Ion AmpliSeq™ Library Kit 2.0
Ion AmpliSeq™ Library Kit 2.0
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Ion AmpliSeq™ Library Kit 2.0

El kit de bibliotecas Ion AmpliSeq™ 2.0 se ha diseñado para una rápida preparación de bibliotecas de amplicones mediante panelesMás información
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Número de catálogoN.º de reacciones
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Número de catálogo 4480442
Precio (MXN)
-
N.º de reacciones:
384 reacciones
El kit de bibliotecas Ion AmpliSeq™ 2.0 se ha diseñado para una rápida preparación de bibliotecas de amplicones mediante paneles Ion AmpliSeq™ listos para su uso y grupos de primers personalizados para la secuenciación en el sistema Ion Personal Genome Machine™ (PGM™). Esta nueva versión «LV» del kit se ha configurado para grandes volúmenes de reactivos, por lo que es ideal para protocolos de preparación automatizada de bibliotecas de ADN; también se puede utilizar con protocolos manuales. Esta nueva versión sustituye a la versión anterior «no LV» (n.º de cat. 4478378).

Características principales:

Nuevo protocolo sencillo
• Flujo de trabajo basado en una placa de 96 pocillos que permite una fácil gestión de muestras.
• Solo se requiere un paso de limpieza, lo que reduce el tiempo de manipulación.
• Sin amplificación de biblioteca con cuantificación de qPCR.

Nueva mezcla maestra Ion AmpliSeq™ HiFi
• Permite la amplificación del limpiador para aumentar la uniformidad de la cobertura.
• PCR de hasta 3072-plex que permite diseños de panel más grandes.

Nuevo reactivo de digestión
• Digestión de limpiador que permite una secuenciación posterior más eficaz

Reacciones de PCR de multiplexing ampliables
La tecnología Ion AmpliSeq™ 2.0 permite reacciones PCR multiplex escalables de 12 a 3072-plex en un solo pocillo utilizando solo 10 ng de ADN inicial. Los paneles y grupos de primers Ion AmpliSeq™ permiten una elevada amplificación de PCR multiplexado de miles de regiones diana genómicas, con una especificidad y uniformidad de cobertura excepcionales, sin la necesidad de una plataforma PCR microfluídica especializada. Además, los primers contienen modificaciones patentadas que permiten eliminar secuencias de primers durante la preparación de la biblioteca, para una eficiente evaluación de objetivos durante la secuenciación. Se pueden usar varios grupos de primers para crear amplicones superpuestos que permitan completar la cobertura de grandes objetivos. Los grupos de primers personalizados Ion AmpliSeq™ se han diseñado mediante el software alojado en la Web Ion AmpliSeq™ Designer, disponible en www.ampliseq.com.

Preparación de la biblioteca con código de barras
El Ion AmpliSeq™ Library Kit 2.0 incluye reactivos para generar amplicones con los primers Ion AmpliSeq™ y preparar bibliotecas con los amplicones resultantes. El kit permite la preparación de bibliotecas de códigos de barras mediante el uso de kits de adaptadores de código de barras Ion Xpress™ 1-96. Las bibliotecas con código de barras pueden combinarse y cargarse en un único chip de iones para minimizar el tiempo y los costos de secuenciación y permitir comparaciones precisas entre muestras.

Protocolo sencillo y flexible
El Ion AmpliSeq™ Library Kit 2.0 utiliza un formato basado en placa para facilitar la manipulación y seguimiento de la muestra, y por compatibilidad con los laboratorios de alto rendimiento y la automatización. La preparación de la biblioteca se completa en tan solo 3,5 horas usando 10 ng de ADN por PCR y ADN de diversos orígenes, como tejido fijado en formol incluido en parafina (FFPE), que se puede usar como material de partida.

Las bibliotecas de ADN resultantes están listas para la preparación de plantillas posterior para la amplificación clonal en partículas Ion Sphere™ con el sistema automatizado Ion One Touch™. El intuitivo Torrent Suite Software y el software Ion Reporter opcional le permiten pasar de ADN extraído a nomenclatura de variaciones en tan solo 10 horas.

Para uso exclusivo en investigación. No apto para uso en procedimientos diagnósticos.

