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SYBR® Safe DNA凝胶染料是一种高灵敏度的染料,可用于琼脂糖或丙烯酰胺凝胶上的DNA染色。SYBR® Safe染料采用了独特的配方,是更为安全的EB替代物,可用蓝光或紫外光激发。

SYBR® Safe染料可提供浓缩液或即用型溶液两种形式,使用方法与溴化乙锭溶液类似。该染料还适用于凝胶中的RNA染色。

常见问题

克隆效率更高

我们的科学家已经证实,采用SYBR® Safe DNA凝胶染料染色并通过Safe Imager™ 蓝光透射仪观察DNA片段,相比采用EB染色通过紫外光观察,克隆效率得到明显提升。

限制性酶切克隆效率更高

采用EcoRI和HindIII对Invitrogen™ pCMV•SPORT-βgal质粒载体进行双酶切,构建两个粘性末端DNA片段:lacZ基因 (3,536 bp) 和载体骨架 (4,318 bp)。取等量的酶切DNA进行1%琼脂糖凝胶电泳。采用溴化乙锭 (0.5 mg/mL,TBE稀释) 或SYBR® Safe DNA凝胶染料 (TBE中1:10,000稀释) 染色凝胶15分钟,然后分别采用紫外光透射仪或Safe Imager™ 蓝光透射仪观察。曝光一定时间后,从凝胶上切下两个DNA片段,并使用PureLink™ 胶回收试剂盒纯化。对照DNA片段只染色,但不进行透射曝光。使用Invitrogen™ T4 DNA连接酶将lacZ基因和载体骨架重新连接起来,转入化学感受态UltraMax™ DH5a™-FT™ 细胞内,接种于选择培养板上。计数蓝色和白色菌落的总数,评估克隆效率。每个实验重复三次,确定平均克隆效率。

溴化乙锭/紫外光培养板上的集落总数明显低于SYBR® Safe/Safe Imager™ 培养板上的集落总数,即便是实验开始阶段亦是如此 (图1)。随着时间的延长,溴化乙锭/紫外光组培养板上的活的集落数从近15,000降至不足500,表示克隆效率下降近30倍。而在所有时间点 (包括120秒时间点),SYBR® Safe/Safe Imager™ 组培养板上的集落数仍维持在对照水平附近 (>12,500)。

图1. 限制性酶切克隆效率更高。
在2份琼脂糖凝胶上对lacZ插入片段和pCMV•SPORT-βgal载体骨架进行电泳,采用SYBR® Safe DNA凝胶染料或溴化乙锭染色。然后分别采用Safe Imager® 蓝光透射仪或紫外光透射仪,曝光一定时间后观察DNA片段。从凝胶上切下插入片段和载体DNA条带,连接,并转化至化学感受态细菌内,接种于氨苄青霉素–X-gal培养板上 (如图A所示)。根据蓝色和白色菌落总数确定克隆效率 (B)。绘制的数据代表三次实验的平均值。

获益于更高的Gateway® 克隆效率

实验利用PCR扩增1.25 kb的基因。取七份等量的PCR产物在双份琼脂糖凝胶上分别进行电泳;一块凝胶采用SYBR® Safe DNA凝胶染料和蓝光透射仪观察,另一块采用溴化乙锭和紫外光透射仪观察。曝光一定时间后切下条带;使用PureLink™ 胶回收试剂盒纯化产物,然后用于Gateway® BxP克隆反应。将各反应产物的一部分转化至One Shot® TOP10化学感受态细菌中;接种连续稀释三次的稀释物。
结果显示,采用溴化乙锭/紫外光曝光仅30秒后,集落数减少了80% (图2)。曝光仅2分钟后,集落数几乎为零。相比之下,采用SYBR® Safe DNA凝胶染料和Safe Imager™ 蓝光透射仪时,在整个实验过程中,克隆效率几乎与对照值保持不变。

结论

使用SYBR® Safe DNA凝胶染料和Safe Imager™ 蓝光透射仪大大提升了限制性酶切和Gateway® 克隆方法的克隆效率。

图2. 更高的Gateway® 克隆效率。使用attB1和attB2引物对1.25 kb的基因进行PCR扩增,取等量的扩增产物在2份琼脂糖凝胶上进行分离。分别采用SYBR® Safe DNA凝胶染料或溴化乙锭进行凝胶染色,然后采用Safe Imager™ 蓝光透射仪或紫外光透射仪观察DNA片段。利用Gateway® BP重组克隆PCR产物并转化至化学感受态细菌中。接种连续稀释三次的稀释物,计数集落。

 

 

 

 

