研究人员如今可拥有一切——在 Ion PGM™ 系统上开展小型全基因组、若干基因或转录本测序的可承受性以及完全的灵活性。

不同的测序应用有着不同的要求,因此除了高度准确的 Ion PGM™ 200 测序试剂盒,我们也推出了 Ion PGM™ 300 测序试剂盒,它特有一种全新的长读取测序酶。我们致力于不断扩展长读取测序能力,预计在 2012 年末将支持 400 个碱基的测序,利用的是与 300 个碱基试剂盒相同的长读取测序试剂。 

Ion PGM™ 300 测序试剂盒是为 de novo 和长扩增子测序应用(如 HLA 和 16S rRNA 分型)而设计的。Ion Torrent 上产生的 200 个碱基和 300 个碱基测序运行的分析证明,300 个碱基测序的组装质量更高,大肠杆菌 DH10b 和金黄色葡萄球菌的 N50 值分别提高 50% 和 150% ,且每个物种的最大 contig 大小分别显著提高 67% 和 97%(表1)。

除了 de novo 测序,一些定向测序应用包括 HLA 和 16S rRNA 分型也将受益于更长的读取,因为主要目标区域是长的连续序列,跨越大的外显子或包含多个相邻的高变区。此外,有了能跨越外显子连接点的长读取,以发现和检测异构体及新转录本为目标的 RNA 测序项目也能更好地实现。内部运行的性能结果表明,Ion PGM™ 300 测序试剂盒始终如一地产生单个读取,有着长的读长和高的运行通量(图1)。


若要开展 300 个碱基的测序,使用下列产品:


Ion PGM™ 200 测序试剂盒适合定向基因测序中的变异检测

对于变异检测很关键、且常常使用 FFPE 样品的定向基因测序应用,我们提供 Ion PGM™ 200 测序试剂盒(4474004),Ion AmpliSeq™ 即用型分析或通过 Ion AmpliSeq™ Designer 设计的定制分析,Torrent Suite 软件 v3.0,以及 Ion Reporter™ 软件。这种端对端的产品方案带来了可靠的基因分析,每个引物库仅需要 10 ng DNA ,且测序试剂经过优化,带来高的原始准确性。通过 Torrent Suite 软件 v3.0 或 Ion Reporter™ 软件可开展变异检出。两种软件工具都配备了经过改进的变异检出新算法,实现了大的均聚物区域内 SNPs 及插入缺失的准确检测。