Axiom™ Multispecies Tambaqui and Pacu Genotyping Array (Axiom SerraSNP), 384HT format

La matriz de genotipado Axiom Multispecies Tambaqui y Pacu (Axiom SerraSNP) es un componente de nuestra solución de genotipado Axiom en la que el ADN genómico diana se prepara y procesa en el instrumento multicanal GeneTitan. El proceso automatizado incluye la hibridación del ADNg a esta micromatriz de alto rendimiento, seguida de tinción, lavado, adquisición de imágenes y salida de datos de identificación de genotipos de SNP para su posterior análisis.

La matriz de genotipado Axiom Multispecies Tambaqui y Pacu fue diseñada en colaboración con el Dr. Diogo Teruo Hashimoto de la Universidad Estatal de São Paulo (UNESP, CAUNESP, Jaboticabal - Brasil) y el Dr. José Manuel Yáñez de la Universidad de Chile. La matriz contiene 29 575 SNP de tambaqui (Colossoma macropomum) y 29 712 SNP de pacu (Piaractus mesopotamicus). Además, se validaron 3000 SNP polimórficos para una especie de serrasalmid estrechamente relacionada, pirapitinga (Piaractus brachypomus), mediante la tasa de conversión utilizando los marcadores SNP de tambaqui y pacu como un recurso valioso para la aplicación a programas selectivos de cría y estudios de conservación/población. Esta matriz también está disponible en formato mini-96 (n.º ref. 551219de ).

Contenido de Tambaqui
• Contiene 29.575 SNP
• Muestras para el descubrimiento de SNP obtenidas a partir de las poblaciones de cría de criaderos comerciales en América del Sur (Brasil, Colombia y Perú) y núcleo reproductivo del Centro de Acuicultura (Caunesp) de la Universidad Estatal de São Paulo (Unesp), Brasil
• 81.848 SNP originados por ddRADseq, GBS1 y las técnicas de ARNseq2,3 inicialmente identificadas
• en la predicción in silico para seleccionar las mejores sondas según los criterios de la matriz Axiom dieron como resultado 42.851 marcadores recomendados
• SNP polimórficos con resolución Polyhigh y sin polimorfismos adyacentes seleccionados para el conjunto final
• Matriz verificada mediante muestras de genotipado de Brasil, Colombia y Perú
• El valor promedio de MAF fue de 0,247 presentando SNP con alta frecuencia alélica

Contenido de Pacu
• Contiene 29.612 SNP
• Pacu utilizados para el descubrimiento de SNP obtenido de familias de sib completo del núcleo reproductivo del Centro de Acuicultura (Caunesp) de la Universidad Estatal de São Paulo (Unesp), Brasil
• 130.403 SNP originados por RADseq4, ddRADseq y las técnicas de ARNAseq5 identificados inicialmente
• La predicción in silico para seleccionar las mejores sondas de acuerdo con los criterios de la matriz Axiom dio como resultado 99.682 marcadores recomendados
• SNP polimórficos con resolución Polyhigh y sin polimorfismos adyacentes seleccionados para el conjunto final
• Matriz verificada mediante muestras de genotipado de las poblaciones de cría de diferentes incubadoras comerciales en Brasil
• El valor medio de MAF fue de 0,203 presentando SNP con alta frecuencia de alelos

Aplicaciones
• Estudios de asociación para todo el genoma
• Obtención molecular (mapeo de asociaciones y selección genómica)
• Genética de poblaciones (para distinguir entre el origen del pescado)

Productos necesarios
Software GeneChip Command Console GeneTitan
Instrument
Axiom Analysis Suite Software
Axiom Long Format Export Tool (AxLE)

Referencias
1. Nunes, J. R. S., Liu, S., Pértille, F., Perazza, C. A., Villela, P. M. S., Almeida-Val, V. M. F., Hilsdorf, A. W. S., Liu, Z. & Coutinho, L. L. Large-scale SNP discovery and construction of a high-density genetic map of Colossoma macropomum through genotyping-by-sequencing. Sci. Rep. 7, 46112 (2017).
2. Ariede, R.B., Freitas, M.V., Hata, M.E., Mastrochirico-Filho, V.A., Pilarski, F., Batlouni, S. R., Porto-Foresti, F. & Hashimoto, D. T. Microsatellites associated with growth performance and analysis of resistance to Aeromonas hydrophila in tambaqui Colossoma macropomum. Front. Genet. 9, 3 (2018).
3. Gomes, F., Watanabe, L., Vianez, J., Nunes, M., Cardoso, J., Lima, C., Schneider, H. & Sampaio, I. Comparative analysis of the transcriptome of the Amazonian fish species Colossoma macropomum (tambaqui) and hybrid tambacu by next generation sequencing. PloS One 14, e0212755 (2019).
4. Mastrochirico-Filho, V. A., Borges, C. H. S., Freitas, M. V., Ariede, R. B., Pilarski, F., Utsunomia, R., Carvalheiro, R., Gutierrez, A. P., Peñaloza, C., Yáñez, J. M., Houston, R. D. & Hashimoto, D. T. Development of a SNP linkage map and genome-wide association study for resistance to Aeromonas hydrophila in pacu (Piaractus mesopotamicus). BMC Genomics 21, 672 (2020).
5. Mastrochirico-Filho, V. A., Hata, M. E., Kuradomi, R. Y., Freitas, M. V., Ariede, R. B., Pinheiro, D. G., Robledo, D., Houston, R. & Hashimoto, D. T. Transcriptome profiling of pacu (Piaractus mesopotamicus) challenged with pathogenic Aeromonas hydrophila: inference on immune gene response. Front. Genet. 11, 604 (2020).