Pierce™ TMT11plex Yeast Digest Standard

El patrón de digestión de levadura Thermo Scientific Pierce TMT11plex es una mezcla de péptidos de levadura liofilizada de cuatro cepas congénicas marcadas con reactivos TMT11plex para supervisar el rendimiento del sistema LC-MS/MS para la cuantificación Tandem Mass Tag (TMT).

Las características del patrón de digestión de levadura Pierce TMT11plex incluyen:
• Cómodo: premarcado con reactivos TMT11plex en un formato liofilizado listo para usar
• Altamente validado: cepas de levadura verificadas para genotipo, mezcla equimolar de las cepas marcadas con TMT y cuantificación global de proteínas con TMT
• Diagnóstico: excelente herramienta de ensayo de CC para la evaluación de la calidad del estado del instrumento LC y MS
• Cuantitativo: diseñado para medir la precisión cuantitativa de los iones indicadores TMT para cada uno de los 11 canales

Las estrategias proteómicas cuantitativas que utilizan reactivos TMT permiten multiplexar muestras y realizar mediciones precisas de la abundancia de proteínas. Sin embargo, la ejecución correcta de este flujo de trabajo incluye varios pasos que pueden requerir optimización, incluyendo cromatografía, espectrometría de masas (MS) y análisis de datos. Un parámetro crítico para el éxito en este flujo de trabajo es la capacidad de detectar de manera uniforme los iones de fragmentos de TMT a través de los 11 canales de multiplexación. Este patrón se ha diseñado específicamente como herramienta para supervisar el rendimiento del sistema LC-MS/MS para la cuantificación de TMT y la optimización y validación del método MS.

El patrón de digestión de levadura Pierce TMT11plex consta de cuatro cepas congénicas de Saccharomyces cerevisiae (una línea parental, BY4741, y tres líneas que carecen de proteínas no esenciales Met6, His4 o Ura2) marcadas por triplicado (cepas de desactivación) o por duplicado (cepa parental) con reactivos de marcado TMT11-plex (véase la figura). Las cepas de desactivación se utilizan en combinación con la cepa parental para permitir la comparación de la abundancia de péptidos y proteínas en las cepas suprimidas y parentales para supervisar el rendimiento del sistema para la cuantificación.

Además de la evaluación rutinaria del control de calidad, el patrón también se puede utilizar como herramienta de desarrollo de métodos para medir la exactitud, la precisión y el intervalo dinámico de diferentes enfoques de MS, incluyendo la optimización de fraccionamiento fuera de línea, cromatografía, adquisición de MS o ajustes de análisis de datos.

Las aplicaciones multifuncionales de este patrón permitirán una cuantificación de TMT más reproducible de un día a otro y de un experimento a otro.

Referencias:
1. Paulo JA, O'Connell JD, Gygi SP. A Triple Knockout (TKO) Proteomics Standard for Diagnosing Ion Interference in Isobaric Labeling Experiments. J Am Soc Mass Spectrom. 2016 10:1620-5.
2. Yang F, Shen Y, Camp DG 2nd, Smith RD. High-pH reversed-phase chromatography with fraction concatenation for 2D proteomic analysis. Expert Rev Proteomics. 2012 9(2):129-34.
3. Dayon L, Pasquarello C, Hoogland C, Sanchez JC, Scherl A. Combining low- and high-energy tandem mass spectra for optimized peptide quantification with isobaric tags. J Proteomics. 2010 73(4):769-77.
4. Diedrich JK, Pinto AF, Yates JR 3rd. Energy dependence of HCD on peptide fragmentation: stepped collisional energy finds the sweet spot. J Am Soc Mass Spectrom. 2013 24(11):1690-9.
5. Chiva C, Sabidó E. HCD-only fragmentation method balances peptide identification and quantitation of TMT-labeled samples in hybrid linear ion trap/orbitrap mass spectrometers. J Proteomics. 2014 96:263-70.

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