Invitrogen™

OncoStat Panel, SNAP-ChIP™ Spike-in

SNAP-ChIP (inmunoprecipitación de cromatina para la normalización de muestras y la elaboración de perfiles de anticuerpos), una tecnología patentada deMás información

Número de catálogo	Cantidad
A47343	10 reacciones

Número de catálogo A47343

Precio (CLP)

Cantidad:

10 reacciones

SNAP-ChIP (inmunoprecipitación de cromatina para la normalización de muestras y la elaboración de perfiles de anticuerpos), una tecnología patentada de EpiCypher, utiliza nucleosomas semisintéicos con código de barras de ADN que incorporan histonas con mutaciones únicas y que funcionan como sustancias añadidas para el control de la ChIP.

• Los patrones homogéneos y completamente definidos representan fielmente los mononucleosomas diana en la muestra experimental
• Los nucleosomas están sujetos a un riguroso control de calidad para garantizar la uniformidad entre lotes
• Los códigos de barras de ADN únicos pueden distinguirse de los genomas de la muestra experimental
• Las sustancias añadidas proporcionan una lectura directa del rendimiento de los anticuerpos en la ChIP
• Capacidad de controlar la variabilidad técnica entre las muestras
• Patrones definidos que permiten conseguir una normalización universal entre experimentos

Los paneles SNAP-ChIP son directamente compatibles con su flujo de trabajo de ChIP actual, con nucleosomas semisintéticos inmunoprecipitados y procesados que incorporan la mutación de interés junto con una muestra de cromatina.

Los usuarios pueden controlar directamente la capacidad de los anticuerpos (especificidad y enriquecimiento) en un experimento de ChIP midiendo la recuperación de los nucleosomas específicos e inespecíficos. Los añadidos de SNAP se pueden seguir utilizando como un patrón definido para normalizar los datos de su ChIP, controlando así la variabilidad técnica entre los experimentos.

El panel OncoStat consiste en un grupo de nucleosomas que albergan siete mutaciones de la histona H3.3 bien estudiadas e implicadas en el cáncer (histona H3.3K4M, H3.3K9M, H3.3K27M, H3.3G34R, H3.3G34V, H3.3G34W y H3.3K36M) más un control natural de H3.3. Además, cada uno de estos ocho nucleosomas está envuelto por dos códigos de barras de ADN independientes (un total de 16 códigos de barras en el panel), lo que permite hacer una réplica técnica interna en cada reacción de ChIP. Una sola de las sustancias añadidas del panel permite a los usuarios comprobar la especificidad de los anticuerpos si se examina la recuperación post-IP de los nucleosomas de SNAP-ChIP en comparación con los no específicos, lo que permite generar datos de ChIP de alta calidad.

Para uso exclusivo en investigación. No apto para uso en procedimientos diagnósticos.

Especificaciones

DescripciónPanel de nucleosoma recombinante

Nº de pruebas10 reacciones

Cantidad10 reacciones

Línea de productosOncoStat, SNAP-ChIP

Tipo de productoPanel SNAP-ChIP

Unit SizeEach

Contenido y almacenamiento

Almacenar entre – 5 y – 30 °C.

Preguntas frecuentes

Can you please recommend specific histone PTM antibodies?

Thermo Fisher Scientific (https://www.thermofisher.com/us/en/home.html), in collaboration with EpiCypher, has performed extensive antibody testing for various histone PTMs, using SNAP-ChIP spike-in control panels to validate antibody specificity. For more information, please go to:
https://www.thermofisher.com/us/en/home/life-science/antibodies/invitrogen-antibody-validation/SNAP-ChIP-antibody-validation.html.

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Will the SNAP-ChIP spike-ins affect the required sequencing depth?

The SNAP-ChIP spike-ins represent <<1% of total nucleosomes in the sample, so sequencing depth is unaffected.

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With SNAP-ChIP panels, do you have specific guidelines for running the sequencing?

Paired-end sequencing is recommended for several reasons:
- Because the reverse barcodes are unique to each dNuc within a panel, they will not be reachable from the top strand in many NGS configurations (e.g., single end 50, 75, or 100 bp sequencing). Thus, half of the data associated with the SNAP-ChIP spike-ins (those from the top strand) cannot be confidently aligned to a specific nucleosome in the panel and will be discarded. The read depth associated with the SNAP-ChIP spike-ins will be concomitantly reduced.
- Paired-end sequencing allows read filtering to eliminate data associated with dinucleosomes (immunoprecipitated more efficiently than mononucleosomes* and thus overrepresented in the sequencing data). This bias can be mitigated by excluding fragments sized >220 bp from analysis.
* Grzybowski, A. T., Chen, Z. & Ruthenburg, A. J. Calibrating ChIP-Seq with Nucleosomal Internal Standards to Measure Histone Modification Density Genome Wide. Molecular Cell 58: 886-899, doi:10.1016/j.molcel.2015.04.022 (2015).

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Can you please recommend a native ChIP protocol to use with SNAP-ChIP spike-in?

Please see the following reference for a detailed native ChIP method:
Brand, M., Rampalli, S., Chaturvedi, C. P. & Dilworth, F. J. Analysis of epigenetic modifications of chromatin at specific gene loci by native chromatin immunoprecipitation of nucleosomes isolated using hydroxyapatite chromatography. Nature Protocols 3: 398-409, doi:10.1038/nprot.2008.8 (2008).

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I am planning to use SNAP-ChIP panels. Why should I use a native ChIP protocol with micrococcal nuclease (MNase) digestion vs. crosslinking/sonication?

SNAP-ChIP spike-in is directly compatible with both native and crosslinked approaches though the former is recommended. Crosslinking can impact antibody specificity and enrichment because crosslinked chromatin becomes more sticky and susceptible to epitope masking. In our experience, signal-to-noise ratios are often decreased in crosslinked samples compared to native ChIP.
In contrast, a native nuclei preparation that is micrococcal nuclease-digested to yield >95% pure mononucleosomes will yield samples that more closely resemble the SNAP-ChIP spike-ins (i.e., unfixed mononucleosomes). As a result, data obtained from the SNAP-ChIP controls will be most representative of the experimental samples.

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