Especificaciones
Para utilizar con (equipo)Ion GeneStudio™ S5 Series Sequencer, Ion Chef™ System
FormatoKit
Compatibilidad de alto rendimientoHigh-throughput Compatible, Multiplexing
BibliotecasTargeted Sequencing Library
Capacidad multiplex12- to 3072-plex per well
N.º de reacciones384 reacciones
Línea de productosIon AmpliSeq
Tipo de productoLibrary Kit 2.0
Cantidad384 reactions
Tipo de muestraDNA (Genomic), DNA from FFPE Tissues, Tissue (FFPE)
Tipo de secuenciaciónGenome and DNA Sequencing
EspecieHumano
Material de partida10 ng gDNA
TécnicaLibrary Generation
Para utilizar con (aplicación)Next-Generation Sequencing (NGS)
Unit SizeEach
Contenido y almacenamiento
• 7 tubes, store at -10°C to -30°C
1 tube Low TE Buffer, store at room temperature

Preguntas frecuentes

When should I consider designing my own amplicons versus using the Ion Ampliseq Designer and Ion AmpliSeq technology?

The Ion AmpliSeq Designer (www.ampliseq.com) supports custom designs for targets in the human and mouse genomes. There are two design option sizes 125-175 bp, recommended for degraded DNA samples, and 125-275 bp, recommended for standard DNA input. Ion Ampliseq technology is a simple, fast, and affordable targeted sequencing strategy based on ultrahigh-multiplex PCR. The library preparation is completed in as little as 3.5 hours using 10 ng of DNA per PCR. To learn more about Ion Ampliseq technology, please review the Ion Ampliseq FAQs.

For other genomes (non-human or non-mouse) or applications requiring longer reads (up to 400-base reads), we recommend designing your own amplicons.

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What is the difference between a DNA fragment library and a DNA amplicon library?

A DNA fragment library is constructed from whole genomic DNA and is commonly used for whole genome resequencing or de novo sequencing. Briefly, the whole genomic DNA is fragmented or sheared, ligated with Ion-specific adapter sequences, and then size-selected for the library fragments of the desired length.

Amplicon libraries are constructed from PCR-amplified DNA fragments and are used for targeted sequencing (e.g., investigating variants at known genomic locations). There are two types of amplicon libraries, short and long.

A short amplicon library contains DNA fragments (targets) with lengths that are compatible with the Ion template preparation kits without any further shearing or fragmentation during library preparation. Additionally, no size-selection step is required, as the amplicons are already within the desired size range.

A long amplicon library contains DNA fragments (targets) with lengths that are longer than those compatible with the Ion template kits and requires further shearing or fragmentation during library preparation. The library preparation protocol for long amplicons is similar to fragment libraries.

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Is the Ion Library Equalizer Kit compatible with Ion Ampliseq libraries?

The Ion Library Equalizer Kit (Cat. No. 4482298) is recommended for use with Ion AmpliSeq libraries and provides an alternative to library quantification methods by using bead-based technology to normalize the final library concentration to ~100 pM.

The Ion Library Equalizer Kit is fast and cost-effective compared to traditional quantification methods; however, it may be not be the right choice for all users. Briefly, the library is amplified with the Ion Equalizer Primers, captured onto Equalizer Beads, and the normalized library is eluted from the beads using a specially formulated Equalizer Elution Buffer. The final library is normalized to ~100 pM, but there is no quality control information (e.g., measured concentration or size distribution) that can be obtained, which is possible if using the recommended library quantification kits: Ion Library Quantitation Kit (qPCR), Qubit dsDNA HS Assay Kit (Qubit 2.0 Fluorometer), or Agilent High Sensitivity DNA Kit (Agilent Bioanalyzer instrument).

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How do I get started with the Ion AmpliSeq Designer?

Please visit the Ion AmpliSeq Designer website (www.ampliseq.com) and log in with your Thermofisher username and password. Select the “Help” tab to review training videos and documentation, including pipeline details, troubleshooting guides, and frequently asked questions.

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How should I dilute my library for template preparation? How much volume of the diluted library is required?

For template preparation, Ion AmpliSeq libraries are diluted to 100 pM, and the volume required for template preparation will vary depending on the template preparation kit used. Please see the Ion AmpliSeq Library Preparation User Guide for details regarding library dilutions and input into template preparation.

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