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Ion Torrent Oncomine Comprehensive Assays sind Teil der Reihe von Oncomine Assays für die klinische Krebsforschung.  Bei Oncomine Assays handelt es sich um auf der Next-Generation-Sequenzierung (NGS) basierende Multi-Biomarker-Assays, die von führenden Krebsinstituten in der ganzen Welt übernommen und für das Profiling Tausender von Proben in verschiedenen translationalen und klinischen Forschungsprojekten verwendet wurden, einschließlich des NCI-MATCH Trials, und die konstant zu zuverlässigen Ergebnissen führen.

Weitere Informationen

 Datenblatt mit Genlistenvergleich des Oncomine Comprehensive Assays v1 und v3 herunterladen ›

Die auf der Ion Ampliseq Technologie basierenden und durch die Ion Torrent Plattform ermöglichten Oncomine Comprehensive Assays bieten:

  • Die relevantesten Inhalte basierend auf Belegen aus der Oncomine Knowledgebase, einer der größten betreuten Datenbanken in der onkologischen Forschung und eine Zusammenarbeit mit führenden, onkologischen Forschungsinstituten sowie Pharmaunternehmen
  • Analyse mehrerer Biomarkertypen, einschließlich Hotspot-SNVs, -Indels, -CNVs und Genfusionen über verschiedene Krebsarten hinweg
  • Bewährte und zuverlässige Leistung mit hoher Spezifität, Empfindlichkeit und Reproduzierbarkeit in verschiedenen Forschungslaboren wird durch das robuste Design und die verbesserte Fertigungsqualität von Reagenzien in unserer ISO13485-konformen Einrichtung ermöglicht, einschließlich verbesserter Qualitätskontrolle
  • Robuste Ergebnisse von selbst anspruchsvollen FFPE-Gewebeproben, einschließlich FNAs, mit DNA- und RNA-Probenmengen von nur 10 ng
  • Effizienter Arbeitsablauf mit Ion Chef und Ion S5 Systemen mit hoher Multiplexing-Flexibilität und schnellen Ergebnissen
  • Verbesserte Lösungen zur Bioinformatik und Berichterstellung, für die Ion Torrent Plattform entwickelt und für Oncomine Assays optimiert wurden, einschließlich Oncomine Knowledgebase Reporter. Das ermöglicht die kontextuelle Untersuchung von probenspezifischen Varianten, um deren Relevanz in der neuesten onkologischen Forschung und ihre Verwendung in Bezug auf Etiketten, Richtlinien und aktuelle weltweite klinische Studien zu verstehen.


Inhalt der Oncomine Comprehensive Assays

Der Inhalt basiert auf den neuesten Nachweisen aus der wissenschaftlichen und klinischen Forschung und auf der Zusammenarbeit mit wichtigen akademischen Institutionen und Pharmaunternehmen.

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Der im Mai 2017 eingeführte Oncomine Comprehensive Assay v3 wurde erweitert:

  • Abdeckung der gesamten Kinasedomäne mehrerer kritischer Rezeptor-Tyrosinkinasen. Dadurch erhöht sich die Wahrscheinlichkeit, funktionsrelevante Mutationen zusätzlich zu bekannten, belastbaren und verbreiteten Varianten nachzuweisen (ALK, BRAF, DDR2, EGFR, ERBB2, KIT, MET, PDGFRA, RET, ROS1)
  • Darstellung der an der DNA-Reparatur beteiligten Gene (31 Gene in DNA-Reparatursignalweg)
  • Abdeckung der MAPK, PI3K und Zellzyklus-Signalweg-Gene


Leistungsfähigkeit der Oncomine Comprehensive Assays

 

Richtig positiv

Falsch positiv

Falsch negativ

Empfindlichkeit

Positiver Vorhersagewert

Hotspots

504

9

4

99,21 %

98,25 %

Indels

31

0

1

96,88 %

100 %

De-Novo-SNV

602

11

18

97,10 %

98,21 %

De-Novo-InDel

24

2

4

85,71 %

92,31 %

Fusionen

82

4

4

95,35 %

95,35 %

Tabelle 1 Die Leistung des Oncomine Comprehensive Assay v3 wurde mit 20 FFPE-Krebsgewebeproben und handelsüblichen Standardmaterialien von HorizonDx und SeraCare verifiziert.


Arbeitsablauf der Oncomine Comprehensive Assays

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Der optimierte Arbeitsablauf ist flexibel und ermöglicht die Verwendung verschiedener Plattformen und Durchsätze. Der Oncomine Comprehensive Assay v3 wurde für den Durchsatz von acht Proben auf dem Ion S5 System mit automatischer Bibliothekenvorbereitung unter Verwendung des Ionen Chef Systems optimiert. Der Test ist in zwei Konfigurationen erhältlich: manuell und automatisiert (mit Ion Chef System zur Bibliothekenvorbereitung) und enthält das DNA- und RNA-Primerpanel und die Reagenzien zur Bibliothekenvorbereitung.

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