Ion AmpliSeq™ Library Kit 2.0
Ion AmpliSeq™ Library Kit 2.0
Ion Torrent™

Ion AmpliSeq™ Library Kit 2.0

Das Ion AmpliSeq™ Library Kit 2.0 ist für die schnelle Vorbereitung von Amplicon-Bibliotheken mithilfe von Ion AmpliSeq™ gebrauchsfertigen Panels undWeitere Informationen
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KatalognummerAnzahl Reaktionen
448044196 Reaktionen
44753458 Reactions
4480442384 Reaktionen
Katalognummer 4480441
Preis (EUR)
14.130,00
Each
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Anzahl Reaktionen:
96 Reaktionen
Preis (EUR)
14.130,00
Each
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Das Ion AmpliSeq™ Library Kit 2.0 ist für die schnelle Vorbereitung von Amplicon-Bibliotheken mithilfe von Ion AmpliSeq™ gebrauchsfertigen Panels und individuellen Primer-Pools zur Sequenzierung auf dem Ion Personal Genome Machine™ (PGM™) System konzipiert. Diese neue „LV“-Version des Kits ist für große Reagenzienvolumina konfiguriert, wodurch sie sich hervorragend für die automatisierte Vorbereitung von DNA-Bibliotheken eignet. Außerdem kann sie mit manuellen Protokollen eingesetzt werden. Diese neue Version ersetzt die bisherige „Nicht-LV“-Version (Bestellnr. 4478378).

Hauptmerkmale:

Neues einfaches Protokoll
• Arbeitsablauf mit 96-Well-Platte ermöglicht einfaches Probenmanagement
• Nur 1 Reinigungsschritt erforderlich und damit verkürzter Arbeitsaufwand
• Keine Bibliotheksamplifikation mit qPCR-Quantifizierung

Neuer Ion AmpliSeq™ HiFi Master Mix
• Ermöglicht sauberere Amplifikation und damit höhere Abdeckungshomogenität
• Bis zu 3.072-plex-PCR ermöglicht größere Panel-Designs

Neues Aufschluss-Reagenz
• Sauberer Aufschluss steigert die Effizienz der nachfolgenden Sequenzierung

Skalierbare Multiplex-PCR-Reaktionen
Die Ion AmpliSeq™ 2.0-Technologie ermöglicht skalierbare Multiplex-PCR-Reaktionen von 12- bis 3.072-plex in einem einzigen Well mit nur 10 ng Start-DNA. Ion AmpliSeq™ Panels und Primer-Pools ermöglichen die hohe Multiplex-PCR-Amplifikation von Tausenden genomischer Zielbereiche mit hoher Abdeckungshomogenität und -spezifität, und ohne spezielle Mikrofluidik-PCR-Plattform. Darüber hinaus ermöglichen proprietäre Modifikationen der Primer das Entfernen von Sequenzierprimern während der Bibliotheksvorbereitung und damit eine effiziente Analysebewertung während der Sequenzierung. Mehrere Primer-Pools können verwendet werden, um überlappende Amplifikate zu erstellen, die eine komplette Abdeckung großer Zielsequenzen ermöglichen. Ion AmpliSeq™ individuelle Primer-Pools werden mit der internetgestützten Ion AmpliSeq™ Designer-Software entwickelt, die unter www.ampliseq.com verfügbar ist.

Vorbereitung von Bibliotheken mit Barcode
Das Ion AmpliSeq™ Library Kit 2.0 umfasst Reagenzien zur Erzeugung von Ampliconen mit Ion AmpliSeq™ Primern und hilft bei der Vorbereitung von Bibliotheken aus den resultierenden Ampliconen. Das Kit ermöglicht die Vorbereitung von Bibliotheken mit Strichcode über die Ion Xpress™ Barcode Adapter 1–96 Kits. Bibliotheken mit Barcode können kombiniert und auf einen einzigen Ion-Chip geladen werden, um Laufzeit und Kosten der Sequenzierung zu minimieren und genaue Vergleiche von Probe zu Probe durchzuführen.

Einfaches und flexibles Protokoll
Das Ion AmpliSeq™ Library Kit 2.0 nutzt ein Platten-basiertes Format zur Vereinfachung der Probenhandhabung und -überwachung, der Kompatibilität mit Automatisierungsabläufen und für Labore mit hohem Durchsatz. Die Bibliotheksvorbereitung erfolgt in nur 3,5 Stunden und mit 10 ng DNA pro PCR, mit DNA aus unterschiedlichen Quellen – auch Formalin-fixierte und in Paraffin eingebettete (FFPE) Gewebeproben können als Ausgangsmaterial verwendet werden.

