La E. coli BL21(DE3)pLysE es ideal para su uso con vectores de expresión basados en promotor T7. Al igual que la E. coli BL21(DE3)pLysS, BL21(DE3)pLysE puede transportar el lisógeno DE3 lambda. Además, las células BL21(DE3)pLysE contienen el plásmido pLysE, que expresa constitutivamente el lisozima T7. La lisozima T7 reduce la expresión basal de los genes objetivo inhibiendo la ARN polimerasa T7. El plásmido pLysE en BL21(DE3)pLysE expresa niveles superiores de lisozima T7 que el plásmido pLysS en BL21(DE3)pLysS.
La cepa BL21(DE3)pLysE proporciona un control más estricto de ARN-polimerasa T7, que es necesario cuando la proteína recombinante que se expresa es tóxica.