AgriSeq™ Feline Parentage and ID Plus Traits and Disorders Panel

El panel de identificación y parentesco más rasgos y trastornos (PITD) de felinos AgriSeq de Applied Biosystems es un panel combinado para determinar la identificación y la filiación (111 marcadores SNP) y determinar los rasgos y trastornos clínicamente importantes (43 SNP, 1 MNP, 20 marcadores InDel) en felinos mediante genotipado por secuenciación (GBS). Si lo desea, se pueden añadir marcadores personalizados adicionales del genoma de referencia Felis_catus_8.0, si es compatible. El panel PITD de felinos AgriSeq permite el genotipado simultáneo multiplexado mediante el flujo de trabajo GBS dirigido AgriSeq. Para el análisis se utiliza el genoma de referencia Felis_catus_8.0.

La necesidad de una detección muy coherente de marcadores genéticos informativos es fundamental para la detección de rasgos genéticos. Los métodos de GBS dirigidos, como AgriSeq, tienen ventaja sobre los enfoques de GBS no dirigidos (por ejemplo, RADSeq) que son muy susceptibles a las caídas de alelos y a la falta de datos. Mediante el flujo de trabajo AgriSeq, se puede dirigir a entre cientos y miles de marcadores simultáneamente de forma muy reproducible en diversos conjuntos de muestras. En colaboración con varios expertos y laboratorios miembros de ISAG, hemos desarrollado y validado el rendimiento de los 175 marcadores SNP del panel. El rendimiento del panel se ha verificado mediante pruebas ortogonales, pruebas de solidez y pruebas de campo con diversas muestras de ADN de hisopo oral felino. Los 111 marcadores de identificación y filiación de SNP también se clasificaron con las muestras de comparación felinas de tipificación SNP 2019 ISAG/ICAR 2. El completo panel PITD de felinos AgriSeq está diseñado para ofrecer resultados de identificación de genotipos fiables para la determinación de la filiación, la verificación de la identidad y la predicción de rasgos y trastornos genéticos clínicamente importantes.

Las características del panel de PITD de felinos AgriSeq incluyen:
• Genotipado reproducible de 111 marcadores SNP para la determinación de la filiación y la identidad
• Genotipado reproducible de 64 marcadores (43 SNP, 1 MNP, 20 indeles) dirigidos a 42 trastornos genéticos y 22 rasgos
• Flujo de trabajo simple de alto rendimiento
• Enfoque personalizable para combinar con marcadores de rasgos y trastornos compatibles

>99 % se refiere a la tasa de llamadas de muestras para marcadores
La alta tasa de llamadas de genotipo y reproducibilidad son indispensables para determinar con precisión la filiación y la identidad o para predecir con precisión los rasgos y trastornos. Se evaluaron muestras de campo de ADN de hisopo oral felino muy diversas mediante el flujo de trabajo GBS dirigido AgriSeq, obteniéndose una tasa media de llamada de muestras del 99,3 % para la mayoría de los marcadores (consulte la figura siguiente). La concordancia genotípica replicada fue de >99,5 % y las llamadas coincidieron en gran medida con los datos ortogonales (100 %).

Flujo de trabajo sencillo y de alto rendimiento
El panel PITD de felinos AgriSeq se ha optimizado para su uso en el flujo de trabajo GBS dirigido AgriSeq. Se pueden combinar hasta 768 muestras únicas por chip, lo que reduce considerablemente el coste de secuenciación y el trabajo por animal. Se pueden procesar hasta cuatro placas de 384 pocillos en un solo día y se pueden obtener resultados de secuenciación completos en tan solo tres días. La flexibilidad del flujo de trabajo de AgriSeq permite unir cientos de muestras en una sola secuencia dirigida a cientos o miles de marcadores.

Combine el panel PITD de felinos AgriSeq con otros marcadores adicionales para obtener un valor de prueba máximo
El flujo de trabajo GBS dirigido a AgriSeq es muy flexible, lo que permite la adición de marcadores y paneles compatibles para obtener un genotipado eficaz y de alto valor. Tanto si está buscando combinar el análisis de filiación con marcadores de rasgos específicos o marcadores de defectos genéticos para escoger a los portadores en los programas de cría, nuestro equipo dedicado de especialistas en bioinformática de agrigenómica está disponible para ayudarle a diseñar paneles de alto rendimiento.

El panel PITD de felinos AgriSeq, junto con el flujo de trabajo AgriSeq, proporciona un método simplificado y rentable para la verificación de la filiación de felinos y la determinación de identidad o la predicción de rasgos y trastornos.

Nota: El genoma de referencia Felis_catus_8.0 y otros archivos necesarios para el análisis del panel PITD de felinos AgriSeq se pueden obtener poniéndose en contacto con el servicio de asistencia técnica.