CytoScan™ HD Training Kit
CytoScan™ HD Training Kit
Applied Biosystems™

CytoScan™ HD Training Kit

El kit de formación de ensayo CytoScan™ HD contiene matrices y reactivos para 24 reacciones, además de materiales de formaciónMás información
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Número de catálogo 901834
Precio (USD)
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El kit de formación de ensayo CytoScan™ HD contiene matrices y reactivos para 24 reacciones, además de materiales de formación para la solución citogenética CytoScan HD completa.

Se requiere formación del cliente para la solución citogenética CytoScan HD. Tiene a su disposición diferentes programas de formación en función de su nivel de experiencia. Póngase en contacto con su distribuidor local para obtener más información.

Solución de citogenética CytoScan HD
La solución completa de citogenética CytoScan HD incluye la matriz CytoScan HD, un kit de reactivos CytoScan, el software Chromosome Analysis Suite (ChAS) fácil de usar y el probado sistema de instrumentos GeneChip.

Máxima cobertura genómica: relevante hoy y en el futuro
La solución CytoScan HD ofrece la más amplia cobertura y el mayor rendimiento para detectar aberraciones cromosómicas humanas. La matriz CytoScan HD tiene una sensibilidad superior al 99 % y puede detectar de forma fiable cambios en el número de copias de 25-50 kb en todo el genoma con alta especificidad con corroboración de llamadas SNP (alélica). Con más de 2,6 millones de marcadores de número de copias, la matriz CytoScan ha sido reconocida por su cobertura líder en el sector de todos los genes OMIM™ y RefSeq. En una sola plataforma, la solución CytoScan HD ofrece una resolución de alta densidad de todo el genoma, que se extiende a través de las regiones de promotores y miARN, para la detección e información de aberraciones relevantes. Superando las limitaciones de las actuales curaciones de bases de datos, la matriz de genoma completo garantiza que los nuevos hallazgos se puedan catalogar para descubrimientos y anotaciones futuros que a menudo se pierden con diseños dirigidos.

SNP de alta densidad: determinación de heterocigosidad a nivel de genes
La matriz CytoScan HD incluye 750 000 SNP con una precisión superior al 99 % para detectar una estimación precisa de los puntos de interrupción, la pérdida de la determinación de la heterocigosidad (LOH), regiones idénticas por descenso, contaminación materna y mosaicismo de bajo nivel. La información alélica proporciona una potente visualización de mayor confianza tras las llamadas CNV, así como información sobre la heterogeneidad de las muestras, la diversidad clonal y la disomía uniparental (UPD).

Compatible con la gama más amplia de tipos de muestras, incluso FFPE
La matriz CytoScan HD admite varios tipos de muestras diferentes para el análisis de investigación citogenética constitucional y del cáncer, incluidas de sangre, médula ósea, bucales, saliva, tejidos frescos y congelados, células de cultivo/directas, amniocitos y muestras de FFPE.

Kit de reactivos y flujo de trabajo optimizados
La solución CytoScan HD se ha optimizado para ahorrar tiempo, dinero y recursos en el laboratorio. El protocolo de ensayo simplificado y optimizado está alineado con los requisitos de flujo de trabajo del laboratorio, lo que facilita la obtención de uniformidad, resultados de alta calidad y reduce los errores del operador. El kit de reactivos incluye todos los reactivos necesarios para la matriz, incluidas las partículas magnéticas, excepto el etanol y un kit de amplificación de ADN (póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica para obtener una recomendación sobre nuestros kits de amplificación de ADN). Cada componente pasa con nosotros una estricta inspección de control de calidad para garantizar la mayor reproducibilidad y rendimiento con las matrices CytoScan HD. El protocolo CytoScan se puede lograr en 2,5 días con solo 7 horas de tiempo práctico.

