Oncomine™ Colon cfDNA Assay

El ensayo Oncomine™ Colon cfDNA forma parte de una solución completa para detectar ADN derivado de tumores de colon (u otro tumor gastrointestinal relacionado) (ADNtc) en ADN libre de células (cfDNA). Proporciona los reactivos para la construcción de bibliotecas y un solo grupo de cebadores de PCR multiplex para la preparación de bibliotecas de amplicones a partir de cfDNA obtenido a partir de la fracción plasmática de un solo tubo de sangre completa. El ensayo permite el análisis de variantes de un solo nucleótido e indeles cortos que mutan con frecuencia en el cáncer de colon/gastrointestinal. Se cubren catorce genes con más de 240 puntos de acceso (genes: AKT1, BRAF, CTNNB1, EGFR, ERBB2, FBXW7, GNAS, KRAS, MAP2K1, NRAS, PIK3CA, SMAD4, TP53, APC). Mediante el uso de la tecnología de secuenciación de etiquetas, se puede alcanzar un límite de detección (LdD) de hasta un 0,1 %.

Nota: Los archivos BED de destino y áreas de foco y el documento de la Guía del usuario para análisis de variantes de cfDNA con software Torrent Suite 5.2 se pueden encontrar a continuación en 'Documentos'.

• Diseño de amplicón corto optimizado para cfDNA fragmentado (∼170 pb de longitud)
• Detección de variantes de un solo nucleótido (SNV) e indeles de áreas de foco de hasta un 0,1 % de LdD
• Muy alta sensibilidad y especificidad, lo que permite niveles de detección extremadamente bajos con un mínimo de falsos positivos
• Se pueden ejecutar 6 muestras en un chip Ion 530™, lo que reduce los costes generales de secuenciación
• Flujo de trabajo eficiente, desde un solo tubo de sangre hasta resultados en solo 2 días

Las biopsias líquidas ofrecen varias ventajas sobre las biopsias convencionales de tumores sólidos:
• Las biopsias líquidas son menos invasivas, lo que permite tomar muestras en varios puntos de tiempo para monitorizar la progresión.
• Menor coste en comparación con las biopsias de tejidos tradicionales
• Tiempos de respuesta más rápidos, de las muestras a los resultados
• Más heterogeneidad tumoral capturada

Todo el flujo de trabajo (figura siguiente), desde el aislamiento de cfDNA con el kit de aislamiento de ADN libre de células MagMAX™ hasta el análisis de muestras, se puede realizar en solo 2 días con el sistema de secuenciación Ion S5™ XL.

Tecnología
El ctDNA se encuentra en concentraciones extremadamente bajas en la fracción plasmática de sangre total. Debido a esta baja prevalencia, en este ensayo se utiliza una tecnología de secuenciación de etiquetas. La tecnología adjunta una etiqueta molecular única a los cebadores específicos de genes. Los productos amplificados se agrupan luego en familias que contienen las mismas etiquetas. Las familias que contienen la misma variante mutante se llamarán con la configuración optimizada de Variant Caller para la aplicación Oncology-Liquid Biopsy. Las familias que contienen errores aleatorios, generalmente generados a través del proceso de construcción/secuenciación de la biblioteca, se identifican y se eliminan de la llamada de variantes.

A diferencia de otras tecnologías con LdD del 1 al 5 %, el ensayo Oncomine Colon cfDNA tiene un límite de detección flexible de hasta el 0,1 % o 1 copia mutante en un fondo de 1000 copias de tipo natural. Para lograr un LdD del 0,1 %, se requieren 20 ng de cfDNA de entrada. Se pueden usar cantidades menores de cfDNA (hasta 1 ng), pero el LdD será mayor dependiendo de la cantidad de entrada.

Simplicidad, velocidad y capacidad de ampliación de la tecnología de secuenciación de etiquetas
El ensayo Oncomine Colon cfDNA permite estudios genéticos del cáncer a partir de solo 1 ng de cfDNA de entrada para la construcción de bibliotecas específicas. El ensayo cfDNA utiliza un equipo de PCR estándar y dos reacciones de PCR simples, una para unir las etiquetas moleculares únicas y la segunda para amplificar la biblioteca para una alta selección de objetivos basada en PCR multiplex, sin necesidad de una gran inversión de capital. Además, el ensayo Oncomine Colon cfDNA es compatible con muestras FFPE para posibles estudios de concordancia. El tiempo total para las bibliotecas objetivo es de solo 3,5 horas. La capacidad de ampliación y la flexibilidad se logran con el conjunto de códigos de barras de secuenciación de etiquetas 1-24 (n.º de cat. A31830) o conjunto de códigos de barras de secuenciación de etiquetas 25-48 (n.º de cat. A31847) para el multiplexing de muestras con códigos de barras en chips Ion S5.

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