Collibri™ Stranded RNA Library Prep Kit für Illumina™ Systeme

Das Invitrogen Collibri Strang-RNA-Bibliotheksvorbereitungskit für Illumina-Systeme wurde für die robuste Konstruktion von cDNA-Bibliotheken für die strangspezifische RNA-Sequenzierung auf Next-Generation-Sequenzierung(NGS)-Systemen von Illumina entwickelt. Das Kit vereint die überlegenen Eigenschaften der SuperScript IV Reversen Transkriptase, Dynabeads magnetischen Partikeln und Platinum SuperFi DNA-Polymerase, wodurch Anwender qualitativ hochwertige, sequenzierungsfähige Bibliotheken erhalten.

Das Collibri Strang-RNA-Bibliotheksvorbereitungskit bietet Folgendes:
• Kurzer, automatisierungsfreundlicher Arbeitsablauf – Gesamt-RNA kann innerhalb von 6,5 Stunden in eine sequenzierungsfähige Bibliothek umgewandelt werden
• Inerte Farbstoffe in den Reagenzien – Beobachten Sie den Fortschritt der Bibliothekserstellung ohne Beeinträchtigung der Qualität
• Überlegene rRNA-Entfernung
• Einheitliche Transkriptabdeckung und hohe Empfindlichkeit bei der Erkennung von Transkripten
• Hohe Empfindlichkeit beim Nachweis der differenziellen Genexpression
• > 98 % Strangspezifität
• Effizienter Nachweis nicht codierender RNA
• Erhalt von Informationen der 3‘-Endsequenz

Dieses Collibri Strang-RNA-Bibliotheksvorbereitungskit wurde für eine schnelle und praktische Bibliotheksvorbereitung mit anfänglichen Probenzufuhren von 100 ng entwickelt – 1 µg der Human-, Maus- oder Ratten-Gesamt-RNA. Single-Tube-Adapter-Ligation und reverse Transkriptionsreaktionen sowie rRNA-Depletion und Bibliotheksaufreinigungsschritte auf Basis magnetischer Beads ermöglichen den Abschluss des gesamten Arbeitsablaufs in etwa 6,5 Stunden. Das Kit eignet sich für RNA-Proben verschiedener Qualität, einschließlich FFPE-Proben.

Visuelle Hinweise zur Prozessintegrität
Für maximalen Komfort sind visuelle Hinweise zur Prozessintegrität im gesamten Arbeitsablauf der Bibliotheksvorbereitung enthalten. Überwachen Sie den Fortschritt der Bibliothekserstellung mithilfe visueller Rückmeldungen von Farbstoffen in kritischen Reagenzien. Der Reaktionsmix ändert bei jedem Schritt durch das Hinzufügen kritischer Komponenten die Farbe, um bei der Herstellung der Bibliothek eine hohe Erfolgswahrscheinlichkeit zu gewährleisten. Die inerten Farbstoffe stören keine enzymatischen Reaktionen und beeinträchtigen nicht die Sequenzierungsergebnisse.

Funktionsweise
Das Collibri Strang-RNA-Bibliotheksvorbereitungskit mit humanem/Maus-/Ratten-rRNA-Depletionskit enthält ribosomale RNA(rRNA)-Depletionsreagenzien, die durch eine überlegene Entfernung von humaner, Maus- und Ratten-rRNA einen umfassenden Überblick über das Transkriptom ermöglichen. Mit Illumina kompatible Adapter in voller Länge werden durch PCR-Amplifikation unter Anwendung der Platinum SuperFi DNA-Polymerase eingeführt, um einzeln indizierte oder einzigartige doppelt indizierte Bibliotheken herzustellen, die mit Single-Read- und Paired-End-Sequenzierung kompatibel sind. Das Kit enthält 24 oder 96 einzeln indizierte, barcodierte PCR-Primer (i7), die mit einem Universal-i5-Primer oder einzigartigen doppelt indizierten PCR-Primern vorgemischt werden, die das Multiplexing von bis zu 96 Bibliotheken ermöglichen. Optimierte Reinigungsschritte entfernen effizient Restprimer und Adapter-/Primer-Dimere und bewahren gleichzeitig hohe Bibliotheksausbeuten.

Ein verwandtes Produkt, das Collibri Bibliotheksquantifizierungskit, wird für qPCR-basierte Quantifizierungen von Bibliotheken empfohlen, bevor mit der Sequenzierung fortgefahren wird.

Anwendungen
Das Collibri Strang-RNA-Bibliotheksvorbereitungskit wird für folgende Zwecke empfohlen:
• Genexpressionsuntersuchungen
• Alternative Spleißanalyse
• Erkennung und Entdeckung nicht-codierender RNA
• Identifizierung alternativer Polyadenylierungsstellen
• Erkennung von Genfusionen
• Erkennung von Transkript-Isoformen