GeneChip™ Arabidopsis Gene 1.0 ST Array

Las matrices GeneChip™ Arabidopsis Gene 1.0 ST le permiten:
• Medir la expresión, a través de todo el gen, con mayor resolución y precisión que con las soluciones clásicas de micromatrices con 3' sesgado
• Obtener datos exactos y reproducibles mediante el uso de múltiples mediciones independientes para cada transcripción

Fondo
El modelo y los organismos de investigación aplicados son valiosos para la investigación comparativa de genómica, la biología evolutiva, y para seguir desempeñando un papel fundamental descifrando los mecanismos moleculares que subyacen a la enfermedad humana y la mejora de los cultivos agrícolas. Las matrices GeneChip Gene 1.0 ST se han desarrollado para el análisis de una amplio abanico de organismos de investigación aplicada y de modelos. Estos organismos son las últimas adiciones a la creciente familia de micromatrices de expresión génica que ofrecen una cobertura de transcripción completa. Las matrices GeneChip Gene 1.0 ST se diseñaron en colaboración con investigadores influyentes, como Alan Archibald, jefe de la División de Genética y Genómica del Roslin Institute (diseño de matrices Porcine), Leonard Zon, director del Programa de Investigación de Células Madre, y Yi Zhou, director Genómico Principal del programa de Investigación de Células Madre en el Children's Hospital Boston y Harvard Medical School, en Boston (diseño de matrices Zebrafish).

Ventajas principales
• La cobertura de transcripción más alta: obtiene mediciones de expresión fiables de contenido bien anotado con hasta 26 sondas por transcripción
• El análisis de transcriptoma completa: captura las isoformas de transcripción que puede perder con diseños de expresión sesed 3'
• La correlación de datos alta: logra una alta correlación de señal de tiras inter e intra matriz (R > 0,99)

Rendimiento probado del estándar del sector
Las matrices GeneChip Gene 1.0 ST ofrecen una cobertura de transcriptoma completa para determinados modelos y organismos de investigación aplicada. Todos los diseños se basan en el contenido genómico más reciente y ofrecen la mayor cobertura de sondas (hasta 26 sondas a lo largo del gen). Esto permite una detección precisa para el análisis de micromatrices de transcriptomas completos y proporciona una mayor resolución y precisión que otras soluciones de micromatrices clásicas de 3' del mercado. El enfoque del análisis de transcriptomas completos permite a los investigadores detectar múltiples isoformas transcriptivas, incluidas aquellas que se pueden perder con un diseño de expresión sesgado en 3', como variantes de empalmes, transcripciones no poliadeniladas, transcripciones con sitios de poliadenilación alternativos y transcripciones truncadas.

Solución completa de reactivos, software e instrumental para un rendimiento óptimo de las matrices
Para una mayor comodidad y un soporte completo, la matriz Gene 1.0 ST se proporciona como parte de una solución completa que incluye reactivos e instrumentos GeneChip:
• Reactivos de control y etiquetado de objetivos de detección de WT GeneChip. Para obtener información detallada sobre el procedimiento del ensayo y sobre el rendimiento, consulte el manual de ensayo de etiquetado de objetivos WT Sense
• GeneChip Fluidics Station 450 para obtener el procesamiento completo de matrices a distancia para conseguir los niveles más altos de reproducibilidad
• GeneChip Scanner 3000 7G con el cargador automático opcional para la adquisición de imágenes de matriz

Ofrecemos varias herramientas que le ayudarán en el análisis de datos. Incluye GeneChip Expression Console; software, el centro de análisis NetAffx y el explorador de genoma integrado (IGB).

El software Expression Console es una aplicación fácil de usar que permite el resumen de conjuntos de sondas, así como la evaluación preliminar de la calidad de los datos. Un flujo de trabajo sencillo permite al usuario analizar rápidamente los datos (consulte la figura). Los datos resultantes se pueden analizar más a fondo mediante aplicaciones de proveedores de software compatibles con GeneChip™.

El centro de análisis NetAffx, con anotaciones biológicas y funcionales actualizadas regularmente de conjuntos de sondas, es el recurso más completo para anotaciones de matrices e información de secuencias de sondas. Las herramientas de consulta flexibles y los enlaces externos permiten a los investigadores profundizar en los genes y las anotaciones de interés. Este recurso facilita la interpretación de los resultados de las micromatrices y el diseño rápido de los estudios posteriores.

Flujo de trabajo
Los investigadores también pueden utilizar IGB para visualizar los resultados en un contexto genómico. Las anotaciones genómicas, incluidas las secuencias RefSeq, SNP y ubicaciones genómicas de diversas fuentes, se pueden ver junto con los datos de señal de expresión génica de micromatriz.

El flujo de trabajo de análisis de datos de la matriz Gene 1.0 ST es similar al flujo de trabajo para el análisis de expresión génica de 3', utilizando Expression Console 1.1, software compatible con GeneChip de terceros y herramientas de anotación en el centro de análisis NetAffx e IGB.

Perfil de contenido
Las matrices GeneChip Gene 1.0 ST proporcionan la última cobertura del genoma transcrito. Utilizamos una amplia colección de fuentes de información para diseñar sondas que interrogan hasta 26 secuencias únicas de cada transcripción. En conjunto, estas 26 sondas de 25 mer únicas interrogan hasta 650 bases por transcripción. Esta alta cobertura de la sonda en toda la transcripción da como resultado un rendimiento y una fiabilidad de los datos superiores, así como la capacidad de actualizar los datos experimentales a medida que crece la comprensión de cada genoma y transcriptoma.