La maleimida BODIPY™ FL reactiva al tiol produce conjugados de colorante electrónicamente neutros que son espectralmente similares al colorante de fluoresceína con carga negativa. La falta de carga iónica de este colorante produce efectos mínimos en los puntos isoeléctricos de las proteínas estándar conjugadas con este fluoróforo. El colorante BODIPY™ FL de tamaño pequeño y vida útil de estado de excitación relativamente larga ha demostrado ser útil para estudiar la interacción ligando-receptor por polarización de fluoresencia. Además, el colorante BODIPY™ FL tiene poca o ninguna superposición espectral con colorantes de longitud de onda más larga como el colorante Texas Red™ y la tetrametilrodamina, lo que lo convierte en un fluoróforo verde útil para aplicaciones multicolores.