Safe Imager™ 蓝光透射仪

消除了紫外光透射的安全隐患

  • 不会损伤皮肤和眼睛
  • 较传统蓝光光源更亮且发射更均匀
  • 为SYBR® Safe DNA凝胶染料提供最佳激发光源
  • 还适用于其他核酸和蛋白质染料,如SYBR® Gold、SYBR® Green I & II、SYPRO® Ruby、SYPRO® Orange和Coomassie Fluor™ Orange染料

仪器规格

  • 整体尺寸:28 × 31 × 7 cm (11 × 12.25 × 2.75英寸)
  • 观察区域尺寸:20 × 20 cm (7.87 × 7.87英寸)
  • 光源:发光二极管 (LED),在~470 nm附近生成窄的发射峰
  • LED寿命:100,000小时
  • 所含附件:琥珀色滤光装置、观察眼镜和国际通用电源线
        

致突变性和环境安全性评估:SYBR® Safe DNA凝胶染料

 

原代培养物的形态转化分析

一家独立实验室研究了使用SYBR® Safe DNA凝胶染料曝光7天后,能否诱导叙利亚地鼠胚胎 (SHE) 细胞的形态转化 (与空白对照培养物相比较)。相比空白对照,三个处理组 (0.0500、0.150和0.300 µg/mL) 的形态转化均未明显增加。此外,采用5.0 mg/mL苯并芘处理的阳性对照组的形态转化频率明显增加。在本研究采用的7天曝光条件下,测试品 (SYBR® Safe DNA凝胶染料) 的SHE细胞转化分析筛选的结果被定义为阴性。

 

结论—与溶剂对照组相比,SYBR® Safe DNA凝胶染料不会诱导叙利亚地鼠胚胎 (SHE) 细胞的原代培养物的转化,这充分说明SYBR® Safe DNA凝胶染料无致癌性。而溴化乙锭在SHE分析中的检测结果为阳性,证实它的确是很强的致突变原。

染色体畸变和正向突变分析

一家独立实验室研究了在外周血淋巴细胞培养物中 (采用和不采用外源性代谢激活),使用SYBR® Safe DNA凝胶染料诱导染色体畸变的能力。在采用或不采用S9激活的测试中,未观察到发生结构变异、多倍体或核内再复制的细胞数明显增加。同样地,在L5178Y TK+/-小鼠淋巴细胞中未观察到超出最低标准的突变频率增加。

结论—在采用或不采用S9代谢激活的条件下,利用标准化测试 (与适当的对照组比较) 发现,SYBR® Safe DNA凝胶染料不会引起小鼠淋巴细胞的TK位点突变,也不会在人外周血淋巴细胞培养物中诱导染色体畸变。

汇总数据:SYBR® Safe DNA凝胶染料对哺乳动物的遗传毒性分析

体外检测* 细胞类型 采用S9激活的结果† 未采用S9激活的结果†
转化1 叙利亚地鼠胚胎 (SHE) 细胞 NA 阴性
染色体畸变2 人外周血淋巴细胞培养物 阴性 阴性
正向突变3,4 L5178YTK+/-小鼠淋巴细胞 阴性 阴性

* 体外检测由位于弗吉尼亚州维也纳的Covance Laboratories Inc.完成。† 从多氯联苯1254诱导的大鼠肝脏中提取哺乳动物S9组分。NA = 不适用。1致突变的基础和分子机制356, 1 (1996);2Evans, H.J., in Chemical Mutagens, 检测原理和方法,A. Hollaender, Ed., Vol. 4, (1976) pp.129;3Mutation Res 72, 447 (1980);4Mutation Res 59, 61 (1979).

回复突变分析 (Ames测试)

采用哺乳动物S9组分对样本进行预处理,然后测试。当测试鼠伤寒沙门氏菌菌株TA97a、TA98、TA100和TA102时,回复突变增加量超过背景两倍,表明致突变结果为阳性。当测试菌株TA1535、TA1537和TA1538时,回复突变增加量超过背景三倍,表明结果为阳性。

结论—与溴化乙锭相比,SYBR® Safe DNA凝胶染料在标准Ames测试中的致突变效应更低 (测试几种不同的鼠伤寒沙门氏菌菌株)。在该测试中,SYBR® Safe DNA凝胶染料在七种菌株中的四种中出现了弱阳性 (仅采用哺乳动物S9组分激活) (参见上图)。








口服毒性分析

对三只雌性大鼠进行SYBR® Safe DNA凝胶染料 (0.5X TBE稀释) 单剂量口服给药,限定剂量为5,000 mg/kg,无死亡或毒性症状。该步骤旨在确定测试材料的急性口服毒性。使用三只雌性Sprague-Dawley大鼠进行限值筛选测试,大鼠口服SYBR® Safe DNA凝胶染料的限定剂量为5,000 mg/kg。观察动物是否死亡、重量变化和毒性症状,为期两周。给药两周后,三只大鼠均存活良好,测试品的LD50(半致死剂量)高于限定剂量,无需进行其他测试。

