仪器设备

作为国内最大的化学合成 DNA 专业公司之一,Invitrogen 公司引入多种先进仪器,包括合成仪、氨解仪、BIOTEK、高效液相仪、质谱仪和毛细管电泳仪等多种设备,为您的合成服务提供最高质量的保证。

合成仪

Invitrogen 公司拥有多种合成仪, 其中以 Jurassic 为主导。Jurassic 是 Invitrogen 和 Stanford 大学共同研发生产的一种高通量合成仪,平均步效率高于 98.5%; 此外我们还有 ABI 和 PE 的小通量合成仪,专门用于一些特殊目的的合成。

氨解仪

Invitrogen 公司采用气相氨解仪(Gas Phase) 进行氨解,它采用高温高压氨气进行氨解,避开了普通氨水氨解,加快了氨解速度,减少了氨水氨解过程中微量物质的残留和污染,将对引物的损害降低到了最低程度;另外我们的氨解采用自动控制,减少了氨解过程中的偶然偏差。

BIOTEK

用于合成效率检测,帮助锁定合成效率低的引物;加强了在线控制能力,确保高质量引物流入下道工序。

高效液相仪

Invitrogen 公司采用的是一套包括自动进样和自动收集等功能的高效液相纯化系统(Waters & Angilent)。

质谱仪

与 Invitrogen 美国,日本及其他兄弟公司密切合作,运用飞行质谱(MALDI-TOF) 和电喷雾电离质谱(ESI-LC-MS) 两种质谱仪对引物进行质量评估。 MALDI-TOF 系统主要针对 50 碱基以下引物,简便快速,检测精度为 0.05%(10KD差5Da);而 ESI-LC-MS 系统可用于分析各种引物,尤其针对长链引物;其检测精度为 0.01%(10KD差1Da),质谱检测能够查出引物中是否有缺失、突变。

毛细管电泳 (CE)

Invitrogen 公司是在中国引物合成业内唯一一家拥有多台毛细管电泳仪并将其应用到每批产品质量检测中的公司,其检测精度可达到1个碱基,毛细管电泳的分辨率高于 HPLC 和 PAGE 分析胶。

1.怎样按照使用浓度溶解引物?
2.引物(含修饰)的分子量是如何确定的?
3.如何计算引物的Tm值?


1.怎样按照使用浓度溶解引物?

了解以下几个参数:
1OD引物干粉约为33微克;
碱基的平均分子量为324.5;
引物的分子量=碱基数 x 碱基的平均分子量;
引物的摩尔数=质量数 / 引物分子量

举例:如果您拿到一管标明为2OD的20碱基的引物,
分子量=20 x 324.5=6490 质量数=2 x 33 =66μg
摩尔数=66 / 6490 =0.010 μmol= 10 nmol
若您需要溶解为10μM(=10pmol/μl)的溶液,只需加1mlddH2O充分溶解即可。

同时请您注意:真空干燥的DNA呈干膜状或粉末状在离心管底部,开启瓶盖时小心不要丢失;请加入足量的水充分振荡溶解。

2.引物(含修饰)的分子量是如何确定的?

非修饰的引物的Molecular Weight在随引物提供的报告单上都有明确的标示。如果需要估计一个引物的分子量按每个碱基的平均分子量为324.5,引物的分子量=碱基数 x 碱基的平均分子量。或按下列公式计算MW= (NA * WA) + (NC * WC) + (NG * WG) + (NT * WT) +(Nmod * Wmod) +(Nx * Wx)+( Ni* Wi) +16* Ns– 62.

NA, NG, NC, NT, Ni分别为引物中碱基A或G或C或T或I的数量,WA, WC, WG, W, Wi分别为引物中碱基A或G或C或T或I的分子量,Nmod,Wmod 分别为修饰基团的数目和分子量。
对于混合碱基的分子量为混合碱基的分子量总合除以混合数,例如G+A混合的分子量为(313.21+329.21)/2 = 321.21。Ns为硫代数目,硫代每个位置增加分子量16。


常规碱基分子量

Base Molecular Weight
A 313.21
C 289.18
G 329.21
T 304.19
I 314.2
U 290.17


常规修饰基团分子量

常规修饰基团 分子量 常规修饰基团 分子量
5’-Biotin 405.45 3’-TAMARA 623.60
5’-(6 FAM) 537.46 3’-Dabsyl 498.49
5’-HEX 744.13 3’-(6 FAM) 569.46
5’-TET 675.24 3’-Amino Modifier C3 153.07
5’-Cy5 533.63 3’-Amino Modifier C7 209.18
5’-Cy3 507.59 3’-Thiol Modifier C3 154.12

3.如何计算引物的Tm值?

引物设计软件都可以给出Tm,引物长度,碱基组成,引物使用缓冲的离子强度有关。
长度为25mer以下的引物,Tm计算公式为:Tm = 4℃(G + C)+ 2℃(A + T)
对于更长的寡聚核苷酸,Tm计算公式为: Tm = 81.5 + 16.6 x Log10[Na+] + 0.41 (%GC) – 600/size
公式中,Size = 引物长度。上下游引物的Tm值(melting temperature)是寡核苷酸的解链温度,即在一定盐浓度条件下,50%寡核苷酸双链解链的温度。