AmpFLSTR™ NGM SElect™ PCR Amplification Kit

Le kit NGM SElect est un kit de multiplexage à amplification simple hautement robuste pour l’analyse des séquences courtes répétées en tandem (STR). Il est conçu pour l’identification humaine en laboratoire et destiné aux laboratoires souhaitant utiliser le lot élargi de loci aux normes européennes avec le locus SE33 hautement polymorphe. Le kit NGM SElect associe les dernières avancées en matière de synthèse d’amorces, d’amélioration de tampons et d’optimisation du thermocyclage. Ainsi le kit présente une sensibilité élevée et offre des performances de STR améliorées pour les études de cas médico-légaux et les échantillons de base de données dans un flux de travaux facile à utiliser.

Principales caractéristiques du kit NGM SElect :

• Capacités exceptionnelles en matière de qualité des données et de discrimination soutenant le partage des données à l’international
• Permet une amélioration significative des performances sur les échantillons inhibés et dégradés
• Une sensibilité accrue
• Optimise la concordance avec les échantillons précédemment typés
• Facilite l’interprétation fiable, favorise l’optimisation du flux de travaux et rationalise le processus de mise en œuvre

Partage qualitatif des données
Le kit NGM SElect a été conçu pour offrir un haut niveau de discrimination et de qualité des données afin de soutenir les initiatives de partage de données transfrontières. Le kit répond aux exigences stipulées par le réseau européen des instituts de sciences médico-légales (ENFSI) et le Groupe européen de profilage d’ADN (EDNAP), et comprend le lot élargi de loci aux normes européennes (ESSL).

Le kit NGM SElect amplifie simultanément les 16 loci inclus dans le kit NGM (D3S1358, vWA, D16S539, D2S1338, D8S1179, D21S11, D18S51, D19S433, TH01, FGA, amélogénine, D10S1248, D22S1045, D2S441, D1S1656, D12S391) et ajoute le locus SE33 hautement polymorphe au canal colorant PET (rouge) (Figure 1).

Configuré pour la réussite
Grâce à notre expertise en matière de technologie de modificateur de mobilité à cinq colorants, 17 loci sont utilisés dans une amplification unique tout en conservant un espacement optimum (Figure 2). Cela permet la désignation, sans ambiguïté, d’allèles. Tous les amplicons sont inférieurs à 450 paires de base (pb) pour optimiser les performances sur un large éventail d’échantillons médico-légaux. La majorité des loci sont concentrés en dessous de 200 pb, ce qui permet de récupérer un plus grand nombre d’allèles à partir d’échantillons dégradés difficiles.

Discrimination puissante
La combinaison de loci dans le kit NGM SElect génère la plus grande puissance de discrimination pour tout kit AmpFLSTR (Tableau 1). Cela permet de minimiser les concordances fortuites lors de la comparaison de grands ensembles de données (p. ex., pour l’échange de données transfrontières). Le kit NGM SElect est également utile pour d’autres applications nécessitant des niveaux de discrimination plus hauts, notamment :
• Analyse complexe du lien de parenté
• Identification des victimes de catastrophes
• Enquêtes sur des personnes disparues

Performances sur les échantillons inhibés et dégradés considérablement améliorées
Exploitant les découvertes récentes en matière de technologie d’amplification par PCR, le kit SElect NGM permet de récupérer les données provenant d’échantillons très inhibés et dégradés. Par exemple, le kit SElect NGM permet d’extraire des profils complets même à partir d’échantillons contenant de fortes concentrations d’inhibiteurs de PCR comme l’acide humique (Figure 3).

Une sensibilité accrue
Le kit SElect NGM bénéficie des mêmes améliorations en matière de sensibilité que le kit NGM. Ainsi, la récupération des allèles est plus importante alors que les niveaux d’entrée sont moindres (Figure 4). Il peut également améliorer la détection du contributeur mineur dans un échantillon mixte. Le protocole standard d’entrée d’1 ng ADN (29 cycles) permet d’équilibrer au maximum le profil. Un protocole validé à 30 cycles est également disponible. Ce nombre de cycles supérieur entraîne une augmentation proportionnelle du signal, améliorant la possibilité de détection d’allèles à partir de quantités d’ADN d’entrée inférieures. L’utilisation de 30 cycles donne également des données hors échelle pour une entrée de 1 ng (Figure 4). Par conséquent, les laboratoires souhaitant adopter ce protocole doivent déterminer l’ADN d’entrée optimum pour leur flux de travaux par le biais d’études de validation internes.

