
DNA 片段 601-750 bp DNA 片段 601–750 bp 5个工作日 请联系当地销售代表获取价格
Strings™ DNA 片段 751–1,000 bp DNA 片段 751–1,000 bp 5个工作日 请联系当地销售代表获取价格

投递的产品包含至少200 ng 的GeneArt Strings™ DNA片段干粉,可直接重悬并用于克隆。

投递和储存

Strings DNA产品重悬于10 mM Tris pH 8.5缓冲液并作为干粉投递,可直接重悬用于克隆。 我们建议您开管之前进行离心,向管底加入适量的水并室温孵育至少1小时(或4°C孵育过夜)。 孵育后,小心重悬Strings DNA产品并立即使用。 如果您不是立即使用,那么请重悬并分装冻存于–20°C。请避免反复冻融。

投递量:
GeneArt Strings DNA片段: ≥ 200 ng
GeneArt Strings DNA 文库: ≥ 500 ng

图 1显示的是 9 个 Strings DNA 片段和 5 个 Strings DNA 文库重悬并用琼脂糖凝胶电泳分离之后的图片。

Strings DNA Fragments

图 1. Strings DNA片段(1-4和6-10泳道)和Strings DNA文库(12-16泳道)电泳(1%琼脂糖凝胶)分离后的图片。 文库1为501bp,文库2为649bp,文库3为998bp,文库4为404bp,文库5为1989bp。 DNA Marker是1 kb DNA Ladder。


生物安全检查

GeneArt生产团队对每条输入的序列进行生物安全检查。 如果您的订购没有通过该项检查,我们将联系您确定最佳的处理方式。

序列设计

Strings DNA可以使用任意克隆方法进行克隆,只需确保根据特定需要设计您的序列末端。 你只需将序列粘贴仅在线表格并进入订购车。 此外,您也可以使用GeneArt平台的序列编辑和优化功能。 根据您的克隆系统不同,您可能需要修改序列的5’和3’末端以将其插入您的载体中。 例如,如果使用限制性酶切和连接进行克隆,我们通常建议向序列两端加入额外的保护碱基以确保高效酶切。 如果进行平末端克隆(例如TOPO™克隆个技术),我们建议在片段两侧加入5–10bp的随机保护DNA,以保护用于下游应用的功能性DNA元件(线性DNA片段天然的会带有小的末端缺口)。

表 1. 克隆方法和推荐序列设计举例。

限制性酶切克隆 加入所需的5’和3’酶切序列,以及保护碱基
GeneArt Type IIs组装 加入所需的5’和3’酶切序列,以及保护碱基
GeneArt Seamless克隆和组装 加入15bp(或更长,取决于使用试剂盒)与载体或相邻序列重叠的序列
Gateway™克隆 加入 attB 位点以便重组进入 pDONR™ 载体
Zero Blunt™ TOPO™ PCR克隆 Strings是平末端,因此建议加入5–10bp的保护碱基以补偿小的末端缺口
TA和TOPO™ TA克隆 Strings 是平末端,需要在 dATP 存在下使用 Taq 聚合酶在末端加 A

Strings DNA片段是组装的寡核苷酸的PCR扩增子,可直接用于筛选鉴定出正确克隆。 Strings DNA片段经过整体序列质控流程以确保您所需的片段存在于在片段混合物中。 要以>90%可能性获得正确克隆,我们建议根据表 2 所列筛选指南进行:

表 2. Strings DNA片段筛选建议。

Strings DNA片段不超过 1 kb 测序2到4个全长克隆
Strings DNA 片段 1–2 kb 测序3到5个全长克隆
Strings DNA 片段 2-3 kb 测序4到8个全长克隆

筛选建议和应用实例

Cloned Strings Fragments
图 2: 克隆Strings DNA片段。 两个Strings DNA片段(每个 2640 bp)被克隆到GeneArt标准克隆载体pMA中,使用菌落PCR和琼脂糖凝胶电泳分析了其中6个克隆。 (扩增子更长是因为菌落 PCR 引物设计在 5’ 和 3’ 端各加入大约 100bp。)

应用举例

GeneArt Strings DNA文库限制性酶切克隆实例

所有5个文库的克隆均使用限制性酶切、连接和E. coli 电转进行。 我们对获得的克隆形成单位(cfu)进行计数并外推得到克隆500ng文库的数值(蓝色柱)。 对16个克隆进行了菌落PCR并计算得出克隆效率即含有预期插入片段克隆所占的百分比(红色柱)。 误差线表示多次实验均值的标准差。

Restriction enzyme cloning example with GeneArt Strings DNA Libraries

Strings DNA文库的GeneArt Seamless克隆和组装实例

所有 5 个文库的克隆均使用 GeneArt Seamless 克隆和组装试剂盒和热激转化 E. coli 进行。 我们对获得的克隆形成单位(cfu)进行计数并外推得到克隆500ng文库的数值(蓝色柱)。 对16个克隆进行了菌落PCR并计算得出克隆效率即含有预期插入片段克隆所占的百分比(红色柱)。 误差线表示多次实验均值的标准差。

