La naranja de acridina está bien retenida en las mitocondrias, lo que la convierte en una sonda útil para seguir a las mitocondrias durante el aislamiento y después de la fusión celular. Se informa que la captación mitocondrial no depende del potencial de membrana, a diferencia de muchas otras sondas mitocondriales. Es tóxico en altas concentraciones y aparentemente se une a la cardiopilina en todas las mitocondrias, independientemente de su estado energético. Este derivado se ha utilizado para analizar las mitocondrias mediante citometría de flujo, caracterizar la resistencia multifarmacológica y medir los cambios en la masa mitocondrial durante la apoptosis.