CytoScan™ HD Kit Plus
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CytoScan™ HD Kit Plus

El kit Cytoscan™ HD Plus 24 incluye matrices y reactivos Cytoscan HD suficientes para 24 reacciones y el kit deMás información
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Número de catálogoNúmero de arrays
90589696 matrices
90582424 matrices
Número de catálogo 905896
Precio (MXN)
-
Número de arrays:
96 matrices
El kit Cytoscan™ HD Plus 24 incluye matrices y reactivos Cytoscan HD suficientes para 24 reacciones y el kit de amplificación Cytoscan es suficiente para 96 reacciones.

Cytoscan HD Suite es el estándar inigualable en investigación citogenética y ofrece:

una excepcional cobertura de rendimiento sin compromiso
Cytoscan HD Suite proporciona la más amplia cobertura y el más alto rendimiento para detectar aberraciones cromosómicas. CytoScan HD Suite tiene una sensibilidad superior al 99 % y puede detectar de forma fiable cambios en el número de copias de 25 a 50 kb en todo el genoma con alta especificidad con corroboración alélica del polimorfismo de un solo nucleótido (SNP). Con más de 2,6 millones de marcadores de número de copias, Cytoscan HD Suite cubre todos los genes OMIM™ y RefSeq. Nuestra tecnología de fabricación exclusiva produce matrices que son altamente reproducibles entre cada lote, sin riesgo de pérdida de sonda inherente a las técnicas de fabricación de gránulos. Superando las limitaciones de las actuales conservaciones de bases de datos, la matriz de genoma completo garantiza que los nuevos hallazgos se puedan catalogar para descubrimientos y anotaciones futuros, los cuales a menudo se pierden con diseños dirigidos.

SNP de alta densidad con una precisión de genotipo >99 %
Permite la visualización de mosaicismo de bajo nivel, ausencia de heterocigosidad (AOH) y detección de UPD adquirida (aUPD), confirmación de cambio de número de copias, detección de triploidía, visualización de patrones de desequilibrio alélico, identificación de contaminación genómica, comprobación de coherencia de trío y análisis de padre de origen.

La gama más amplia de tipos de muestras compatibles, incluido POC FFPE
CytoScan HD Suite admite varios tipos de muestras diferentes para el cáncer y el análisis de investigación citogenética constitucional, incluidos sangre, médula ósea, bucal, saliva, tejidos frescos y congelados, tarjetas de DBS, células de cultivo/directas, amniocitos y productos de concepción (POC), muestras no archivadas frescas y fijas de formalina, incrustadas en parafina, entre otros.

Los sólidos flujos de trabajo de ensayo manuales o automatizados, el ADN, que se traduce en menos de tres días, incluido el recién disponible Kit de amplificación CytoScan
La solución de alta definición CytoScan HD se ha optimizado para ahorrar tiempo, dinero y recursos en el laboratorio. El protocolo de ensayo simplificado y optimizado está alineado con los requisitos del flujo de trabajo del laboratorio, lo que facilita la obtención de uniformidad, resultados de alta calidad y reduce los errores del operador. El kit de reactivos incluye reactivos y gránulos magnéticos necesarios para el ensayo CytoScan (excepto etanol). Cada componente pasa una inspección de control de calidad estricta para garantizar la máxima reproducibilidad y rendimiento con matrices CytoScan HD. El protocolo de CytoScan™ se puede realizar en 2,5 días con solo 7 horas de tiempo práctico.

¡El kit de amplificación CytoScan ya está disponible!
Kit de amplificación CytoScan (cat. El número 902975) se ha diseñado para su uso en el paso de amplificación de PCR del ensayo de CytoScan y está fabricado por Takara Bio USA, Inc (Clontech). El kit de amplificación de CytoScan es equivalente al kit de amplificación de ADN Clontech Titanium™ (n.º de ref. 639240, 300 reacciones o n.º de ref. 639243, 400 reacciones). Los reactivos de amplificación del kit de amplificación CytoScan generan productos de PCR para su uso en la preparación del ADN diana que se hibridará a matrices CytoScan 750K y HD. El kit contiene suficientes reactivos para preparar 400 reacciones de PCR, equivalentes a 96-100 muestras procesadas con el ensayo CytoScan.

Instrumento de preparación de dianas Affymetrix NIMBUS: automatice su flujo de trabajo
Affymetrix Nimbus Target Preparation Instrument (Instrumento de preparación de dianas Affymetrix Nimbus) ofrece a su laboratorio el mejor instrumento de manipulación de líquidos compacto. La elegante estación de trabajo Affymetrix NIMBUS está optimizada para automatizar la porción posterior a la PCR del ensayo CytoScan, incluidas las etapas de purificación y combinación de ADN. La solución de preparación de dianas automatizada Cytoscan es ideal para laboratorios que buscan manejar 24 o 48 muestras con facilidad y aumentar el rendimiento de las muestras.

