Software SimGlycan™

Acelere la caracterización de polisacáridos complejos mediante el software SimGlycan™ de PREMIER Biosoft. El software SimGlycan procesa e interpreta los datos de varias etapas/secuenciales (MSⁿ) producidos por los espectrómetros de masas Thermo Scientific™, lo que resulta esencial para determinar la heterogeneidad de los glicanos y las formas isoméricas. Este software compara automáticamente los espectros de masas experimentales con una amplia base de datos y genera una lista que contiene las estructuras clasificadas por su probabilidad en función de la puntuación asignada. A través de los vínculos interactivos se puede acceder a más información relevante sobre la estructura propuesta, lo que incluye la clase de glicano, el recorrido y las enzimas.

• Admite todos los instrumentos basados en Orbitrap™ y trampa iónica de Thermo Scientific que lleven a cabo la caracterización de glicanos.
• Procesa los datos de MSⁿ para resolver la heterogeneidad de los glicanos, los patrones de ramificación y las estructuras isobáricas. Para diferenciar los isómeros estructurales de los polisacáridos, se pueden necesitar un máximo de siete niveles de fragmentación de MS.
• Incluye una base de datos compuesta por más 22 500 glicanos para procesar y verificar las estructuras.
• Ofrece una gran cantidad de información biológica relevante para la probable estructura de glicanos, incluida la clase de glicano, la reacción, el recorrido y las enzimas.
• Busca glicanos con diversos derivados químicos utilizados para la reducción de las modificaciones finales aunque el instrumento derivado no esté disponible en la base de datos.
• Caracteriza Na, Li, Mg, K y aductos de formiato, así como combinaciones de aductos como, por ejemplo, Na + H, Li + H, etc.
• Identifica las estructuras de glicosaminopolisacáridos complejas incluso si se han modificado con sustituyentes como sulfato, fosfato y etanolamina.
• Determina la escisión glucosídica de doble enlace y del anillo de sacáridos, a través de una combinación de datos de MSⁿ.

• Crea informes que incluyen características de los polisacáridos, como el ID, la secuencia, el nombre, la composición, la masa, la relación m/z del ión precursor, la clase, la reacción, el recorrido, la imagen del polisacárido y los fragmentos teóricos con los valores de m/z y masa correspondientes.
• Exporta imágenes de las estructuras, los fragmentos y los espectros de polisacáridos como archivos JPEG o PNG.