Oncomine™ Breast cfDNA Assay

Der Oncomine™ Breast cfDNA Assay ist Teil einer Komplettlösung zum Nachweis von aus Brusttumoren abgeleiteter DNA (ctDNA) in zellfreier DNA (cfDNA). Er bietet die Reagenzien für den Bibliotheksaufbau und eine einzige Gruppe von Multiplex-PCR-Primern für die Vorbereitung von Amplikon-Bibliotheken aus cfDNA, die aus dem Plasmaanteil eines einzelnen Vollblutröhrchens gewonnen wird. Der Assay ermöglicht die Analyse von einzelnen Nukleotid-Varianten und kurzen Indels, die häufig bei Brustkrebs mutiert werden. Es werden zehn Gene mit >150 Hotspots abgedeckt (Gene: AKT1, EGFR, ERBB2, ERBB3, ESR1, FBXW7, KRAS, PIK3CA, SF3B1, TP53). Durch den Einsatz spezifischer Sequenzierungstechnologie kann eine Nachweisgrenze (LOD) von bis zu 0,1 % erreicht werden.

Hinweis: Ziel- und Hotspot-BED-Dateien und die Bedienungsanleitung für cfDNA Variant Analysis mit Torrent Suite Software 5.2 finden Sie unten unter „Dokumente“.

• Optimiertes kurzes Amplikon-Design für fragmentierte cfDNA (∼170 bp lang)
• Nachweis von Single Nucleotid Variants (SNVs) und Hotspot Indels bis zu 0,1 % LOD
• Sehr hohe Empfindlichkeit und Spezifität, ermöglicht extrem niedrige Nachweisgrenzen mit minimalen falschen positiven Ergebnissen
• 12 Proben können auf einem Ion 530™ Chip ausgeführt werden, was die Sequenzierungskosten weiter reduziert
• Effizienter Arbeitsablauf, von einem einzelnen Blutröhrchen bis zu Ergebnissen in nur 2 Tagen

Flüssige Biopsien bieten gegenüber herkömmlichen soliden Tumorbiopsien mehrere Vorteile:
• Flüssige Biopsien sind weniger invasiv, sodass Proben an mehreren Zeitpunkten entnommen werden können, um den Verlauf zu überwachen.
• Geringere Kosten im Vergleich zu herkömmlichen Gewebiopsien
• Schnellere Durchlaufzeit von Probe bis zum Ergebnis
• Mehr Tumorheterogenität erfasst

Der gesamte Arbeitsablauf (Abbildung unten) von der Isolierung von cfDNA mit dem MagMAX™ Cell-Free DNA Isolation Kit bis zur Analyse der Proben kann mit dem Ion S5™ XL-Sequenziersystem in nur 2 Tagen durchgeführt werden.

Technologie
ctDNA wird bei extrem niedrigen Konzentrationen im Plasmaanteil von Vollblut ermittelt. Aufgrund dieser niedrigen Prävalenz wird in diesem Assay eine Tag-Sequenzierungstechnologie verwendet. Die Technologie verbindet einen einzigartigen molekularen Tag mit den genspezifischen Primern. Die verstärkten Produkte werden dann in Familien mit denselben Tags zusammengefasst. Familien, die die gleiche Mutantenvariante enthalten, werden mit optimierten Varianten-Anrufereinstellungen für die Oncology-Liquid Biopsy-Anwendung aufgerufen. Familien, die Zufallsfehler enthalten, welche in der Regel durch den Erstellungs-/Sequenzierungsprozess der Bibliothek generiert werden, werden identifiziert und aus dem Aufruf der Varianten entfernt.

Im Gegensatz zu anderen Technologien mit Nachweisgrenzen (LODs) von 1-5 % besitzt der Oncomine Breat cfDNA Assay eine flexible Nachweisgrenze von bis zu 0,1 % oder 1 Mutantenkopie in einem Hintergrund von 1.000 Wildtyp-Kopien. Um eine Nachweisgrenze (LOD) von 0,1 % zu erreichen, sind 20 ng Input-cfDNA erforderlich. Es können niedrigere Mengen cfDNA verwendet werden (bis zu 1 ng), aber die Nachweisgrenze (LOD) ist je nach Probenmenge höher.

Einfachheit, Geschwindigkeit und Skalierbarkeit der Tag-Sequenzierungstechnologie
Der Oncomine Breast cfDNA Assay ermöglicht krebsgenetische Untersuchungen von nur 1 ng Probe-cfDNA für eine gezielte Bibliothekserstellung. Der cfDNA-Assay verwendet Standard-PCR-Geräte und zwei einfache PCR-Reaktionen, eine zum Verbinden der einzigartigen molekularen Tags und die zweite für die Amplifikation der Bibliothek für die PCR-basierte Zielauswahl mit großer Vielfältigkeit, wodurch der Bedarf an umfangreichen Investitionen entfällt. Darüber hinaus ist der Oncomine Breast cfDNA Assay für mögliche Konkordanzstudien mit FFPE-Proben kompatibel. Die Gesamtzeit für Zielbibliotheken beträgt nur 3,5 Stunden. Mit dem Tag Sequencing Barcode Set 1–24 (Kat. Nr. A31830) oder dem Taq Sequencing Barcode Set 25–48 (Kat. Nr. A31847) zum Multiplexen von Proben mit Barcode auf Ion S5-Chips werden Skalierbarkeit und Flexibilität erreicht .

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