GeneArt Seamless Cloning and Assembly example with Strings DNA Libraries

Strings DNA文库的GeneArt Type IIs组装克隆实例

所有5个文库的克隆均使用GeneArt Type IIs组装试剂盒AarI 和热激转化 E. coli 进行。 我们对获得的克隆形成单位(cfu)进行计数并外推得到克隆500ng文库的数值(蓝色柱)。 对16个克隆进行了菌落PCR并计算得出克隆效率即含有预期插入片段克隆所占的百分比(红色柱)。 误差线表示多次实验均值的标准差。

GeneArt Type IIs Assembly example with Strings DNA Libraries

GeneArt Strings DNA片段限制性酶切克隆实例

8 个长至 3,000 bp 的 Strings DNA 片段使用 5’ AscI 和 3’ PacI 限制性酶切进行克隆。 在连接和转化后,细菌铺板并在 37°C 孵育过夜。我们挑取 8个 (<1 kb) 或 16 个 (>1 kb) 克隆,并进行菌落 PCR 鉴定,对 4 至 8 个克隆进行测序以确定序列正确的克隆数。

Restriction enzyme cloning example with GeneArt Strings DNA Fragments
该图显示经菌落PCR鉴定得到的长度正确的克隆比例(克隆效率)和经测序确认的序列正确克隆比例(忠实度)。

GeneArt Type IIs组装多个Strings DNA片段实例

8个长至2,800 bp并带有合适序列末端(AarI 识别序列和6 bp保护碱基)的Strings DNA片段使用GeneArt Type IIs组装试剂盒 Aar I ( 货号A15916)进行直接组装。 得到了4个分别为5,056 bp, 5,061 bp, 5,267 bp和5,448 bp的全长基因。 在连接和转化后,铺板并在37°C孵育过夜。我们挑取16个克隆进行菌落PCR鉴定。 所有4个基因都选取了8个克隆进行测序以确定序列正确的克隆数。

GeneArt Type IIs Assembly example with multiple Strings DNA Fragments
该图显示经菌落PCR鉴定得到的长度正确的克隆比例(克隆效率)和经测序确认的序列正确克隆比例(忠实度)。

GeneArt Strings DNA 片段 GeneArt Seamless 克隆实例

10 个长至 3,000 bp 的 Strings DNA 片段使用GeneArt Seamless克隆和组装试剂盒(货 号 A13288) 进行克隆。 在连接和转化后,铺板并在 37°C 孵育过夜。我们挑取 8个 (<1 kb) 或 16 个 (>1 kb) 克隆,并进行菌落 PCR 鉴定,对 4 至 8 个克隆进行测序以确定序列正确的克隆数。

该图显示经菌落PCR鉴定得到的长度正确的克隆比例(克隆效率)和经测序确认的序列正确克隆比例(忠实度)。

GeneArt Seamless组装多个Strings DNA片段实例

Strings DNA片段长度最多为3,000 bp。 但是,GeneArt Seamless组装技术可以直接组装两个长至1 kb的Strings DNA片段,无需预克隆。 如果您需要使用seamless组装技术组装更多Strings DNA片段或更长的Strings DNA片段,我们通常建议先进行预克隆以降低筛选难度。 此外,您可以使用GeneArt Type IIs组装技术。

12 个长至 1kb 并带有合适末端(15bp 与载体或相邻片段重叠的序列)的 Strings DNA 片段使用GeneArt Seamless 克隆和组装试剂盒(货 号 A13288) 进行直接组装。 得到6个长度分别为 1,375 bp, 1,466 bp, 1,536 bp, 1,590 bp, 1,647 bp和1,853 bp的全长基因。 在连接和转化后,铺板并在37°C孵育过夜。我们挑取16个克隆进行菌落PCR鉴定。 所有6个基因都选取了6个克隆进行测序以确定序列正确的克隆数。

GeneArt Seamless Assembly example with multiple Strings Fragments
该图显示经菌落PCR鉴定得到的长度正确的克隆比例(克隆效率)和经测序确认的序列正确克隆比例(忠实度)。

GeneArt Strings DNA 片段 Gateway 克隆实例

5 个长至 1,000 bp 并带有 attB 位点的 Strings DNA 片段被克隆进入 pDONR™221 载体。 在连接和转化后,铺板并在37°C孵育过夜。我们挑取8个(<1 kb)或16个(>1 kb)克隆,并进行菌落PCR鉴定,对4至7个克隆进行测序以确定序列正确的克隆数。

该图显示经菌落PCR鉴定得到的长度正确的克隆比例(克隆效率)和经测序确认的序列正确克隆比例(忠实度)。


常见问题

GeneArt™ Strings DNA片段是使用和GeneArt™基因合成相同的高质量工艺从合成核苷酸组装而成的用户定制、非克隆双链线性DNA片段,长度从150bp至3000bp。 Strings DNA片段是将合成基因克隆进表达载体的一种快速方便的方法。 我们在5 (对于不超过1 kb的片段)或8 (对于1 -3 kb的片段)个工作日内可合成至少200 ng的Strings DNA片段。 GeneArt Strings DNA可以在线设计、优化和订购,是克隆您的表达质粒的一种经济简单的方法。