结论—单剂量口服给药SYBR® Safe DNA凝胶染料,限定剂量为5,000 mg/kg,未出现死亡或毒性症状。

汇总数据:口服毒性

分析 方法 结果
水生生物毒性* 呆鲦鱼加利福尼亚州法规第22章急性筛选 对水生生物无危害或毒性
口服毒性** EPA急性口服毒性测试OPPTS 870.1100 LD50 > 5000 mg/kg

* 由位于加利福尼亚州圣地亚哥的AMEC地球与环境圣地亚哥生物分析实验室完成。
** 由位于加利福尼亚州赫拉克勒斯的Northview Pacific Laboratories, Inc.完成。

 

    

环境影响 (美国)

基于全面的环境安全测试,根据美国联邦法规 (资源保护及恢复法案 (RCRA)),SYBR® Safe DNA凝胶染料不属于有害废物。SYBR® Safe DNA凝胶染料符合净水法和国家污染物排放清除系统 (NPDES) 的规定。

结论

  • 根据环境保护署 (EPA) 的指导原则,SYBR® Safe DNA凝胶染料不属于腐蚀性、易燃性或反应性物品 (表1)。
  • 根据国家污染物排放清除系统 (NPDES) 指导原则进行测试,发现SYBR® Safe DNA凝胶染料与0.5X TBE缓冲液并无明显差异 (表2)。
  • 就有机污染物含量方面而言,0.5X TBE稀释的SYBR® Safe DNA凝胶染料与单独的0.5X TBE无差异,两种样本的各种有机化合物检测结果均为阴性 (表3)。

 

表1. SYBR® Safe DNA凝胶染料有害废物分析。

分析* 方法 结果
腐蚀性 EPA 150.1 无腐蚀性 (pH = 8.25)
腐蚀性 (Corrositex分析) DOT-E 10904 2类无腐蚀性
易燃性 EPA 1010 不易燃 (<212°F)
反应性 EPA 9010B/9030A 无反应性

* 所有测试均由位于加利福尼亚州圣地亚哥的AMEC Earth and Environmental San Diego Bioassay Laboratory完成。

 

表2. SYBR® Safe DNA凝胶染料:NPDES分析概述*。

测试 0.5X TBE稀释的SYBR® Safe染料 0.5X TBE
PH (150.1) 8.45 8.48
总氰化物 (335.2) None detected None detected
化学需氧量 (COD;410.1) 7020 6840
氨态氮 (350.1) 253 248
总有机碳 (415.1) 2480 2360
总酚化物 (420.1) 未检出 未检出
有机氯农药和PCB (608M) 未检出 未检出
半挥发性有机物 (625) 未检出 未检出
挥发性有机物 (624) 未检出 未检出
优先污染重金属 (Sb、As、Be、Cd、Cr、Cu、Pb、Hg、Ni、Se、Ag、Tl、Zn) (EPA 200.7/200系列) 未检出 未检出

* 所有测试均由位于华盛顿州凯尔索的Columbia Analytical Services, Inc.完成。使用美国联邦法典 (CFR) 第40章第136节中列出的方法。

 

