MICROBEnrich™ Kit

Para la separación y el aislamiento de ARN bacteriano de muestras mixtas. El kit Ambion™ incluye suficientes reactivos para agotar 500 µg de ARN de células huésped (20 reacciones x 25 µg de ARN) de una compleja mezcla de ARN de bacterias de huésped. El análisis de la expresión génica después de las interacciones entre el huésped y la bacteria está revolucionando nuestra comprensión de la respuesta del huésped a la infección bacteriana. Numerosos estudios han utilizado el análisis de micromatrices para seguir las alteraciones del transcriptoma de células huésped en respuesta a las interacciones con bacterias. Sin embargo, debido a que no ha existido ningún método para aislar el ARN bacteriano del ARN de la célula huésped, no se han podido realizar los análisis correspondientes de los transcriptomas bacterianos. El kit MICROBEnrich™ permite realizar análisis de expresión de micromatrices de genoma completo de ARN bacteriano después de las interacciones entre el huésped y la bacteria.

Comience con cualquier muestra de ARN total
Para el análisis de micromatrices y otras aplicaciones sensibles, se recomienda un tratamiento con ADNasa para eliminar el ADN genómico contaminante del ARN total antes del procedimiento del kit MICROBEnrich™.

Eliminar > 90 % del ARN de mamíferos de las mezclas complejas de ARN total
El kit MICROBEnrich™ utiliza tecnología de captura de hibridación (patente pendiente) para eliminar el ARN de humano, ratón y rata (tanto ARNm como ARNr) de las poblaciones complejas de ARN de bacterias de huésped, dejando atrás el ARN total microbiano enriquecido. En el primer paso del procedimiento, el ARN total de la bacteria de huésped se incuba con una mezcla de oligonucleótidos de captura que unen los ARNr 18S y 28S de mamíferos y los ARN poliadenilados. A continuación, los híbridos de ARNr/oligonucleótidos y todos los ARNm poliadenilados se eliminan de la mezcla con gránulos magnéticos derivados de oligonucleótidos. Después de la separación magnética, el ARN bacteriano permanece en el sobrenadante y puede precipitarse con etanol. Un electroferograma del bioanalizador Agilent 2100 (véase la figura) muestra una eliminación casi completa (> 95 %) de los ARNr huéspedes 18S y 28S de una muestra mixta. Los ARNm bacterianos purificados con el kit MICROBEnrich™ son mejores plantillas que el ARN total para aplicaciones posteriores y, por lo tanto, proporcionan un aumento espectacular de la sensibilidad cuando se utilizan en aplicaciones como en el análisis de matrices (véase la figura).

El kit MICROBEnrich™ funcionará con cualquier especie bacteriana
El kit MICROBEnrich™ se ha optimizado usando ARN de E. coli en un fondo de ARN de humano, ratón y rata. Sin embargo, el kit debería funcionar bien con ARN de cualquier especie bacteriana. Aunque muchas especies hospedadoras de mamíferos pueden ser compatibles con el kit MICROBEnrich™, solo se utilizaron secuencias de ARNr de humano, ratón y rata para el diseño y optimización de los oligonucleótidos de captura.

Productos acompañantes:
Es necesario un soporte magnético para utilizar este kit. Están disponibles en varios formatos, incluyendo el soporte magnético de placa única (SKU n.° AM10026), el soporte magnético de 6 tubos (SKU n.° AM10055) y los soportes magnéticos de 96 pocillos (SKU n.° AM10027 y AM10050). El kit de bacterias RiboPure™ (SKU n.° AM1925) es ideal para la purificación del ARN total de células bacterianas de huésped. Los reactivos de tratamiento y eliminación de ADNasa TURBO™ DNA-free™ o DNA-free™ (SKU n.° AM1907 y AM1906, respectivamente) se recomiendan para el análisis de micromatrices y otras aplicaciones en las que es necesario eliminar el ADN genómico contaminante. Después del procedimiento MICROBEnrich™, el ARNm bacteriano puede purificarse a partir del ARN total utilizando el kit de enriquecimiento con ARNm bacteriano MICROBExpress™ (SKU n.° AM1905). Esta tecnología permite la eliminación del > 95 % de los ARNr procarióticos 16S y 23S.