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Les dosages complets Ion Torrent Oncomine font partie de la famille des dosages Oncomine pour la recherche clinique contre le cancer.  Les dosages Oncomine sont des dosages basés sur le séquençage de nouvelle génération (NGS) à biomarqueurs multiples qui ont été adoptés par les principales institutions de recherche contre le cancer dans le monde. Ils sont utilisés pour établir le profil de milliers d’échantillons dans différents projets de recherche translationnelle et clinique, y compris le test NCI-MATCH, fournissant ainsi des résultats fiables.

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 Téléchargez le prospectus avec la liste de comparaison des gènes du dosage complet Oncomine v1 et v3 ›

Les dosages complets Oncomine, basés sur la technologie Ion AmpliSeq et activés par la plateforme Ion Torrent, offrent :

  • Le contenu le plus pertinent basé sur les preuves de la base de connaissance Oncomine Knowledgebase, l’un des plus grands recueils organisés de preuves en recherche en oncologie, et une collaboration avec les principales institutions de recherche en oncologie ainsi que les entreprises pharmaceutiques
  • Analyse de multiples types de biomarqueurs incluant des hotspots, SNV, indels, VNC et des fusions de gènes pour toute une gamme de types de cancer
  • Des performances fiables et éprouvées avec une haute spécificité, sensibilité et reproductibilité dans différents laboratoires de recherche, activées par la conception robuste et la qualité de fabrication améliorée des réactifs dans notre installation conforme à la norme ISO13485, incluant aussi un CQ amélioré
  • Des résultats robustes, même avec ces échantillons de tissus FFPE complexes, comprenant des prélèvements par cytoponction, avec des entrées d’échantillon aussi basses que 10 ng d’ADN et d’ARN
  • Un flux de travail efficace sur les systèmes Ion Chef et Ion S5 avec une souplesse de multiplexage élevée et des résultats rapides
  • Amélioration de la bio-informatique et des solutions de rapport développées pour la plateforme Ion Torrent et les dosages Oncomine optimisés, y compris le rapporteur de la base de connaissances Oncomine Knowledgebase activant l’investigation contextuelle des variantes spécifiques à des échantillons pour comprendre leur pertinence dans la recherche en oncologie et leur utilisation en ce qui concerne les étiquettes, les lignes directrices et les essais cliniques mondiaux actuels


Contenu du dosage complet Oncomine

Le contenu est basé sur les dernières preuves scientifiques et cliniques en collaboration avec les institutions universitaires et les entreprises pharmaceutiques clés.

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Le dosage complet Oncomine v3, lancé en mai 2017, s’est étendu :

  • Couverture du domaine de kinase pour couvrir la totalité du domaine de kinase dans plusieurs récepteurs critiques de tyrosine kinase. Ceci augmente la probabilité de détection de mutations fonctionnellement pertinentes, en plus de variantes exploitables et prévalentes (ALK, BRAF, DDR2, EGFR, ERBB2, KIT, MET, PDGFRA, RET, ROS1)
  • Représentation des gènes impliqués dans la réparation de l’ADN (31 gènes dans le mécanisme de réparation de l’ADN)
  • Couverture des gènes MAPK, PI3K et intervenants dans le cycle cellulaire


Performances du dosage complet Oncomine

 

Vrai positif

Faux positif

Faux négatif

Sensibilité

Valeur prédictive positive

Hotspots

504

9

4

99,21 %

98,25 %

Indels

31

0

1

96,88 %

100 %

SNV de novo

602

11

18

97,10 %

98,21 %

InDel de novo

24

2

4

85,71 %

92,31 %

Fusions

82

4

4

95,35 %

95,35 %

Tableau 1. Les performances du dosage complet Oncomine v3 ont été vérifiées à l’aide de 20 échantillons de tissus cancéreux FFPE et de matériaux standard disponibles sur le marché d’HorizonDx et de SeraCare.


Flux de travail du dosage complet Oncomine

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Le flux de travail simplifié est souple et permet l’utilisation de plusieurs plateformes et débits. Le dosage complet Oncomine v3 a été optimisé pour un débit de 8 échantillons sur le système Ion S5, avec la préparation de bibliothèques automatisées en utilisant le système Ion Chef. Le dosage est disponible en deux configurations : manuelle et automatique (à l’aide du système de préparation de bibliothèques Ion Chef) et il comprend le panel d’amorce d’ADN et d’ARN et les réactifs de préparation de bibliothèques.

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