Mass Spectrometry Cleavable Crosslinkers

El entrecruzamiento químico en combinación con la espectrometría de masas es un método poderoso para mejorar la caracterización de proteínas y la identificación de interacciones proteína-proteína. Este método se ha aplicado a complejos de proteínas recombinantes y nativas, y más recientemente, a lisados de células enteras o a organismos unicelulares intactos con el fin de identificar interacciones entre proteínas a escala global. La mejora más reciente de la escisión en DSSO y DSBU ha mejorado la compatibilidad con MS y la sensibilidad de detección de proteínas y péptidos entrecruzados.

• Éster NHS altamente reactivo (en ambos extremos) con aminas primarias
• Escindible con MS por disociación inducida por colisión (CID)
• Reactivos cristalinos de alta pureza para la estructura de proteínas y la caracterización de interacciones
• Membrana semipermeable, que permite el entrecruzamiento intracelular
• Insoluble en agua (disolver primero en DMF o DMSO)

DSSO (sulfóxido de disuccinimidilo) y DSBU (urea dibutírica de disuccinimidilo) (o BuUrBU) son entrecruzadores semipermeables de membrana y escindibles por MS que contienen un éster de N-hidroxisuccinimida (NHS) reactivo con amina en cada extremo de un espaciador de 7 carbonos (DSSO) o brazo espaciador de 11 átomos (DSBU). Ambos entrecruzadores tienen una reactividad similar a DSS, pero contienen una funcionalidad escindible en la región del conector que permite la escisión en la fase gaseosa mediante la disociación inducida por colisión (CID) durante la fragmentación en tándem MS (MS/MS). La escisión de MS de DSSO o DSBU genera dobletes de iones de diagnóstico durante MS2, lo que distingue la identificación de péptidos entrecruzados de modificaciones sin salida. Los fragmentos de péptidos entrecruzados se identifican posteriormente utilizando el software MeroX o XlinkX. Para DSSO, la escisión de péptidos entrecruzados durante MS/MS permite los métodos de adquisición de MS3, lo que además facilita la secuenciación de péptidos utilizando motores de búsqueda de bases de datos tradicionales.

Nota: Para el análisis de alta resolución de péptidos entrecruzados, la columna de LC recomendada para la fuente Nanospray Flex es la columna de LC Acclaim PepMap 100 C18 (n.º de cat. 164940 o 164568). Para la fuente el EASY-Spray, la columna de LC recomendada es la columna de LC C18 EASY-Spray (n.º de ES900 o ES904).