Mass Spectrometry Cleavable Crosslinkers

Die chemische Vernetzung in Kombination mit Massenspektrometrie ist eine leistungsstarke Methode zur Verbesserung der Proteincharakterisierung und Identifizierung von Interaktionen zwischen Proteinen. Diese Methode wurde auf rekombinante und native Proteinkomplexe und in jüngerer Zeit auf Ganzzelllysate oder intakte einzellige Organismen angewendet, um Interaktionen zwischen Proteinen auf globaler Ebene zu identifizieren. Die jüngste Verbesserung der Spaltbarkeit bei DSSI und DSBU hat die MS-Kompatibilität und -Empfindlichkeit des Nachweises von vernetzten Peptiden und Proteinen verbessert.

• Hochgradig reaktive NHS-Ester (an beiden Enden) mit Primäraminen
• MS-spaltbar durch kollisionsinduzierte Dissoziation (CID)
• Hochgradig reine kristalline Reagenzien für Proteinstruktur- und Interaktions-Charakterisierung
• Halb membrangängig, ermöglichen intrazelluläre Vernetzung
• Wasserunlöslich (zuerst in DMF oder DMSO auflösen)

DSSO (Disuccinimidylsulfoxid) und DSBU ((Disuccinimidyl Dibutyric Urea) (oder BuUrBU) sind sowohl MS-spaltbare als auch membran-halbdurchlässige Crosslinker, die an jedem Ende eines Spacerarms aus 7 Kohlenstoffen (DSSO) bzw. Spacerarms aus 11 Atomen (DSBU) einen aminreaktiven N-Hydroxysuccinimid(NHS)-Ester enthalten. Beide Crosslinker haben eine ähnliche Reaktivität wie DSS, enthalten jedoch eine Spaltfunktion in der Linkerregion, die eine Spaltung in der Gasphase durch kollisionsinduzierte Dissoziation (CID) während der Tandem-MS (MS/MS)-Fragmentierung ermöglicht. Die MS-Spaltung von DSSO oder DSBU erzeugt während MS2 diagnostische Ionendubletten, wodurch die Identifizierung vernetzter Peptide von Dead-End Modifikationen unterschieden wird. Die Fragmente vernetzter Peptide werden anschließend mit MeroX oder XlinkX Software identifiziert. Für DSSO ermöglicht die Spaltung vernetzter Peptiden MS/MS MS3-Erfassungsverfahren, was die Peptidsequenzierung mit herkömmlichen Datenbanksuchmaschinen zusätzlich erleichtert.

Hinweis: Für eine hochauflösende Analyse der vernetzten Peptide wird für die Quelle Nanospray Flex die LC-Säule Acclaim PepMap 100 C18 empfohlen (Best.- Nr. 164940 oder 164568) empfohlen. Für die Quelle EASY-Spray wird die LC-Säule EASY-Spray C18 empfohlen (Best.- Nr. ES900 oder ES904).