Kit de captura de ARN Click-iT™ Nascent, para análisis de expresión génica
Kit de captura de ARN Click-iT™ Nascent, para análisis de expresión génica
Invitrogen™

Kit de captura de ARN Click-iT™ Nascent, para análisis de expresión génica

Green features
El kit de captura de ARN Click-iT™ Nascent utiliza nuestra exclusiva química Click-iT™ para capturar con alta eficacia y sensibilidadMás información
Have Questions?
Número de catálogoCantidad
C103651 kit
Número de catálogo C10365
Precio (CLP)
982.799
Each
Añadir al carro de la compra
Cantidad:
1 kit
Precio (CLP)
982.799
Each
Añadir al carro de la compra
El kit de captura de ARN Click-iT™ Nascent utiliza nuestra exclusiva química Click-iT™ para capturar con alta eficacia y sensibilidad ARN recién creado. Con el enfoque de Click-iT™ se pueden realizar estudios sobre análisis de alta resolución de la regulación génica junto con la regulación del ARN, la estabilidad del ARN, la síntesis de ARN, la decadencia y la degradación del ARN, la regulación transcripcional, los ensayos delta⁄delta C(t), los ensayos nucleares run on⁄run off, etc. Los homólogos de etileno uridina (UE) ribonucleótidos que contienen un grupo alcalino reactivo se introducen en las células o los tejidos. Una vez incorporados, las células se lisan y el ARN se aísla. La biotina azida se somete a química clic y, a continuación, se usan gránulos magnéticos de estreptavidina para capturar el nuevo grupo de ARN sintetizado. Los ARN capturados se amplifican y los ADNc resultantes se usan en varias metodologías posteriores a la captura. Lo hemos validado para matrices (tanto de alta densidad como de baja densidad), secuenciación en análisis delta CT mediante qPCR basada en SOLiD™ y SYBR™ o TaqMan™. Solo se necesitan 25.000 células para el análisis de las nuevas transcripciones inducidas. El kit permite etiquetar y capturar 40 condiciones que se pueden dividir en 400 ensayos analíticos individuales. Con un precio de alrededor de un dólar por ensayo, es perfecto para los investigadores de entornos académicos e industriales.

Las células toleran bien el reactivo EU en la concentración recomendada de 200 µM. En una pantalla de matriz de más de 32.000 genes podríamos detectar solo los cambios más leves en 12, en comparación con un vehículo de control. Además, en la primera concentración de alimentación, cinco veces la recomendada (200 µM frente a 1,0 mM), no hubo efectos sobre un grupo de genes de mantenimiento ni en la capacidad de las células para proliferar normalmente. Se confirmó la sensibilidad y la fiabilidad en una matriz de densidad baja (TLDA™) de genes apoptóticos. El grupo emergente capturado detectó de manera exacta todas las transcripciones apoptóticas (inducidas por estaurosporina) caracterizadas anteriormente sin ningún cambio perceptible en la información de secuencia.

*Descubrimiento, no solo recuperación*. En las últimas décadas, los esfuerzos genómicos han revelado que solo el 2 % del genoma humano codifica proteínas, lo que deja al 98 % sin información genética. Este nuevo enfoque ayudará notablemente en la transcriptómica de esta década a descubrir la finalidad y los patrones de expresión de este amplio contenedor de secuencias desconocidas.

*Capacidad para estudiar la estabilidad del ARN. * Para otros, la posibilidad de descubrir la estabilidad del ARNm sin necesidad de radioactividad será la función clave que ofrezca este enfoque. En el pasado, las vidas medias de las transcripciones se derivaban con nucleótidos radioactivos en experimentos nucleares run-on y run-off tradicionales. Este enfoque, caracterizado por su peligrosidad y complejidad, se considera un fuerte retroceso: ahora, estos valores críticos se pueden obtener de forma sencilla, segura y fiable.

*¿Quiere conocer las novedades?* Incorpore la línea Click-iT de análogos metabólicos para etiquetar el nuevo material. Sin radioactividad ni dificultad para usar haptenos. Conozca las novedades en ADN, ARN, proteínas, azúcares, PTM y mucho más.
*Tecnología Click-iT™: una reacción, infinitas posibilidades.*
Para uso exclusivo en investigación. No apto para uso en procedimientos diagnósticos.
Especificaciones
Concentración2 X (tampón de unión de ARN y tampón de la UE)
Para utilizar con (equipo)Sistema 7000, sistema 7200, sistema 7300, sistema 7500 Fast, sistema 7500, sistema 7900HT Fast, sistema 7900HT, StepOne™, modo rápido, StepOne™, modo estándar, StepOnePlus™, modo rápido, StepOnePlus™, modo estándar, termociclador Veriti, bioanalizador Agilent 2100, SOLiD™
Características ecológicasMenos peligroso
Tecnología de aislamientoGránulo magnético
Línea de productosClick-iT
Tipo de productoKit de captura de ARN naciente
Cantidad1 kit
Condiciones de envíoHielo húmedo
FormatoKit
Unit SizeEach
Contenido y almacenamiento
Componente A
1 x 5 mg de 5-etinil uridina (EU)
Componente B
1 x 1 ml de tampón EU Click-iT™ *concentrado 2X*
Componente C
1 x 340 µg de biotina azida (PEG4 carboxamida-6-azidohexanilo biotina)
Componente D
1 x 200 µl de sulfato de cobre (II) (CuSO4) *solución acuosa de 25 mM*
Componente E
1 x 400 mg de aditivo 1 de tampón de reacción Click-iT™
Componente F
1 x 100 µl de aditivo 2 de tampón de reacción Click-iT™
Componente G
2 x 1 ml de tampón de unión de ARN Click-iT™ *concentrado 2X*
Componente H
1 x 500 µl de estreptavidina T1 Dynabeads™ MyOne™
Componente I
1 x 35 ml de tampón de lavado de reacción 1 Click-iT™
Componente J
1 x 35 ml de tampón de lavado de reacción 2 Click-iT™
Almacenar a 4 grados C

Preguntas frecuentes

What are the main characteristics of a Click-iT reaction?

