Protein Thermal Shift™ Software v1.4
Protein Thermal Shift™ Software v1.4
Applied Biosystems™

Protein Thermal Shift™ Software v1.4

El software Protein Thermal Shift v1.4 se desarrolló para analizar las lecturas fluorescentes de fusión de proteínas directamente desde losMás información
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Número de catálogo 4466038
Precio (MXN)
-

El software Protein Thermal Shift v1.4 se desarrolló para analizar las lecturas fluorescentes de fusión de proteínas directamente desde los archivos de los instrumentos de PCR en tiempo real Applied Biosystems™.Las diferentes proteínas tendrán diferentes perfiles de Protein Thermal Shift, cada uno con una forma de curva de fusión de proteínas, una pendiente, una relación señal-ruido y un rango de fusión de temperatura únicos (consulte la figura siguiente para ver un ejemplo).El software Protein Thermal Shift genera uno o varios valores de temperatura de fusión (Tm) a partir de estas curvas mediante dos métodos: la Tm derivada de Boltzmann y la Tm determinada por curva derivada, para servir como puntos de comparación entre las curvas y representar la estabilidad térmica relativa de la proteína en diferentes condiciones de ensayo.

Dos métodos para generar el valor Tm
El método Boltzmann ajusta los datos dentro de una región de fusión identificada automática (o manual) al modelo Boltzmann de dos estados para generar la Tm.Típicamente, para las proteínas con un solo dominio de fusión, se utiliza el método Boltzmann.Sin embargo, para las proteínas con múltiples dominios de fusión, se puede utilizar el método de curva derivada.El método de curva derivada utiliza una segunda derivada calculada numéricamente de los datos en bruto para estimar las temperaturas en las que pueden producirse hasta seis picos (máximos locales) en el perfil de derivadas.Se utiliza un umbral empírico en la relación señal-ruido para determinar qué máximos locales se detectarán.

Compatible con nuestros sistemas de PCR en tiempo real
El software de análisis Protein Thermal Shift es compatible con los archivos de procesado generados a partir de estos sistemas de PCR en tiempo real:QuantStudio 1, 3, 5, 6 Flex, 6 Pro, 7 Flex, 7 Pro y 12K Flex, StepOne, StepOnePlus, 7500, 7500 Fast y Viia7.

Prepare sus muestras con nuestros kits Protein Thermal Shift™
Prepare sus muestras para el análisis con nuestro kit de inicio Protein Thermal Shift o el kit de tinción Protein Thermal Shift (disponible por separado).Estos kits permiten a los usuarios emplear un colorante que se une a los residuos hidrófobos expuestos para controlar la estabilidad térmica de las proteínas utilizando un instrumento de PCR en tiempo real para identificar las condiciones de tampón que estabilizan la proteína de interés o detectar bibliotecas de ligandos para compuestos que se unen a la proteína de interés.

Para uso exclusivo en investigación.No apto para uso en procedimientos diagnósticos.
Especificaciones
Para utilizar con (aplicación)PCR en tiempo real (PCRq)
Para utilizar con (equipo)Sistema 7500 Fast, sistema 7500, QuantStudio™ 12K Flex, QuantStudio™ 1, QuantStudio™ 3, QuantStudio™ 5, QuantStudio™ 6 Flex, QuantStudio™ 7 Flex, StepOne™, StepOnePlus™, sistema Viia™ 7, QuantStudio™ 6 Pro, QuantStudio™ 7 Pro
LicenciaEstático
Sistema operativoWindows 7 (paq. de servicio 2)
Línea de productosProtein Thermal Shift
Cantidad1 license
Tipo de softwareSoftware de análisis Protein Thermal Shift
Tipo de productoSoftware
Unit SizeEach
Contenido y almacenamiento
Licencia

Preguntas frecuentes

In the Protein Thermal Shift Assay, my replicates have different levels of fluorescence. Is this a problem?

We recommend looking at the spread in Tm, which is more important than the relative fluorescence.

What can I do for a protein that starts out high and then shows a region of melt (flattening of the curve, but no real rise in signal) when performing a Protein Thermal Shift assay?

Some proteins have hydrophobic residues on the surface and the dye binds to these residues. Heating results in unfolding of the protein causing more hydrophobic residues to be exposed. The dyes bind preferentially to these inner locations and so there is a flattening (or a very low rise) of the melt discernable in the melt profile. If there is no positive slope, you will not get a Boltzmann Tm, but you should still get a derivative one. And you can always draw a manual region to get a Tm out. Some proteins will not work with this technology if the hydrophobic residues are already exposed on the surface and the dye binds strongly to it. Please contact Technical Support at techsupport@thermofisher.com about the possibility of other dyes being available for this issue.

I am getting an error message when I try to open my *.eds data file in the Protein Thermal Shift Software? What should I do?

Make sure that you first open the file in the corresponding instrument software, click “Analyze”, and then save the file, before trying to open with the Protein Thermal Shift Software. The file must first be analyzed before it can be used in the Protein Thermal Shift Software.

The software allows for data from different plates to be analyzed together, what should be considered when mixing data from multiple plates?

The software will allow for ≥100 plates per study. We allow the user this flexibility but do not recommend you mix data from multiple plates unless they have validated their results in advance. At a minimum, we recommend researchers include a reference assay in each plate to ensure reproducibility.

Which analysis method should I choose? The Boltzmann fit or the derivative method?

We provide two independent methods because they each have unique things to offer in terms of the analysis. The two-state Boltzmann model has a physical meaning and appeal. It also provides a great way to normalize across noisy undulations in the signal. However, those undulations may be of actual interest and not noise, such as for multi-domain proteins where they may correspond to different domains coming apart in stages. Here the two-state model is inappropriate. The derivative method can help get a temperature at which the local peaks occur. These are two completely unrelated approaches. If the two-state model is a great fit for your data, the results should be in close agreement.