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用于疫情爆发调查研究的快速、经济测序方法

Ion Torrent™ 系统可促进疫情监测和爆发研究快速获得结果。

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 Ion S5 传染性疾病应用说明

应用资料&出版物
阅读应用说明及同行评审文章,了解 Ion Torrent 测序系统如何应用于细菌和病毒分型研究。

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Ion S5 系统细菌分型工作流程

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细菌分型研究应用说明、文献和出版物

应用说明和文献

  细菌分型应用说明
 Ion S5 传染性疾病应用说明

出版物

在细菌和病毒分型研究、红基因组学和未知微生物发现领域,引用 Ion Torrent 微生物测序同行评审文章已超过 900 篇。

Antwerpen MH, (2015) Rapid High Resolution Genotyping of Francisella tularensis by Whole Genome Sequence Comparison of Annotated Genes (“MLST+”).PLoS ONE 10(4): e0123298. doi:10.1371/journal.pone.0123298 

Ferrario, et al.A genome-based identification approach for members of the genus Bifidobacterium.FEMS Microbiol Ecol.2015 Mar;91(3). pii: fiv009. doi: 10.1093/femsec/fiv009.Epub 2015 Jan 27. 

Ion Torrent Personal Genome Machine sequencing for genomic typing of Neisseria meningitidis for rapid determination of multiple layers of typing information. J Clin Microbiol JCM.00038-12 [pii];10.1128/JCM.00038-12 [doi].Vogel U, et al.(2012)

Multilocus sequence typing of total-genome-sequenced bacteria. J Clin Microbiol.JCM.06094-11 [pii];10.1128/JCM.06094-11 [doi].Larsen et al.(2012).

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细菌分型研究信息学解决方案

Torrent Suite 软件提供了从原始序列数据获得信息学结果的工具,涵盖了优化的信号处理、碱基识别、序列比对和变异分析等功能。在运行后,直接右键单击,即可下载测序数据。报告含有扩展分析图和直观的图表,其中汇集了有助于确认测序运行是否为高质量的关键结果。

Torrent Browser Plugin Store 为 Torrent Suite 软件用户提供了查找和快速安装所需的插件、扩展自身 Torrent 服务器分析功能所需的简单的一站式平台。在此提供了可供进行微生物重测序(Alignment、PathFinder 和 PathogenDetector)、从头装配 (AssemblerSPAdes) 和其他应用的插件。

同时提供了专用于第三方软件包(例如 Ridom SeqSphere+ 软件包)细菌和病毒分型的工作流程,可实现下游分析自动化。SeqSphere+ 可支持实验室进行微生物全基因组分型 (MLST+)、传统 MLST 或 16S rDNA 测序项目。此软件可帮助单独或分散的工作组(客户端/服务器模式)轻松分享数据。

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