Die resultierenden DNA-Bibliotheken sind bereit für die nachfolgende Vorlagenvorbereitung für die klonale Amplifikation auf Ion Sphere™ Partikeln mit dem automatischen Ion OneTouch™ System. Mit der intuitiven Torrent Suite Software und dem optionalen Ion Reporter gelangen Sie in nur 10 Stunden von der extrahierten DNA zum Erfassen der „Variant Calls“.

For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Specifications
Zur Verwendung mit (Geräte)Ion GeneStudio™ S5 Series Sequencer, Ion Chef™ System
Hochdurchsatz-KompatibilitätHigh-throughput Compatible, Multiplexing
BibliothekenTargeted Sequencing Library
Multiplex-Funktion12- to 3072-plex per well
Anzahl Reaktionen96 Reaktionen
ProduktlinieIon AmpliSeq
ProdukttypLibrary Kit 2.0
Menge96 Reaktionen
ProbentypDNA (Genomic), DNA from FFPE Tissues, Tissue (FFPE)
SequenzierungstypGenom- & DNA-Sequenzierung
SpeziesHuman
Ausgangsmaterial10 ng gDNA
VerfahrenLibrary Generation
Zur Verwendung mit (Anwendung)Next-Generation Sequencing (NGS)
Unit SizeEach
Inhalt und Lagerung
• 7 tubes, store at -10°C to -30°C
• 1 tube Low TE Buffer, store at room temperature

Häufig gestellte Fragen (FAQ)

When should I consider designing my own amplicons versus using the Ion Ampliseq Designer and Ion AmpliSeq technology?

The Ion AmpliSeq Designer (www.ampliseq.com) supports custom designs for targets in the human and mouse genomes. There are two design option sizes 125-175 bp, recommended for degraded DNA samples, and 125-275 bp, recommended for standard DNA input. Ion Ampliseq technology is a simple, fast, and affordable targeted sequencing strategy based on ultrahigh-multiplex PCR. The library preparation is completed in as little as 3.5 hours using 10 ng of DNA per PCR. To learn more about Ion Ampliseq technology, please review the Ion Ampliseq FAQs.

For other genomes (non-human or non-mouse) or applications requiring longer reads (up to 400-base reads), we recommend designing your own amplicons.

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What is the difference between a DNA fragment library and a DNA amplicon library?

A DNA fragment library is constructed from whole genomic DNA and is commonly used for whole genome resequencing or de novo sequencing. Briefly, the whole genomic DNA is fragmented or sheared, ligated with Ion-specific adapter sequences, and then size-selected for the library fragments of the desired length.

Amplicon libraries are constructed from PCR-amplified DNA fragments and are used for targeted sequencing (e.g., investigating variants at known genomic locations). There are two types of amplicon libraries, short and long.

A short amplicon library contains DNA fragments (targets) with lengths that are compatible with the Ion template preparation kits without any further shearing or fragmentation during library preparation. Additionally, no size-selection step is required, as the amplicons are already within the desired size range.

A long amplicon library contains DNA fragments (targets) with lengths that are longer than those compatible with the Ion template kits and requires further shearing or fragmentation during library preparation. The library preparation protocol for long amplicons is similar to fragment libraries.

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Is the Ion Library Equalizer Kit compatible with Ion Ampliseq libraries?

The Ion Library Equalizer Kit (Cat. No. 4482298) is recommended for use with Ion AmpliSeq libraries and provides an alternative to library quantification methods by using bead-based technology to normalize the final library concentration to ~100 pM.

The Ion Library Equalizer Kit is fast and cost-effective compared to traditional quantification methods; however, it may be not be the right choice for all users. Briefly, the library is amplified with the Ion Equalizer Primers, captured onto Equalizer Beads, and the normalized library is eluted from the beads using a specially formulated Equalizer Elution Buffer. The final library is normalized to ~100 pM, but there is no quality control information (e.g., measured concentration or size distribution) that can be obtained, which is possible if using the recommended library quantification kits: Ion Library Quantitation Kit (qPCR), Qubit dsDNA HS Assay Kit (Qubit 2.0 Fluorometer), or Agilent High Sensitivity DNA Kit (Agilent Bioanalyzer instrument).

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My custom design has low predicted coverage, what can I do to improve it?

If you've reviewed your design and are not satisfied with the results, please click on the “Not happy with this design? Let us help” link to have an Ion Ampliseq team member contact you about additional options for your design.

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How should I dilute my library for template preparation? How much volume of the diluted library is required?

For template preparation, Ion AmpliSeq libraries are diluted to 100 pM, and the volume required for template preparation will vary depending on the template preparation kit used. Please see the Ion AmpliSeq Library Preparation User Guide for details regarding library dilutions and input into template preparation.

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