oncominefocus

Ein Next-Generation-Sequenzierungsassay für die Biomarkeranalyse solider Tumore

Der Oncomine™ Focus Assay ist ein zielgerichteter Multi-Biomarker-Assay, mit dem Sie Hotspots, SNVs, Indels, CNVs und Genfusionen aus DNA und RNA in einem einzigen Arbeitsablauf bestimmen können.

Der Oncomine Focus Assay, der für die klinische und translationale Krebsforschung entwickelt wurde, nutzt die Ion AmpliSeq™ Technologie, um belastbare Ergebnisse, niedrige Einsatzmengen und die Analyse von Proben niedriger Qualität zu ermöglichen, und er ist mit FFPE-Feinnadelaspiraten und Hohlnadelbiopsien kompatibel.

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Inhalt

  • Gleichzeitige Erkennung hunderter Varianten bei 52 Genen, die für solide Tumoren relevant sind
  • Zielt auf relevante Hotspots, SNVs, Indels, CNVs und Genfusionen aus DNA oder RNA in einem einzigen Arbeitsablauf
  • Hierzu gehören Gene solider Tumoren, auf die onkologische Medikamente auf dem Markt abzielen, sowie veröffentlichte Belege
  • Inhalte stammen aus der Oncomine™ Knowledgebase, die inhaltsangepasste zugelassene Therapien und Indikationen liefert

Genliste des Oncomine Focus Assays

ABL1  ERBB2  GNAQ  MYC 
AKT1  ERBB4  HRAS  MYCN 
AKT3  ERBB3  IDH1  NRAS 
ALK  ERG  IDH2  NTRK1 
AR  ESR1  JAK1  NTRK2 
AXL  ETV1  JAK2  NTRK3 
BRAF  ETV4  JAK3  PDGFRA 
CCND1  ETV5  KIT  PIK3CA 
CDK4  FGFR1  KRAS  PPARG 
CDK6  FGFR2  MAP2K1  RAF1 
CTNNB1  FGFR3  MAP2K2  RET 
DDR2  FGFR4  MET  ROS1 
EGFR  GNA11  MTOR  SMO 

Vergleich der Inhalte des Oncomine Assays und Ion AmpliSeq Panels

Mit der zielgerichteten Next-Generation-Sequenzierung (NGS) haben Laboratorien aller Größen die Möglichkeit, Durchbrüche in der Krebsforschung voranzutreiben. Der wesentliche Teil dieser Durchbrüche wird von Assays und Panels gebildet, die dafür konzipiert sind, hoch empfindliche Ergebnisse mit minimalen Probeneinsätzen zu erreichen – um Informationen zu liefern, die zukünftig zum nächsten begleitenden Diagnostiktest oder zur nächsten Therapie führen können.

Die klinische Krebsforschung erfordert zahllose Entscheidungen. Von entscheidender Bedeutung sind die Entscheidungen, die Sie über die Assay-Inhalte treffen. Dieser Vergleich der Inhalte des Oncomine™ Assays und des Ion AmpliSeq™ Panels soll Ihnen bei der Abstimmung Ihrer Entscheidungen zum Inhalt helfen.

Leistungsverhalten

  • Reproduzierbare und empfindliche Erkennung von Varianten bei mehreren Krebsarten
  • Mit einer Probe von nur 10 ng kompatibel, einschließlich FFPE-Feinnadelbiopsien und Hohlnadelaspiraten
  • Dies ermöglicht Ihnen innerhalb eines einzigen Arbeitsablaufs Ergebnisse für DNA und RNA aus bis zu 6 Proben und 2 Kontrollen pro Durchlauf
  • NGS liefert Ergebnisse innerhalb von Tagen, nicht nach Wochen, und nutzt dabei die Ion Torrent™ Sequenzierungstechnologie und das Ion S5™ System oder das Ion PGM™ System
  • Umfasst Ion Select Verbrauchsmaterialien und Reagenzien, die in unserer ISO13485-zertifizierten Einrichtung unter Einhaltung strengster Richtlinien hergestellt werden

Zusammenfassung der analytischen Leistungsfähigkeit

Bei verschiedenen Variantarten erzielt der Oncomine Focus Assay unter Verwendung von klinischen Forschungsproben, die im Ion S5 System sequenziert sind, hohe Empfindlichkeit, Spezifität und Reproduzierbarkeit.

  Empfindlichkeit PPV (Spezifität) Reproduzierbarkeit
SNVs 98,77 % 99,63 % 99,6 %
Indels 100 % 100 % 100 %
CNVs 96,42 % 100 % 96,42 %
Genfusion 100 % 100 % 100 %
Gesamt 98,70 % 99,67 % 99,01 %

Tabelle 1. Empfindlichkeit, Spezifität und Reproduzierbarkeit über verschiedene Variantenarten hinweg durch die Verwendung des Oncomine Focus Assays mit dem Ion S5 System.

Auswertung

Funktionalität von Oncomine Informatik:

  • Varianten priorisieren und die relevanten Varianten finden
  • Varianten aufrufen, Krebsverursacher identifizieren und annotieren
  • Schnelle Erstellung von kundenspezifischen, laborgenerierten Berichten
  • Anpassbare Berichtvorlagen sind in zehn Sprachen verfügbar

Arbeitsablauf

Der Oncomine NGS-Onkologiearbeitsablauf ermöglicht es Ihnen, die entsprechenden Krebsverursacher zu finden, mit einem Bericht, der eine Interpretation der Ergebnisse einschließt.

Oncomine Focus™ Assay-Arbeitsablauf

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