Click reactions have several general characteristics: the reaction is efficient, no extreme temperatures or solvents are required, the reaction is complete within 30 minutes, the components of the reaction are bio-inert, and perhaps most importantly, no side reactions occur-the label and detection tags react selectively and specifically with one another. This final point is a key advantage of this powerful detection technique; it is possible to apply click chemistry-labeled molecules to complex biological samples and detect them with unprecedented sensitivity due to the extremely low background of the reaction.

Find additional tips, troubleshooting help, and resources within our Cell Analysis Support Center.

Can the Click-iT Nascent RNA Capture Kit, for gene expression analysis (Cat. No. C10365) be used in downstream next-generation sequencing (NGS) applications?

Yes, cDNA produced at the end of the Click-iT Nascent RNA Capture Kit, for gene expression analysis (Cat. No. C10365) workflow (step 6.8 on page 11 of the Manual) can be used for next-generation sequencing (NGS) application.

Below are some references of the downstream NGS application using this kit:

Palozola, K. C., Donahue, G., & Zaret, K. S. (2021). EU-RNA-seq for in vivo labeling and high throughput sequencing of nascent transcripts. STAR protocols, 2(3), 100651.

Lu, X. M., Batugedara, G., Lee, M., Prudhomme, J., Bunnik, E. M., & Le Roch, K. G. (2017). Nascent RNA sequencing reveals mechanisms of gene regulation in the human malaria parasite Plasmodium falciparum. Nucleic acids research, 45(13), 7825-7840.

Find additional tips, troubleshooting help, and resources within our Next-Generation Sequencing Support Center.

Citations & References (19)

Citations & References
Abstract
EU-RNA-seq for in vivo labeling and high throughput sequencing of nascent transcripts.
Authors:Palozola KC,Donahue G,Zaret KS
Journal:STAR protocols
PubMed ID:34485932
The protocol allows for labeling nascent RNA without isolating nuclei. The cell-permeable uridine analog, 5-ethynyluridine (EU), is added to media to allow in vivo labeling of nascent transcripts. Cells are lysed, total RNA is collected, and biotin is conjugated to EU-labeled RNAs. Custom biotin RNAs are added and biotinylated RNAs ... More
METTL14 is a chromatin regulator independent of its RNA N6-methyladenosine methyltransferase activity.
Authors:Dou X,Huang L,Xiao Y,Liu C,Li Y,Zhang X,Yu L,Zhao R,Yang L,Chen C,Yu X,Gao B,Qi M,Gao Y,Shen B,Sun S,He C,Liu J
Journal:Protein & cell
PubMed ID:37030005
METTL3 and METTL14 are two components that form the core heterodimer of the main RNA m6A methyltransferase complex (MTC) that installs m6A. Surprisingly, depletion of METTL3 or METTL14 displayed distinct effects on stemness maintenance of mouse embryonic stem cell (mESC). While comparable global hypo-methylation in RNA m6A was observed in ... More
Tudor domain containing 7 (Tdrd7) is essential for dynamic ribonucleoprotein (RNP) remodeling of chromatoid bodies during spermatogenesis.
Authors:Tanaka T, Hosokawa M, Vagin VV, Reuter M, Hayashi E, Mochizuki AL, Kitamura K, Yamanaka H, Kondoh G, Okawa K, Kuramochi-Miyagawa S, Nakano T, Sachidanandam R, Hannon GJ, Pillai RS, Nakatsuji N, Chuma S,
Journal:Proc Natl Acad Sci U S A
PubMed ID:21670278
'In the male germline in mammals, chromatoid bodies, a specialized assembly of cytoplasmic ribonucleoprotein (RNP), are structurally evident during meiosis and haploidgenesis, but their developmental origin and regulation remain elusive. The tudor domain containing proteins constitute a conserved class of chromatoid body components. We show that tudor domain containing 7 ... More
The repression domain of the E1B 55-kilodalton protein participates in countering interferon-induced inhibition of adenovirus replication.
Authors:Chahal JS, Gallagher C, DeHart CJ, Flint SJ,
Journal:J Virol
PubMed ID:23388716
'To begin to investigate the mechanism by which the human adenovirus type 5 E1B 55-kDa protein protects against the antiviral effects of type 1 interferon (IFN) (J. S. Chahal, J. Qi, and S. J. Flint, PLoS Pathog. 8:e1002853, 2012 [doi:10.1371/journal.ppat.1002853]), we examined the effects of precise amino acid substitution in ... More
NEAT1 long noncoding RNA regulates transcription via protein sequestration within subnuclear bodies.
Authors:Hirose T, Virnicchi G, Tanigawa A, Naganuma T, Li R, Kimura H, Yokoi T, Nakagawa S, Bénard M, Fox AH, Pierron G,
Journal:
PubMed ID:24173718
Paraspeckles are subnuclear structures formed around nuclear paraspeckle assembly transcript 1 (NEAT1)/MENe/ß long noncoding RNA (lncRNA). Here we show that paraspeckles become dramatically enlarged after proteasome inhibition. This enlargement is mainly caused by NEAT1 transcriptional up-regulation rather than accumulation of undegraded paraspeckle proteins. Of interest, however, using immuno-electron microscopy, we ... More