Chromosome Analysis Suite (ChAS): diseñado para aplicaciones citogenéticas
El popular software ChAS está disponible de forma gratuita como parte de CytoScan HD Suite. ChAS se adapta al análisis de investigación citogenética y a la elaboración de informes con:

• Flujo de trabajo de análisis y generación de informes optimizada
• Capacidad para aplicar filtros personalizados para analizar el genoma a diferentes niveles de resolución
• Opciones para crear, modificar y cargar archivos de anotación y regiones de indicadores para análisis específicos
• Base de datos para almacenamiento, consulta y visualización de muestras
• Acceso directo a bases de datos externas como NCBI, UCSC Genome Browser, Ensembl y OMIM
•Comprobación de coherencia trío para estudios parentales
•Herramientas de análisis adaptadas al cáncer

Formación y atención al cliente de primera clase
Se necesita formación al cliente para el ensayo CytoScan HD tanto para clientes nuevos como antiguos. Hay diferentes productos disponibles en función de su nivel de experiencia. Póngase en contacto con nosotros aquí para obtener más información.

Enlaces relacionados

901835 Conjunto de kit de matrices y de reactivos CytoScan™ HD

905896 Kit de matrices CytoScan™ HD Plus 96
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Especificaciones
Número de marcadores2.6 million markers
Cantidad96 arrays
TipoHD Kit Plus 96
matriz, red, conjuntoCytogenetics, Copy Number
FormatoMatriz de sondas GeneChip
Número de arrays96 matrices
EspecieHumano
Unit SizeEach
Contenido y almacenamiento
CytoScan HD Kit Plus 96 includes CytoScan HD arrays and reagents and the CytoScan Amplification Kit sufficient for 96 reactions.

Preguntas frecuentes

Which thermocycler can I use for the CytoScan HD assay?

Here is the link to the CytoScan assay user guide: https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets/LSG/manuals/703038_cytoscan_assay_UG.pdf
In Appendix D (starting on page 67), the manual outlines specifications for compatible thermocyclers. Any thermocycler that fits those specifications will work.

Note: Use the silver or gold-plated block only, do not use an aluminum block. In order to determine which block you have, look at the serial number on the block. An "A" in the serial number indicates that the block is aluminum; an "S" indicates that it is silver. Also, an aluminum block has a honeycomb appearance between the wells, whereas a silver block is smooth.

What are the recommended genomic DNA extraction methods for CytoScan HD assay?

Methods that include boiling or strong denaturants are not acceptable, because the DNA would be rendered single-stranded. For genomic DNA extraction, we recommend using either the Qiagen Gentra Puregene Kit or the 5 Prime PerfectPure DNA Blood Kit.

Our CytoScan HD Assay requires genomic DNA concentration ≥50 ng/µL. Therefore, the elution volumes for each of the kits will need to be adjusted accordingly to achieve the desired concentration.

The presence of RNA and free nucleotides can interfere with some quantitation methods using a spectrophotometer or a NanoDrop instrument. To eliminate RNA contamination, perform RNase treatment during extraction as follows:
- For QIAGEN Gentra Puregene Kit: Perform RNase treatment as recommended in the extraction kit manual prior to elution of genomic DNA.
- For 5 PRIME PerfectPure DNA Blood Kit: Use only RNase-treated purification columns for extraction of genomic DNA.

The purified genomic DNA extracted using the two methods above should meet the DNA quality specifications per the manufacturer’s kit extraction manual.
Note: Both blood and cell line sample sources have been tested for the CytoScan HD assay.

What are the specifications for the CytoScan HD Array?

The CytoScan HD Array includes 750,000 "genotype-able" SNPs and 1.9 million non-polymorphic probes. The CytoScan HD Array covers both constitutional and cancer genes with: - ISCA constitutional coverage at 1 marker /384 bases
- Complete cancer gene coverage at 1 marker / 553 bases
- 12,000 OMIM genes at 1 marker / 659 bases
- >36,000 RefSeq genes with 1 marker / 880 bases
- Backbone (non-gene) coverage of 1 marker / 1,737 bases across genome for breakpoints

Array format: 49
Feature size: 5 µM
Time to scan per array: ~32 mins
Hyb temperature: 50 degrees C

The CytoScan HD Array uses the following QC metrics:
- SNPQC ≥15
- MAPD ≤0.25
- Waviness SD ≤0.12

I accidentally froze the wash buffers in my CytoScan HD Kit. Can I still use them for purification?

The Purification Wash Buffer and Elution Buffer are not affected by being frozen at -20 degrees C and are safe to use for purification.

How is gender determined by the Cytoscan HD array?

A subset of Y probes is used and run through a Hidden Markov Model to determine gender. Copy number of 0 or 1. 0 indicates female and 1 indicates male.

Find additional tips, troubleshooting help, and resources within our Microarray Analysis Support Center.