SNAP-ChIP (inmunoprecipitación de cromatina para la normalización de muestras y la elaboración de perfiles de anticuerpos), una tecnología patentada de EpiCypher, utiliza nucleosomas semisintéicos con código de barras de ADN que incorporan histonas con mutaciones únicas y que funcionan como sustancias añadidas para el control de la ChIP.

• Los patrones homogéneos y completamente definidos representan fielmente los mononucleosomas diana en la muestra experimental
• Los nucleosomas están sujetos a un riguroso control de calidad para garantizar la uniformidad entre lotes
• Los códigos de barras de ADN únicos pueden distinguirse de los genomas de la muestra experimental
• Las sustancias añadidas proporcionan una lectura directa del rendimiento de los anticuerpos en la ChIP
• Capacidad de controlar la variabilidad técnica entre las muestras
• Patrones definidos que permiten conseguir una normalización universal entre experimentos

Los paneles SNAP-ChIP son directamente compatibles con su flujo de trabajo de ChIP actual, con nucleosomas semisintéticos inmunoprecipitados y procesados que incorporan la mutación de interés junto con una muestra de cromatina.

Los usuarios pueden controlar directamente la capacidad de los anticuerpos (especificidad y enriquecimiento) en un experimento de ChIP midiendo la recuperación de los nucleosomas específicos e inespecíficos. Los añadidos de SNAP se pueden seguir utilizando como un patrón definido para normalizar los datos de su ChIP, controlando así la variabilidad técnica entre los experimentos.

El panel OncoStat consiste en un grupo de nucleosomas que albergan siete mutaciones de la histona H3.3 bien estudiadas e implicadas en el cáncer (histona H3.3K4M, H3.3K9M, H3.3K27M, H3.3G34R, H3.3G34V, H3.3G34W y H3.3K36M) más un control natural de H3.3. Además, cada uno de estos ocho nucleosomas está envuelto por dos códigos de barras de ADN independientes (un total de 16 códigos de barras en el panel), lo que permite hacer una réplica técnica interna en cada reacción de ChIP. Una sola de las sustancias añadidas del panel permite a los usuarios comprobar la especificidad de los anticuerpos si se examina la recuperación post-IP de los nucleosomas de SNAP-ChIP en comparación con los no específicos, lo que permite generar datos de ChIP de alta calidad.