表3. SYBR® Safe DNA凝胶染料:详细的有机物分析*。

有机氯农药和PCB (608M)
alpha-BHC beta-BHC gamma-BHC delta-BHC (Lindane) Heptachlor
艾氏剂 环氧七氯 硫丹I 狄氏剂 4,4'-DDE
异狄氏剂 硫丹II 4,4'-DDD 乙醛异狄氏剂 硫丹硫酸盐
4,4'-DDT 毒杀芬 氯丹 多氯联苯1016 多氯联苯1221
多氯联苯1232 多氯联苯1242 多氯联苯1248 多氯联苯1254 多氯联苯1260
乙苯 三溴甲烷 1,1,2,2,-四氯乙烷 1,3-二氯苯  
挥发性有机物 (624)
氯甲烷 氯乙烯 溴甲烷 氯乙烷 三氯氟甲烷
1,1-二氯乙烯 二氯甲烷 反式-1,2-二氯乙烯 1,1-二氯乙烷 氯仿
1,1,1-三氯乙烷 (TCA) 四氯化碳 1,2-二氯乙烷 (EDC) 三氯乙烯 (TCE)
1,2-二氯丙烷 溴二氯甲烷 2-氯乙基乙烯醚 反式-1,3-二氯丙烯 甲苯
顺式-1,3-二氯丙烯 1,1,2-三氯乙烷 四氯乙烯 (PCE) 二溴氯甲烷 氯苯
1,4-二氯苯 1.2-二氯苯 丙烯醛 丙烯腈  
半挥发性有机物 (625)
N-亚硝基二甲胺 双 (2-氯乙基) 醚 2-氯酚 双 (2-氯异丙基) 醚
六氯乙烷 N-亚硝基二丙胺 硝基苯 异佛乐酮 2-硝基酚
2,4-二甲基苯酚 4-硝基酚 2,4-二氯苯酚 1,2,4-三氯苯
六氯丁二烯 4-氯-3-甲基苯酚 六氯环戊二烯 2,4,6-三氯苯酚 2-氯萘
苊烯 邻苯二甲酸二甲酯 2,6-二硝基甲苯 2,4-二硝基酚
双 (2-氯乙氧基) 甲烷 2.4-二硝基甲苯 邻苯二甲酸二乙酯 2-甲基-4,6-二硝基酚
N-亚硝基二甲胺 4-溴联苯醚 六氯苯 五氯酚
邻苯二甲酸二正丁酯 荧蒽 联苯胺
邻苯二甲酸甲苯基丁酯 3,3'-二氯联苯胺 苯并(a)蒽 邻苯二甲酸二辛酯
邻苯二甲酸二正辛酯 苯并(b)荧蒽 苯并(k)荧蒽 苯并(a)芘 茚并(1,2,3-cd)芘
二苯并(a,h)蒽 苯并(g,h,i)苝 1,2-二苯肼 2,3,7,8-四氯二苯并二恶英 4-氯二苯醚

* 分析样本为0.5X TBE和0.5X TBE + 1X SYBR® Safe DNA凝胶染料;两种样本中均未检测出上表所列的化合物。测试由位于华盛顿州凯尔索的Columbia Analytical Services, Inc.完成。使用美国联邦法典 (CFR) 第40章第136节中列出的方法。

SYBR® Safe染料与核酸结合后,最大荧光激发波长为280和502 nm,最大发射光波长为530 nm。采用激发光源范围为紫外光或470 nm至530 nm的成像系统观察并分析染色DNA。

适用于SYBR® Safe DNA凝胶染料的滤光片推荐

下表列出了适用于特定凝胶成像系统的推荐滤光片。如果您的系统未列出,请联系制造商获取推荐信息。请注意,SYBR® Safe DNA凝胶染料的激发和发射光谱与SYBR® Green I、SYBR® Green II和SYBR® Gold染料以及荧光素 (FITC) 极为相似。因此,亦可使用适用于这些染料的滤光片。使用Safe Imager™ 蓝光透射仪,则无需使用滤光片,仪器内提供的琥珀色滤镜即具有该功能。
 

仪器 制造商 激发光源 发射滤光片
Polaroid® camera Polaroid® 紫外光 Invitrogen™ SYBR® Safe photographic filter (货号:S37100)
FCR-10 Polaroid® 紫外光 #3-4218
AlphaImager Alpha Innotech 302 nm SYB-500
AlphaDigiDoc RT Alpha Innotech 紫外光透射仪  
Shroud, camera stand Alpha Innotech 紫外光透射仪  
DE500或DE400灯箱2.17"直径 Alpha Innotech 紫外光透射仪 SYB-100
DE500或DE400灯箱2"直径 Alpha Innotech 紫外光透射仪 SYB-500
VersaDoc成像系统 Bio-Rad 宽谱紫外光 520LP
Molecular Imager FX系统 Bio-Rad 488 nm 530 DF 30
凝胶成像系统 Bio-Rad 302 nm 520DF30 (#170-8074)
Typhoon 9400/9410 GE Healthcare 488 nm 520 BP 40
Typhoon 9200/9210/8600/8610 GE Healthcare 488 nm 526 SP
FluorImager GE Healthcare 488 nm 530 DF 30
Storm GE Healthcare 蓝光 (荧光模式)  
ImageMaster VDS-CL GE Healthcare 透射 UV Low
UltraCam/gel imager Ultra-Lum 紫外光 黄色滤光片 (#990-0804-07)†
Omega系统 Ultra-Lum 紫外光 520 nm
FOTO/Analyst Express/Investigator/Plus/Luminary Fotodyne 紫外光 绿色荧光 (#60-2034)†
FOTO/Analyst Express/Investigator/Plus/Luminary Fotodyne 紫外光 绿色荧光 (#62-4289)†
FOTO/Analyst Minivisionary Fotodyne 紫外光 绿色荧光 (#62-2535)†
FOTO/Analyst Apprentice Fotodyne 紫外光 绿色荧光 (#60-2056)†
FUJI FLA-3000 FUJI Film 473 nm 520LP
BioDocIt/AC1/EC3/BioSpectrum UVP 302 nm SYBR® Green (#38-0219-01)† 或 SYBR® Gold (#38-0221-01)†
Gel Logic Kodak 紫外光 535 535 nm WB50
Mini BIS/Mini BIS Pro DNR Bioimaging 紫外光320 黄色
Compact BIS DNR Bioimaging 紫外光 320 橙色
Syngene仪器 Syngene 紫外光 500–600 nm短通滤光片