Maximise la concordance
Le kit NGM SElect maintient des séquences d’amorces identiques pour les loci STR de base communs aux kits SGM Plus, Identifiler et SEfiler Plus, permettant :
• Optimisation de la concordance avec les ensembles de données existants pour des comparaisons historiques simplifiées
• Réduction des exigences pour les analyses répétées nécessaires afin de résoudre les événements non concordants
• Maintien d’une similarité suffisante de la configuration avec les kits précédents afin de réduire les exigences de formation et de mise en œuvre

Les amorces du locus SE33 ont été redessinées à partir de celles utilisées dans le kit SEfiler Plus pour déplacer l’amplicon dans le multiplexage. Cependant, les nouvelles séquences d’amorces ont été optimisées et testées de manière exhaustive pour maintenir, autant que possible, la concordance avec le kit SEfiler Plus.

Facilite l’interprétation fiable des données
Les techniques de synthèse des amorces ont été améliorées dans le kit NGM SElect, donnant des lignes de base beaucoup plus nettes que dans les kits AmpFLSTR précédents (Figure 5). L’absence d’artefacts liés au colorant, même à 30 cycles, améliore la capacité de l’analyste à interpréter les données, en particulier pour les échantillons de faible niveau. L’interprétation fiable des données est encore optimisée grâce aux autres améliorations apportées à la qualité des profils, notamment :
• Sensibilité et robustesse améliorées
• Hétérozygotes et équilibre intra-couleurs maximisés
• Utilisation optimum des ensembles de colorants

Ces fonctionnalités facilitent également le traitement rationalisé des échantillons à source unique par un logiciel système expert comme GeneMapper ID-X.

Facile à mettre en œuvre, facile à utiliser
Toutes les caractéristiques du kit NGM SElect ont été conçues pour être faciles à mettre en œuvre et à utiliser. Il s’agit d’une solution à kit unique qui fournit des résultats de haute qualité pour les échantillons de base de données et d’études de cas médico-légaux, optimisant le flux de travaux des recherches d’ADN en milieu médico-légal tout en réduisant les coûts d’exploitation.

Le flux de travaux du kit est très similaire à celui d’autres kits AmpFLSTR, ce qui permet aux laboratoires médico-légaux de rationaliser la validation et la mise en œuvre. Cependant, l’enzyme est maintenant contenue dans le Master Mix, ce qui simplifie la mise en place des réactions. Les durées de cyclisation ont été réduites d’environ une heure, ce qui permet aux laboratoires d’obtenir plus rapidement des résultats de meilleure qualité. Deux tailles de progiciels sont disponibles afin d’assurer la compatibilité avec les systèmes manuels et automatisés : le kit standard pour 200 réactions et un autre kit plus grand pour 1 000 réactions. Le plus grand emballage comprend de plus grands flacons pour faciliter l’utilisation sur les plateformes de manipulation de liquides.

Remarque : Usage exclusivement réservé aux applications de médecine légale et de reconnaissance de paternité.

Remarque importante

L’achat de ce produit transfère à l’acheteur la licence non transférable d’utilisation du produit acheté uniquement pour la médecine légale ou les tests de paternité réalisés par l’acheteur. Cette licence n’inclut pas, selon un jugement rendu par un tribunal américain, de licence d’utilisation de ce produit pour la détermination ou l’analyse chimérique, la classification de spécimens molaires, l’authentification de lignées cellulaires, la détermination du genre fœtal, l’analyse des cancers, la recherche génétique, les applications de médecine légale non liée à des cas (comme la recherche générale en médecine légale ou l’enseignement et la formation délivrés à des personnes qui ne sont pas employées dans un laboratoire de médecine légale), l’identification ou la détermination de la contamination de cellules maternelles ou le suivi d’échantillons. D’autres droits peuvent être obtenus en contactant Promega Corp., 2800 Woods Hollow Rd., Madison, WI 53711, États-Unis.

Pour obtenir des licences et des restrictions d’utilisation limitées, consultez la page thermofisher.com/HIDlicensing.