Axiom Apple Genotyping Array (Axiom_Apple480) se ha diseñado a través del programa de diseño de expertos Affymetrix en colaboración con el consorcio FruitBreedomics (
www.FruitBreedomics.com). La secuenciación y selección de marcadores fue realizada por expertos de Fondazione Edmund Mach, INRA, Dalhousie University, Wageningen UR, University Di Bologna, and Universita Degli Studi Di Milano.
La matriz de 96 formatos incluye marcadores identificados mediante datos de secuencia del genoma completo de 63 cultivares de
Malus domestica y dos muestreos de dobles haploides. En la Tabla 1 se indica el número de cultivares y el país de origen correspondiente utilizados en el proceso de descubrimiento de SNP.
Axiom Apple Genotyping Array incluye 480 000 marcadores y, junto con el software Analysis Suite de Axiom, supera los retos de genotipado asociados a la poliploidía, la rápida descomposición del desequilibrio de enlaces (LD) y el elevado polimorfismo observado en el genoma de la manzana.
Características destacadas de la matriz• Diversidad muy elevada
• Incluye marcadores descubiertos en 63 cultivares de
M. domestica de todo el mundo• Alta resolución para abordar la rápida descomposición de LD - 487 249 marcadores en la matriz
- sesgo hacia variantes comunes con frecuencia de alelos menor (MAF) >0,05
- Incluye 21 463 marcadores previamente validados: 19 990 marcadores de una matriz de 20 000 manzanas de Fruitbreedomics existente en el mercado y 1473 marcadores identificados mediante genotipado por secuenciación (GBS)
• Ausencia de variantes paralógicas mediante el uso de muestreos de dobles haploides en descubrimiento de SNP
Aplicaciones de Axiom Apple Genotyping Array• Creación de mapas genéticos de alta resolución
• Mapeo exhaustivo de loci de rasgo cuantitativo
• Estudios de asociación del genoma completo
Productos necesariosSoftware GeneChip Command ConsoleInstrumental GeneTitan Multi-ChannelAxiom Apple Genotipping Array (Axiom_Apple480) se ha diseñado a través del programa de diseño de expertos de Affymetrix en colaboración con el consorcio FruitBreedomics (
www.FruitBreedomics.com). La secuenciación y selección de marcadores fue realizada por expertos de Fondazione Edmund Mach, INRA, Dalhousie University, Wageningen UR, University Di Bologna, and Universita - Degli Studi Di Milano.
La matriz de 96 formatos incluye marcadores identificados mediante datos de secuencia del genoma completo de 63 cultivares de
Malus domestica y dos muestreos de dobles haploides. En la Tabla 1 se indica el número de cultivares y el país de origen correspondiente utilizados en el proceso de descubrimiento de SNP.
Axiom Apple Genotyping Array incluye 480 000 marcadores y, junto con el software Analysis Suite de Axiom™, supera los retos de genotipado asociados a la poliploidía, la rápida descomposición del desequilibrio de enlaces (LD) y el elevado polimorfismo observado en el genoma de la manzana.
Características destacadas de la matriz
- Diversidad muy elevada
- Incluye marcadores descubiertos en 63 cultivares de M. domestica de todo el mundo
- Alta resolución para abordar la rápida descomposición de LD
- 487 249 marcadores en la matriz
- Sesgo hacia variantes comunes con frecuencia de alelos menor (MAF) >0,05
- Incluye 21 463 marcadores previamente validados: 19 990 marcadores de una matriz de 20 000 manzanas de Fruitbreedomics existente en el mercado y 1473 marcadores identificados mediante genotipado por secuenciación (GBS)
- Ausencia de variantes paralógicas mediante el uso de muestreos de dobles haploides en descubrimiento de SNP
Aplicaciones de Axiom Apple Genotyping Array
- Creación de mapas genéticos de alta resolución
- Mapeo exhaustivo de loci de rasgo cuantitativo
- Estudios de asociación del genoma completo
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| Tabla 1: El país de origen y el número de cultivares utilizados en el proceso de descubrimiento de SNP para Axiom Apple Genotyping Array. | | País de origen | Número de cultivares | | Australia | 1 | | Europa central | 39 | | Canadá | 1 | | Irán | 1 | | Simmental | 16 | | Japón | 1 | | Nueva Zelanda | 1 | | Norte de Europa | 4 | | Rusia | 9 | | Túnez | 1 | | Estados Unidos | 5 | |
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.