各制造商提供的可选滤光片

个案研究1:美国马萨诸塞州波士顿,Forsyth研究所

  下列资料由Forsyth研究所的EHS办公室提供。他们计算了使用SYBR® Safe DNA凝胶染料与溴化乙锭进行DNA凝胶染色的总成本。若将溴化乙锭的染料处置成本计算在内,他们确定使用SYBR® Safe DNA凝胶染料可以为其节省14%的成本。
  SYBR® Safe EB(溴化乙锭)
试剂成本 400 µl浓缩液 @ $60/瓶
5 µl浓缩液/凝胶
$0.75/凝胶
10 mL的10 mg/mL 浓缩液 @ $48/瓶
5 µL浓缩液/凝胶
$0.024/凝胶
处置成本——材料
$0.00
20 L容量的活性炭过滤器 @ $50/过滤器
0.1 L/凝胶
$0.24/凝胶
处置成本——时间和劳动力 $0.00 4小时 @ $30/小时,过滤20 L废物
0.1 L废物/凝胶
$0.60/凝胶
间接处置成本 $0.00 用水 (抽吸用于过滤)
有害废物费用 (过滤器处置)
其他未计算的成本
总成本/凝胶 $0.75 $0.86++

注: 上述数据来源于特定机构;其他机构的试剂成本可能有所差异。

SYBR® Safe DNA凝胶染料的优点

  • 可节省14%的成本
  • 可节省技术人员劳动力
  • 更安全的工作环境
  • 具有环境效益
  • 无有害废物
  • 无废水

 

个案研究2:美国爱荷华州埃姆斯,爱荷华州立大学

 

ISU将SYBR® Safe DNA凝胶染料直接倒进下水道

美国爱荷华州埃姆斯的废水处置办公室已认证SYBR® Safe DNA凝胶染料为无毒性废物,稀释的染料溶液可以直接倒进爱荷华州立大学 (ISU) 下水道。

ISU的EHS办公室已将SYBR® Safe DNA凝胶染料的安全数据提交至埃姆斯废水处理工厂。数据包括美国国家污染物排放清除系统的测试结果,结果显示,含有SYBR® Safe DNA凝胶染料的0.5X TBE的污染物排放与单独的0.5X TBE无明显差异。由废水工程师进行独立审查后,城市办公室准许ISU将SYBR® Safe DNA凝胶染料作为无毒性废物处置。

        

致突变性和环境安全性评估:SYBR® Safe DNA凝胶染料

 

原代培养物的形态转化分析

一家独立实验室研究了使用SYBR® Safe DNA凝胶染料曝光7天后,能否诱导叙利亚地鼠胚胎 (SHE) 细胞的形态转化 (与空白对照培养物相比较)。相比空白对照,三个处理组 (0.0500、0.150和0.300 µg/mL) 的形态转化均未明显增加。此外,采用5.0 mg/mL苯并芘处理的阳性对照组的形态转化频率明显增加。在本研究采用的7天曝光条件下,测试品 (SYBR® Safe DNA凝胶染料) 的SHE细胞转化分析筛选的结果被定义为阴性。

 

结论—与溶剂对照组相比,SYBR® Safe DNA凝胶染料不会诱导叙利亚地鼠胚胎 (SHE) 细胞的原代培养物的转化,这充分说明SYBR® Safe DNA凝胶染料无致癌性。而溴化乙锭在SHE分析中的检测结果为阳性,证实它的确是很强的致突变原。

染色体畸变和正向突变分析

一家独立实验室研究了在外周血淋巴细胞培养物中 (采用和不采用外源性代谢激活),使用SYBR® Safe DNA凝胶染料诱导染色体畸变的能力。在采用或不采用S9激活的测试中,未观察到发生结构变异、多倍体或核内再复制的细胞数明显增加。同样地,在L5178Y TK+/-小鼠淋巴细胞中未观察到超出最低标准的突变频率增加。

结论—在采用或不采用S9代谢激活的条件下,利用标准化测试 (与适当的对照组比较) 发现,SYBR® Safe DNA凝胶染料不会引起小鼠淋巴细胞的TK位点突变,也不会在人外周血淋巴细胞培养物中诱导染色体畸变。

