即时视觉反馈是一项新式技术

Collibri下一代测序(NGS)文库制备方案包含对流程中每个步骤的视觉反馈,确保最高的文库制备成功率。在文库制备中投入1-2天的时间,并且只能在流程结束时才能确定文库是否制备成功,这种过程已变得难以接受。

视觉反馈现在可用于以下应用:

示踪染料有助于避免错误

现在,您可以实时纠正加样混合错误。在如下所示的示例中,96孔板中有一个孔没有充分混匀或没有加入相应的试剂。该孔呈现出不同的颜色,给到您视觉提示,让您暂停并添加缺少的试剂或进行充分混匀,之后才继续进行文库制备,以确保最高的文库制备成功率。


全转录组测序

Invitrogen Collibri链特异性RNA文库制备试剂盒(用于Illumina平台)可从> 98%的链特异性文库中检测差异基因表达和选择性多聚腺苷酸化。核糖体的去除和完成建库可在6.5小时内完成,且核糖体去除试剂可用于人、小鼠和大鼠。

此建库方案适用于降解或完整的样品。

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对选择性多聚腺苷酸化的检测(已通过选择性腺苷酸化数据库(APADB) v2中的RAN基因证明),可以从来自Collibri链特异性RNA文库的数据中查看。


文库定量,减少动手操作时间

与Kapa文库定量产品相比,Collibri文库定量试剂盒具有更好的一致性和更少的动手操作时间。  所有组分都经过优化并且为即用型:

  • 单管预混液包含:
    • Platinum II Taq热启动DNA聚合酶
    • dNTPs
    • 靶向P5和P7接头的引物混合物
    • SYBR green染料
    • 通用浓度的被动参比染料,使所有qPCR仪器(高ROX和低ROX)都能使用同一种实验方案
    • 惰性蓝色示踪染料,用于实时过程反馈
  • 样品稀释缓冲液,带黄色示踪染料
  • 六种DNA标准品,带黄色示踪染料
Collibri and KAPA quantification kits demonstrate a high level of correlation bar graph

Collibri和KAPA定量试剂盒显示出很高的相关性。根据制造商标准建议,使用来自一系列样品类型的100 ng–1μg的样品制备RNA-seq NGS文库。所有文库均使用Collibri文库定量试剂盒和用于Illumina平台的KAPA 文库定量试剂盒进行定量。

Invitrogen Qubit dsDNA HS Assay是一种荧光检测产品,使用dsDNA结合染料准确测定NGS文库的浓度,优势在于每个样品只需几分钟的简单实验流程。  虽然Qubit方法具有良好的准确度和灵敏度,但该系统设计为每次读取一例样品,因此当超过20-30例样品时,这种实验流程难以扩大规模。

基于qPCR的Collibri方法可用于大批量样本的定量,是对珍贵样品或临床样品进行准确定量的理想方法。  Qubit检测的准确度稍低,但快速的实验流程及其定量软件使其非常适合常规定量。无论选择何种检测方法,使用者都应具备良好的实验室技能,以确保精确测量文库浓度和获得高质量的Illumina测序数据。

  Qubit荧光计 Collibri qPCR
特异性 荧光团优先与dsDNA结合 仅测量含有P5和P7接头的文库片段
准确度 15%以内 10%以内
样品量要求 1–20 µL的稀释样品 4 µL的稀释样品
动手操作时间 5分钟的设置时间;
每例样品测量3秒
30分钟的设置时间
(96孔板)
处理80例样品的时间 25分钟 90分钟

文库扩增

Platinum SuperFi文库扩增预混液是一种即用型溶液,专为NGS文库扩增而设计。预混液包括Platinum SuperFi DNA聚合酶以及含有所有必需成分的专用反应缓冲液,以提供超强的校正活动,实现高度准确的扩增。不推荐使用Platinum SuperFi文库扩增预混液扩增含有尿嘧啶的引物。

Platinum SuperFi DNA polymerase provides superior fi delity bar graph

Platinum SuperFi DNA聚合酶提供超高的保真度。通过NGS方法测量聚合酶的保真度。使用Platinum SuperFi聚合酶和其他高保真DNA聚合酶来扩增片段化的大肠杆菌DNA(~300 bp)。使用生物信息学技术计算聚合酶错误率(每个循环每个碱基对的错误)。将聚合酶保真度(1/错误率)归一化为Taq聚合酶的保真度,其中Taq聚合酶的保真度值设为1。根据PCR-free文库测序数据估计实验误差的背景水平,并将其从错误率中减去。


订购信息

试剂盒并非所有国家都有提供。