我们过去曾经提供100 – 150 bp的Strings DNA片段,但现在不再提供了。

Strings片段是组装寡核苷酸的扩增子(PCR扩增产物);是基因合成过程的中间产物。 该过程产生一个片段混合物,因此需要进行克隆和筛选以获得正确克隆。 Strings DNA片段经过整体序列质控流程以确保您所需的片段存在于在片段混合物中。

Strings DNA产品作为干粉投递,可直接重悬用于克隆。 我们建议您开管之前进行离心,向管底加入适量的水并室温孵育至少1小时(或4°C孵育过夜)。 孵育后,小心重悬Strings DNA产品并立即使用。 如要长期储存,那么请重悬并分装冻存于–20°C。请避免反复冻融。

不是的。150至1,000 bp的Strings DNA片段生产需5个工作日,1,000至3,000 bp的片段则需8个工作日。 根据序列本身的性质,生产时间可能不同。

是。 因为你需要自己进行克隆以获得最终基因,Strings DNA片段的价格总是比基因合成便宜。

是。 我们建议使用GeneArt网上订购平台进行订购,您可以使用免费基因编辑好优化功能。 在编辑和优化后,请检查最终序列以确保是您实验室最终需要的(例如可能的同源重叠序列或限制性酶切位点以及缓冲序列)。

不,Strings™ DNA片段没有亚克隆和组装服务,因为它的目的是为您提供最快最便宜的获得基因的方式。 如果您不想自己克隆基因,我们推荐您使用全基因合成服务。

是的,我们提供 200 – 2000 bp 的GeneArt Strings DNA 文库,至多包含 3 个简并核苷酸嵌段。 每段可包含最多 30bp 使用全 IUPAC编码的 DNA 核苷酸。 每段简并核苷酸之间需要由30 bp非简并核苷酸分隔。

是的,您可以直接组装两个strings片段而无需预克隆。 Thermo Fisher Scientific提供数种无缝组装的技术,如GeneArt Type IIs 组装和GeneArt Seamless克隆和组装技术。 请参考本页得到应用实例部分以获取更多信息。 根据序列长度和亚片段数量的多少,筛选难度可能会很大。 因此我们通常建议进行预克隆以降低组装后的筛选难度。

不是的。Strings DNA片段的长度限于150至3,000 bp。 如果你的基因更长,那么您需要使用基因合成或从两个或更多Strings DNA片段进行组装。 此外,Strings DNA片段的生产过程进行了简化以确保快速便宜的为您提供产品。 如果您的序列很复杂,那么您可能受到提示告知您的序列由于复杂度高而不能作为Strings DNA片段合成。 在这种情况下,我们建议您修改您的序列以满足生产要求(标准见下文)或以基因合成的方式订购您的基因。 在很多情况下,使用订购平台的基因优化功能可以使您的序列满足Strings DNA片段生产要求。 如果仍然不满足生产要求,您可以手动对序列进行编辑。

重要的标准有:

  • GC含量20% to 80%(在峰位置,不是指全部)
  • 无长二级结构或序列重复
  • 无 >25 bp 的 A/T 延伸和 >20 bp 的 G/C 延伸

获得您的基因的不同方法

  传统 PCR 和克隆 合成DNA片段 基因合成
我们如何帮助您 GeneArt Strings DNA片段 GeneArt基因合成亚克隆服务
优势
  • 完整成本控制
  • 每一步都由自己控制
  • 快速经济
  • 设计灵活
  • 基因优化
  • 无需物理模板
  • 100%序列验证
  • 订购方便
  • 设计灵活
  • 基因优化
  • 无需合成和克隆时间
实验室工作
生产时间* NA
  • 小于1,000 bp的Strings片段需5个工作日
  • 小于3,000 bp的Strings片段需8个工作日
  • 小于1,200 bp的基因需9个工作日
  • 小于3,000 bp的基因需15个工作日

*生产时间是指在我们的生产车间内合成GeneArt Strings™ DNA片段所需的工作日数。投递时间在生产时间之上顺延并取决于投递地点。

获得DNA文库的不同选择

  GeneArt Strings DNA文库 GeneArt混合文库 下一代测序GeneArt混合文库
设计灵活性 +
可选全IUPAC编码,但对所生成氨基酸的控制有限 
+++
TRIM保证对所生成氨基酸及其比例的精确控制
+++
TRIM保证对所生成氨基酸及其比例的精确控制
正确性 +
使用基因合成工艺,更多的意外突变
+++
无差错模板保证最可能的正确结果
+++
无差错模板保证最可能的正确结果
成本 + ++ +++
生产时间 10-15工作日 4-6 周 4-6 周

与GeneArt Strings DNA文库相关的研究获得European Union Seventh Framework Programme (FP7/2007-2013)的资金支持,资金合约号为nr. 613931。

仅供研究使用。 不可用于诊断操作。