汇总数据:SYBR® Safe DNA凝胶染料对哺乳动物的遗传毒性分析

体外检测* 细胞类型 采用S9激活的结果† 未采用S9激活的结果†
转化1 叙利亚地鼠胚胎 (SHE) 细胞 NA 阴性
染色体畸变2 人外周血淋巴细胞培养物 阴性 阴性
正向突变3,4 L5178YTK+/-小鼠淋巴细胞 阴性 阴性

* 体外检测由位于弗吉尼亚州维也纳的Covance Laboratories Inc.完成。† 从多氯联苯1254诱导的大鼠肝脏中提取哺乳动物S9组分。NA = 不适用。1致突变的基础和分子机制356, 1 (1996);2Evans, H.J., in Chemical Mutagens, 检测原理和方法,A. Hollaender, Ed., Vol. 4, (1976) pp.129;3Mutation Res 72, 447 (1980);4Mutation Res 59, 61 (1979).

回复突变分析 (Ames测试)

采用哺乳动物S9组分对样本进行预处理,然后测试。当测试鼠伤寒沙门氏菌菌株TA97a、TA98、TA100和TA102时,回复突变增加量超过背景两倍,表明致突变结果为阳性。当测试菌株TA1535、TA1537和TA1538时,回复突变增加量超过背景三倍,表明结果为阳性。

结论—与溴化乙锭相比,SYBR® Safe DNA凝胶染料在标准Ames测试中的致突变效应更低 (测试几种不同的鼠伤寒沙门氏菌菌株)。在该测试中,SYBR® Safe DNA凝胶染料在七种菌株中的四种中出现了弱阳性 (仅采用哺乳动物S9组分激活) (参见上图)。








口服毒性分析

对三只雌性大鼠进行SYBR® Safe DNA凝胶染料 (0.5X TBE稀释) 单剂量口服给药,限定剂量为5,000 mg/kg,无死亡或毒性症状。该步骤旨在确定测试材料的急性口服毒性。使用三只雌性Sprague-Dawley大鼠进行限值筛选测试,大鼠口服SYBR® Safe DNA凝胶染料的限定剂量为5,000 mg/kg。观察动物是否死亡、重量变化和毒性症状,为期两周。给药两周后,三只大鼠均存活良好,测试品的LD50(半致死剂量)高于限定剂量,无需进行其他测试。

结论—单剂量口服给药SYBR® Safe DNA凝胶染料,限定剂量为5,000 mg/kg,未出现死亡或毒性症状。

汇总数据:口服毒性

分析 方法 结果
水生生物毒性* 呆鲦鱼加利福尼亚州法规第22章急性筛选 对水生生物无危害或毒性
口服毒性** EPA急性口服毒性测试OPPTS 870.1100 LD50 > 5000 mg/kg

* 由位于加利福尼亚州圣地亚哥的AMEC地球与环境圣地亚哥生物分析实验室完成。
** 由位于加利福尼亚州赫拉克勒斯的Northview Pacific Laboratories, Inc.完成。

 

    

环境影响 (美国)

基于全面的环境安全测试,根据美国联邦法规 (资源保护及恢复法案 (RCRA)),SYBR® Safe DNA凝胶染料不属于有害废物。SYBR® Safe DNA凝胶染料符合净水法和国家污染物排放清除系统 (NPDES) 的规定。

结论

  • 根据环境保护署 (EPA) 的指导原则,SYBR® Safe DNA凝胶染料不属于腐蚀性、易燃性或反应性物品 (表1)。
  • 根据国家污染物排放清除系统 (NPDES) 指导原则进行测试,发现SYBR® Safe DNA凝胶染料与0.5X TBE缓冲液并无明显差异 (表2)。
  • 就有机污染物含量方面而言,0.5X TBE稀释的SYBR® Safe DNA凝胶染料与单独的0.5X TBE无差异,两种样本的各种有机化合物检测结果均为阴性 (表3)。

 

表1. SYBR® Safe DNA凝胶染料有害废物分析。

分析* 方法 结果
腐蚀性 EPA 150.1 无腐蚀性 (pH = 8.25)
腐蚀性 (Corrositex分析) DOT-E 10904 2类无腐蚀性
易燃性 EPA 1010 不易燃 (<212°F)
反应性 EPA 9010B/9030A 无反应性

* 所有测试均由位于加利福尼亚州圣地亚哥的AMEC Earth and Environmental San Diego Bioassay Laboratory完成。

 

表2. SYBR® Safe DNA凝胶染料:NPDES分析概述*。

测试 0.5X TBE稀释的SYBR® Safe染料 0.5X TBE
PH (150.1) 8.45 8.48
总氰化物 (335.2) None detected None detected
化学需氧量 (COD;410.1) 7020 6840
氨态氮 (350.1) 253 248
总有机碳 (415.1) 2480 2360
总酚化物 (420.1) 未检出 未检出
有机氯农药和PCB (608M) 未检出 未检出
半挥发性有机物 (625) 未检出 未检出
挥发性有机物 (624) 未检出 未检出
优先污染重金属 (Sb、As、Be、Cd、Cr、Cu、Pb、Hg、Ni、Se、Ag、Tl、Zn) (EPA 200.7/200系列) 未检出 未检出

