LipidSearch™ Software

Die Lipidomik ist entscheidend für das Verständnis zellulärer Physiologie und Pathologie, und das Lipid-Profiling für die Analyse von Krankheitsphänotypen ist ein rasant wachsender Bereich in der translationalen medizinischen Forschung. LC/MS ist ein leistungsfähiges Verfahren zur Identifizierung und Quantifizierung zellulärer Lipide. Die Thermo Scientific™ LipidSearch™ Software verarbeitet LC-MS-Daten, einschließlich der Daten hochauflösender exakter Massenbestimmungen, die von Thermo Scientific™ Orbitrap™ Massenspektrometern erzeugt werden, um eine genaue Lipididentifizierung, relative Quantifizierung und Ergebnisvisualisierung zu ermöglichen. Sie integriert automatisch komplexe Daten in Berichte und sorgt für eine drastische Verringerung der Datenanalysezeit.

Die Thermo Scientific™ LipidSearch™ Software wurde von Professor Ryo Taguchi und Mitsui Knowledge Industry Co. (Tokio, Japan) entwickelt und ist ein leistungsstarkes Werkzeug zur automatischen Identifizierung und relativen Quantifizierung von zellulären Lipiden aus LC-MS-Daten. Die LipidSearch Software bietet:

• Kompatibilität mit Thermo Scientific Triple Quadrupol-, Ionenfallen- und Orbitrap LC-MS-Systemen
• Lipid-Datenbank mit > 1,5 Millionen Lipid-Ionen und deren vermuteten Fragment-Ionen
• Abgleich von Lipid-Daten mit zahlreichen LC-MS- und LC-MSⁿ-Experimenten
• Relative Quantifizierung der identifizierten Lipid-Vorläufer in LC-MS- oder Infusionsexperimenten

Intelligente Peak-Erkennung für eine genauere Identifizierung und Quantifizierung

Mit der in der LipidSearch Software enthaltenen Engine zur Peak-Erkennung können Daten aus mehreren Arten von Massenspektrometern und verschiedenen Arten von MS-Experimenten verarbeitet werden. Durch die Kombination aus einzigartigen Algorithmen für die Peak-Erkennung, maßgeschneidert für jeden Experiment- und Gerätetyp, und Funktionen zur Massenspektrenverarbeitung wird die genaue Peak-Erkennung zur besseren Identifizierung und Quantifizierung gewährleistet.

Umfangreiche Lipid-Datenbank für eine umfassendere Identifizierung

Die Datenbank enthält definierte Strukturen und umfasst mehr als 1,5 Millionen Lipid-Ionen mitsamt deren vermuteten Fragment-Ionen. Fragmentierungsmuster werden berechnet und durch Fachwissen und experimentelle Ergebnisse verbessert. Lipid-Addukt-Ionen und MSⁿ-Fingerprints sind ebenfalls enthalten. Die Daten werden in XML-Dateien gespeichert und sind einfach individuell anpassbar.

Duale Identifizierungsalgorithmen für die Aufnahme verschiedener Arten von Daten

Die LipidSearch Software enthält einen gruppenspezifischen ID-Algorithmus, der für die zielgerichtete Identifizierung optimiert ist, und einen umfassenden ID-Algorithmus, der für die nicht zielgerichtete Identifizierung optimiert ist. Bei dem gruppenspezifischen Algorithmus werden Vorläufer-Ionen-Scans und Neutralverlust-Scans verwendet, um Lipide auf Grundlage von polaren Kopfgruppen oder Fettsäuren zu identifizieren. Bei dem umfassenden ID-Algorithmus wird eine Kombination aus Produkt-Ionen-Scans und Datenbank-Zuordnung zur Identifizierung der Lipide verwendet. Die LipidSearch Software enthält auch Bewertungsalgorithmen, um unwahrscheinlichere Ergebnisse herauszufiltern.

Peak-Alignment für die bessere Quantifizierung

Vor der Quantifizierung werden die extrahierten chromatographischen Peaks aus jeder Probe innerhalb eines Retentionszeitfensters ausgerichtet, um eine genauere Quantifizierung zu gewährleisten.