AgriSeq™ Feline Parentage and ID Plus Traits and Disorders Panel

Das Applied Biosystems AgriSeq Feline Parentage and Identification Plus Traits and Disorders (PITD) Panel ist ein kombiniertes Panel zur Bestimmung von Abstammung und Identifizierung (111 SNP-Marker) und zur Bestimmung klinisch wichtiger Merkmale und Störungen (43 SNP, 1 MNP, 20 Indel-Marker) bei Katzen durch gezielte Genotypisierung-durch-Sequenzierung (GBS). Bei Bedarf können zusätzliche benutzerdefinierte Marker aus dem Referenzgenom Felis_catus_8.0 hinzugefügt werden, sofern kompatibel. Das AgriSeq Feline PITD Panel ermöglicht die gleichzeitige Multiplex-Genotypisierung mithilfe des AgriSeq-zielgerichteten GBS-Arbeitsablaufs. Für die Analyse wird das Referenzgenom Felis_catus_8.0 verwendet.

Der Bedarf an einem hochgradig konsistenten Nachweis informativer genetischer Marker ist für den Nachweis genetischer Eigenschaften von entscheidender Bedeutung. Zielgerichtete GBS-Methoden wie AgriSeq haben den Vorteil gegenüber nicht-zielgerichteten GBS-Ansätzen (z. B. RADSeq), die sehr anfällig für Allel-Ausfälle und fehlende Daten sind. Mithilfe des AgriSeq Arbeitsablaufs können Hunderte bis Tausende von Markern gleichzeitig in einer hochgradig reproduzierbaren Weise über verschiedene Probensets hinweg zielgerichtet eingesetzt werden. In Zusammenarbeit mit mehreren Experten und ISAG-Mitgliedslaboratorien haben wir die Leistung aller 175 SNP-Marker im Panel entwickelt und validiert. Die Leistung der Platte wurde mit orthogonalen Tests, Robustheitstests und Feldtests mit verschiedenen oralen Katzen-DNA-Proben überprüft. Die 111 SNP-Parentage- und Identifizierungsmarker wurden auch mit den ISAG/ICAR 2. SNP Typing Feline Comparison Proben für 2019 qualifiziert. Das umfassende AgriSeq Feline PITD Panel liefert zuverlässige Genotypisierungsergebnisse für die Bestimmung der Abstammung, die Identitätsprüfung und die Vorhersage klinisch wichtiger genetischer Störungen und Merkmale.

Merkmale des AgriSeq feline PITD Panels:
• Reproduzierbare Genotypisierung von 111 SNP-Markern für die Abstammungs- und Identitätsbestimmung
• Reproduzierbarkeit der Genotypisierung von 64 Markern (43 SNP, 1 MNP, 20 Indel) für 42 genetische Erkrankungen und 22 Merkmale
• Einfacher Arbeitsablauf mit hohem Durchsatz
• Anpassbarer Ansatz zur Kombination mit kompatiblen Merkmalen und Störungen Marker

> 99 % mittlere Probenanrufrate für Marker
Hohe Genotyp-Call-Rate und Reproduzierbarkeit sind unerlässlich, um Abstammung und Identität genau zu bestimmen oder Merkmale und Störungen genau vorherzusagen. Die DNA-Feldproben mit oralem Wattestäbchen wurden mit Hilfe des zielgerichteten AgriSeq-GBS-Arbeitsablaufs ausgewertet, und für die meisten Marker wurde eine durchschnittliche Proben-Call-Rate von 99,3 % erzielt (siehe Abbildung unten). Die Übereinstimmung mit replizierten Genotypen lag bei > 99,5 %, und die Aufrufe waren mit orthogonalen Daten (100 %) in hohem Maße konkordant.

Einfacher Arbeitsablauf mit hohem Durchsatz
Das AgriSeq Feline PITD Panel wurde für den Einsatz im zielgerichteten AgriSeq-GBS-Workflow optimiert. Pro Chip können bis zu 768 einzigartige Proben gebündelt werden, wodurch die Sequenzierungskosten und die Arbeitskosten pro Tier erheblich reduziert werden. Bis zu vier 384-Well-Platten können an einem Tag verarbeitet werden, und vollständige Sequenzierungsergebnisse können in nur drei Tagen erzielt werden. Dank der Flexibilität des AgriSeq-Arbeitsablaufs können Hunderte von Proben zu einem einzigen Sequenzierungslauf zusammengefasst werden, der Hunderte bis Tausende von Markern erfasst.

Kombinieren Sie das AgriSeq Feline PITD Panel mit anderen zusätzlichen Markern für maximalen Testwert
Der zielgerichtete AgriSeq-GBS-Arbeitsablauf ist äußerst flexibel und ermöglicht das Hinzufügen kompatibler Marker und Panels für eine effiziente, hochwertige Genotypisierung. Ganz gleich, ob Sie die Abstammungsanalyse mit bestimmten gewünschten Merkmalsmarkern oder genetischen Defektmarkern kombinieren möchten, um Träger in Zuchtprogrammen auszuzüchten, unser engagiertes Team von Spezialisten für Agrarinformatik steht Ihnen für die Entwicklung von Hochleistungspanels zur Verfügung.

Das AgriSeq Feline PITD Panel bietet zusammen mit dem AgriSeq-Arbeitsablauf eine rationalisierte, kostengünstige Methode für die Verifizierung von Katzenabstammungen und die Identitätsbestimmung oder Vorhersage von Merkmalen und Störungen.

Hinweis: Das Referenzgenom Felis_catus_8.0 und andere Dateien, die für die Analyse des AgriSeq Feline PITD Panels benötigt werden, können Sie über den technischen Support erhalten.