リアルタイムPCRを使ったSNPタイピングの原理 | 今こそ本気で徹底理解! リアルタイムPCR講座第31回

今回は、いよいよリアルタイムPCRシステムを使ったSNPタイピングについてご紹介します。

まず、SNPの検出には、新たなSNPを同定する場合と、既知のSNPを検出する場合があります。前者ではDNAシーケンサで塩基配列情報を解析していく方法、データベースから検索する方法、またSSCPやRELPといった手法などを使って同定します。今回は、既知のSNPタイピングについてご紹介していきます。

既存のSNPを確認するためのSNPタイピングでは、リアルタイムPCRシステムを利用することで、簡便で短時間に行えるというメリットがあります。そのSNPタイピングの原理について、テクニカルサポート（TS）中の人の白神に聞いてみましょう。

まず、ゲノム上でSNPを含む領域を増幅できるPCR プライマーを1セットとゲノムDNAの一塩基変異に対応するTaqMan®プローブを2種類用意します。それぞれのTaqMan®プローブはAllele1とAllele2に相補的な配列を有しています。これらのプライマーとTaqMan®プローブ、ゲノムDNAを混合し、PCRを行なうことで、2種類のAlleleのSNPが検出できます（図）。リアルタイムPCRによる遺伝子発現定量では目的の遺伝子領域を増幅して発現量を比較しますが、SNPタイピングではゲノム上の各AlleleをTaqMan®プローブで識別してSNPを検出する事になるので、「A/Aのホモ」の場合はAというSNPを検出するTaqMan®プローブの蛍光のみが検出され、「A/Gのヘテロ」の場合はAとGの両方のSNPを検出する2種類のTaqMan®プローブの蛍光が検出されることになります（図参照）。

リアルタイムPCRシステムを利用したSNPタイピングの原理についてはご理解いただけましたでしょうか？次回は、TaqMan®プローブを使ったSNPタイピングのメリットについてご紹介します。ご期待ください！

リアルタイムPCRハンドブック無料ダウンロード

このハンドブックでは、リアルタイムPCRの理論や実験デザインの設計など、リアルタイムPCRの基礎知識が掲載されています。リアルタイムPCRを始めたばかりの方やこれから実験を考えている方にうってつけのハンドブックです。PDFファイルのダウンロードをご希望の方は、下記ボタンよりお申し込みください。

ダウンロードする

リアルタイムPCRトラブルシューティング無料ダウンロード

異常なS字状の増幅曲線、NTCでの増幅検出、増幅が見られないなど、リアルタイムPCRの実験中に困った際の手助けになる情報を紹介しています。PDFファイルのダウンロードをご希望の方は、下記ボタンよりお申し込みください。

ダウンロードする

研究用にのみ使用できます。診断用には使用いただけません。

記事へのご意見・ご感想お待ちしています

お名前 (必須)*
姓名
メールアドレス (必須)*
勤務先・所属先
メッセージ本文 (必須)*
サーモフィッシャーサイエンティフィックジャパングループ各社は取得した個人情報を弊社の個人情報保護方針に従い利用し、安全かつ適切に管理します。取得した個人情報は、グループ各社が実施するセミナーに関するご連絡、および製品／サービス情報等のご案内のために利用させていただき、その他の目的では利用しません。詳細は個人情報の取扱いについてをご確認ください。
最新製品情報やお得な情報のメール配信・DM送付をご希望されますか？(必須)*
- 希望する、または既に受け取っている
- 希望しない
送信の際には、このページに記載のすべての注意事項に同意いただいたものとみなされます。