* 所有测试均由位于华盛顿州凯尔索的Columbia Analytical Services, Inc.完成。使用美国联邦法典 (CFR) 第40章第136节中列出的方法。

 

表3. SYBR® Safe DNA凝胶染料:详细的有机物分析*。

有机氯农药和PCB (608M)
alpha-BHC beta-BHC gamma-BHC delta-BHC (Lindane) Heptachlor
艾氏剂 环氧七氯 硫丹I 狄氏剂 4,4'-DDE
异狄氏剂 硫丹II 4,4'-DDD 乙醛异狄氏剂 硫丹硫酸盐
4,4'-DDT 毒杀芬 氯丹 多氯联苯1016 多氯联苯1221
多氯联苯1232 多氯联苯1242 多氯联苯1248 多氯联苯1254 多氯联苯1260
乙苯 三溴甲烷 1,1,2,2,-四氯乙烷 1,3-二氯苯  
挥发性有机物 (624)
氯甲烷 氯乙烯 溴甲烷 氯乙烷 三氯氟甲烷
1,1-二氯乙烯 二氯甲烷 反式-1,2-二氯乙烯 1,1-二氯乙烷 氯仿
1,1,1-三氯乙烷 (TCA) 四氯化碳 1,2-二氯乙烷 (EDC) 三氯乙烯 (TCE)
1,2-二氯丙烷 溴二氯甲烷 2-氯乙基乙烯醚 反式-1,3-二氯丙烯 甲苯
顺式-1,3-二氯丙烯 1,1,2-三氯乙烷 四氯乙烯 (PCE) 二溴氯甲烷 氯苯
1,4-二氯苯 1.2-二氯苯 丙烯醛 丙烯腈  
半挥发性有机物 (625)
N-亚硝基二甲胺 双 (2-氯乙基) 醚 2-氯酚 双 (2-氯异丙基) 醚
六氯乙烷 N-亚硝基二丙胺 硝基苯 异佛乐酮 2-硝基酚
2,4-二甲基苯酚 4-硝基酚 2,4-二氯苯酚 1,2,4-三氯苯
六氯丁二烯 4-氯-3-甲基苯酚 六氯环戊二烯 2,4,6-三氯苯酚 2-氯萘
苊烯 邻苯二甲酸二甲酯 2,6-二硝基甲苯 2,4-二硝基酚
双 (2-氯乙氧基) 甲烷 2.4-二硝基甲苯 邻苯二甲酸二乙酯 2-甲基-4,6-二硝基酚
N-亚硝基二甲胺 4-溴联苯醚 六氯苯 五氯酚
邻苯二甲酸二正丁酯 荧蒽 联苯胺
邻苯二甲酸甲苯基丁酯 3,3'-二氯联苯胺 苯并(a)蒽 邻苯二甲酸二辛酯
邻苯二甲酸二正辛酯 苯并(b)荧蒽 苯并(k)荧蒽 苯并(a)芘 茚并(1,2,3-cd)芘
二苯并(a,h)蒽 苯并(g,h,i)苝 1,2-二苯肼 2,3,7,8-四氯二苯并二恶英 4-氯二苯醚

* 分析样本为0.5X TBE和0.5X TBE + 1X SYBR® Safe DNA凝胶染料;两种样本中均未检测出上表所列的化合物。测试由位于华盛顿州凯尔索的Columbia Analytical Services, Inc.完成。使用美国联邦法典 (CFR) 第40章第136节中列出的方法。

SYBR® Safe染料与核酸结合后,最大荧光激发波长为280和502 nm,最大发射光波长为530 nm。采用激发光源范围为紫外光或470 nm至530 nm的成像系统观察并分析染色DNA。

适用于SYBR® Safe DNA凝胶染料的滤光片推荐

下表列出了适用于特定凝胶成像系统的推荐滤光片。如果您的系统未列出,请联系制造商获取推荐信息。请注意,SYBR® Safe DNA凝胶染料的激发和发射光谱与SYBR® Green I、SYBR® Green II和SYBR® Gold染料以及荧光素 (FITC) 极为相似。因此,亦可使用适用于这些染料的滤光片。使用Safe Imager™ 蓝光透射仪,则无需使用滤光片,仪器内提供的琥珀色滤镜即具有该功能。
 