El instrumento de preparación de objetivos Affymetrix NIMBUS automatiza su flujo de trabajo
El instrumento de preparación de objetivos NIMBUS ofrece a su laboratorio el mejor instrumental de manipulación de líquidos compacto. La elegante estación de trabajo NIMBUS está optimizada para automatizar la parte posterior a la PCR del ensayo CytoScan, incluidas las etapas de purificación y agrupación de ADN. La solución de preparación automatizada de objetivos CytoScan es ideal para laboratorios que pretender manejar 24 o 48 muestras con facilidad y aumentar su rendimiento.

Software Chromosome Analysis Suite (ChAS): diseñado por citogenetistas para citogenetistas
El popular software ChAS está adaptado al análisis y la elaboración de informes de investigación citogenética. El software está disponible de forma gratuita como parte de la solución completa CytoScan HD.

Enlaces relacionados
Conjunto de kit de matrices CytoScan™ HD y kit de reactivos.
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Especificaciones
Número de marcadores2.4 million markers
Cantidad1 kit
TipoHD Training Kit
matriz, red, conjuntoCytogenetics, Copy Number
FormatoMatriz de sondas GeneChip
Número de arrays24 matrices
Unit SizeEach

Preguntas frecuentes

Which thermocycler can I use for the CytoScan HD assay?

Here is the link to the CytoScan assay user guide: https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets/LSG/manuals/703038_cytoscan_assay_UG.pdf
In Appendix D (starting on page 67), the manual outlines specifications for compatible thermocyclers. Any thermocycler that fits those specifications will work.

Note: Use the silver or gold-plated block only, do not use an aluminum block. In order to determine which block you have, look at the serial number on the block. An "A" in the serial number indicates that the block is aluminum; an "S" indicates that it is silver. Also, an aluminum block has a honeycomb appearance between the wells, whereas a silver block is smooth.

What are the recommended genomic DNA extraction methods for CytoScan HD assay?

Methods that include boiling or strong denaturants are not acceptable, because the DNA would be rendered single-stranded. For genomic DNA extraction, we recommend using either the Qiagen Gentra Puregene Kit or the 5 Prime PerfectPure DNA Blood Kit.

Our CytoScan HD Assay requires genomic DNA concentration ≥50 ng/µL. Therefore, the elution volumes for each of the kits will need to be adjusted accordingly to achieve the desired concentration.

The presence of RNA and free nucleotides can interfere with some quantitation methods using a spectrophotometer or a NanoDrop instrument. To eliminate RNA contamination, perform RNase treatment during extraction as follows:
- For QIAGEN Gentra Puregene Kit: Perform RNase treatment as recommended in the extraction kit manual prior to elution of genomic DNA.
- For 5 PRIME PerfectPure DNA Blood Kit: Use only RNase-treated purification columns for extraction of genomic DNA.

The purified genomic DNA extracted using the two methods above should meet the DNA quality specifications per the manufacturer’s kit extraction manual.
Note: Both blood and cell line sample sources have been tested for the CytoScan HD assay.

What are the specifications for the CytoScan HD Array?

The CytoScan HD Array includes 750,000 "genotype-able" SNPs and 1.9 million non-polymorphic probes. The CytoScan HD Array covers both constitutional and cancer genes with: - ISCA constitutional coverage at 1 marker /384 bases
- Complete cancer gene coverage at 1 marker / 553 bases
- 12,000 OMIM genes at 1 marker / 659 bases
- >36,000 RefSeq genes with 1 marker / 880 bases
- Backbone (non-gene) coverage of 1 marker / 1,737 bases across genome for breakpoints

Array format: 49
Feature size: 5 µM
Time to scan per array: ~32 mins
Hyb temperature: 50 degrees C

The CytoScan HD Array uses the following QC metrics:
- SNPQC ≥15
- MAPD ≤0.25
- Waviness SD ≤0.12

I accidentally froze the wash buffers in my CytoScan HD Kit. Can I still use them for purification?

The Purification Wash Buffer and Elution Buffer are not affected by being frozen at -20 degrees C and are safe to use for purification.

How is gender determined by the Cytoscan HD array?

A subset of Y probes is used and run through a Hidden Markov Model to determine gender. Copy number of 0 or 1. 0 indicates female and 1 indicates male.

Find additional tips, troubleshooting help, and resources within our Microarray Analysis Support Center.