仪器 制造商 激发光源 发射滤光片
Polaroid® camera Polaroid® 紫外光 Invitrogen™ SYBR® Safe photographic filter (货号:S37100)
FCR-10 Polaroid® 紫外光 #3-4218
AlphaImager Alpha Innotech 302 nm SYB-500
AlphaDigiDoc RT Alpha Innotech 紫外光透射仪  
Shroud, camera stand Alpha Innotech 紫外光透射仪  
DE500或DE400灯箱2.17"直径 Alpha Innotech 紫外光透射仪 SYB-100
DE500或DE400灯箱2"直径 Alpha Innotech 紫外光透射仪 SYB-500
VersaDoc成像系统 Bio-Rad 宽谱紫外光 520LP
Molecular Imager FX系统 Bio-Rad 488 nm 530 DF 30
凝胶成像系统 Bio-Rad 302 nm 520DF30 (#170-8074)
Typhoon 9400/9410 GE Healthcare 488 nm 520 BP 40
Typhoon 9200/9210/8600/8610 GE Healthcare 488 nm 526 SP
FluorImager GE Healthcare 488 nm 530 DF 30
Storm GE Healthcare 蓝光 (荧光模式)  
ImageMaster VDS-CL GE Healthcare 透射 UV Low
UltraCam/gel imager Ultra-Lum 紫外光 黄色滤光片 (#990-0804-07)†
Omega系统 Ultra-Lum 紫外光 520 nm
FOTO/Analyst Express/Investigator/Plus/Luminary Fotodyne 紫外光 绿色荧光 (#60-2034)†
FOTO/Analyst Express/Investigator/Plus/Luminary Fotodyne 紫外光 绿色荧光 (#62-4289)†
FOTO/Analyst Minivisionary Fotodyne 紫外光 绿色荧光 (#62-2535)†
FOTO/Analyst Apprentice Fotodyne 紫外光 绿色荧光 (#60-2056)†
FUJI FLA-3000 FUJI Film 473 nm 520LP
BioDocIt/AC1/EC3/BioSpectrum UVP 302 nm SYBR® Green (#38-0219-01)† 或 SYBR® Gold (#38-0221-01)†
Gel Logic Kodak 紫外光 535 535 nm WB50
Mini BIS/Mini BIS Pro DNR Bioimaging 紫外光320 黄色
Compact BIS DNR Bioimaging 紫外光 320 橙色
Syngene仪器 Syngene 紫外光 500–600 nm短通滤光片

各制造商提供的可选滤光片

个案研究1:美国马萨诸塞州波士顿,Forsyth研究所

  下列资料由Forsyth研究所的EHS办公室提供。他们计算了使用SYBR® Safe DNA凝胶染料与溴化乙锭进行DNA凝胶染色的总成本。若将溴化乙锭的染料处置成本计算在内,他们确定使用SYBR® Safe DNA凝胶染料可以为其节省14%的成本。
  SYBR® Safe EB(溴化乙锭)
试剂成本 400 µl浓缩液 @ $60/瓶
5 µl浓缩液/凝胶
$0.75/凝胶
10 mL的10 mg/mL 浓缩液 @ $48/瓶
5 µL浓缩液/凝胶
$0.024/凝胶
处置成本——材料
$0.00
20 L容量的活性炭过滤器 @ $50/过滤器
0.1 L/凝胶
$0.24/凝胶
处置成本——时间和劳动力 $0.00 4小时 @ $30/小时,过滤20 L废物
0.1 L废物/凝胶
$0.60/凝胶
间接处置成本 $0.00 用水 (抽吸用于过滤)
有害废物费用 (过滤器处置)
其他未计算的成本
总成本/凝胶 $0.75 $0.86++

注: 上述数据来源于特定机构;其他机构的试剂成本可能有所差异。

SYBR® Safe DNA凝胶染料的优点

  • 可节省14%的成本
  • 可节省技术人员劳动力
  • 更安全的工作环境
  • 具有环境效益
  • 无有害废物
  • 无废水

 

个案研究2:美国爱荷华州埃姆斯,爱荷华州立大学

 

ISU将SYBR® Safe DNA凝胶染料直接倒进下水道

美国爱荷华州埃姆斯的废水处置办公室已认证SYBR® Safe DNA凝胶染料为无毒性废物,稀释的染料溶液可以直接倒进爱荷华州立大学 (ISU) 下水道。

ISU的EHS办公室已将SYBR® Safe DNA凝胶染料的安全数据提交至埃姆斯废水处理工厂。数据包括美国国家污染物排放清除系统的测试结果,结果显示,含有SYBR® Safe DNA凝胶染料的0.5X TBE的污染物排放与单独的0.5X TBE无明显差异。由废水工程师进行独立审查后,城市办公室准许ISU将SYBR® Safe DNA凝胶染料作为无毒性废物处置。