Axiom™ Multispecies Tambaqui and Pacu Genotyping Array (Axiom SerraSNP), 384HT format

Le réseau de génotypage multi-espèces Axiom Tambaqui et Pacu (Axiom SerraSNP) est un composant issu de notre solution de génotypage Axiom dans laquelle l’ADN génomique cible est préparé et traité sur l’instrument multicanal GeneTitan. Le processus automatisé comprend l’hybridation de l’ADNg à ces microarrays à haut débit, suivi de la coloration, du lavage, de l’imagerie et de la sortie des données de génotypage SNP afin de procéder à une analyse plus approfondie.

Le réseau de génotypage multi-espèces Axiom Tambaqui et Pacu a été conçu en collaboration avec le Dr Diogo Teruo Hashimoto de l’Université d’État de São Paulo (UNESP, CAUNESP, Jaboticabal – Brésil) et le Dr José Manuel Yáñez de l’Université du Chili. Le réseau contient 29 575 SNP de tambaqui (Colossoma macromopomum) et 29 612 SNP de pacu (Piaractus mesopotamicus). En outre, 3 000 SNP polymorphes ont été validés pour une espèce de serrasalmidae étroitement apparentée, le piaractus brachypomus, par taux de conversion utilisant les marqueurs SNP de tambaqui et pacu comme ressource précieuse pour l’application aux programmes de reproduction sélective et aux études sur la conservation/population. Ce réseau est également disponible avec un format mini à 96 puits (réf. nº 551219).

Contenu en tambaqui
• Contient 29 575 SNP
• Échantillons de découverte de SNP obtenus à partir de géniteurs situés dans des écloseries commerciales d’Amérique du Sud (Brésil, Colombie et Pérou) et noyau de reproduction du centre d’aquaculture (Caunesp) de l’université d’État de São Paulo (Unesp), au Brésil
• 81 848 SNP provenant de techniques ddRADseq, GBS1 et RNAseq2,3 initialement identifiées
• prédiction in silico de sélection des meilleures sondes, selon les critères du réseau Axiom, ont abouti à la recommandation de 42 851 marqueurs
• SNP polymorphes avec résolution Polyhigh et aucun polymorphisme adjacent sélectionnés pour l’ensemble final
• Réseau vérifié par des échantillons de génotypage provenant du Brésil, de Colombie et du Pérou
• La valeur moyenne du MAF était de 0,247 en présentant des SNP avec une fréquence élevée d’allèles

Contenu en pacu
• Contient 29 612 SNP
• Pacu utilisé pour la découverte de SNP obtenu à partir de familles avec parents identiques de noyaux de reproduction provenant du Centre d’aquaculture (Caunesp) de l’Université d’État de São Paulo (UNESP), Brésil
• 130 403 SNP provenant de techniques RADseq4, ddRADseq et RNAseq5 initialement identifiées
• prédiction in silico de sélection des meilleures sondes, selon les critères du réseau Axiom, ont abouti à la recommandation de 99 682 marqueurs
• SNP polymorphes avec résolution Polyhigh et aucun polymorphisme adjacent sélectionnés pour l’ensemble final
• Réseau vérifié par des échantillons de génotypage provenant de géniteurs situés dans des écloseries commerciales du Brésil
• La valeur moyenne du MAF était de 0,203 en présentant des SNP avec une fréquence élevée d’allèles

Applications
• Études d’association sur l’ensemble du génome
• Reproduction moléculaire (cartographie d’association et sélection génomique)
• Génétique des populations (pour distinguer l’origine du poisson)

Produits requis
Logiciel de console de commande GeneChip
Instrument multicanaux GeneTitan
Logiciel de suite analytique Axiom
Outil d’exportation long format Axiom (AxLE)

Références
1. Nunes, J. R. S., Liu, S., Pértille, F., Perazza, C. A., Villela, P. M. S., Almeida-Val, V. M. F., Hilsdorf, A. W. S., Liu, Z. & Coutinho, L. L. Large-scale SNP discovery and construction of a high-density genetic map of Colossoma macropomum through genotyping-by-sequencing. Sci. Rep. 7, 46112 (2017).
2. Ariede, R. B., Freitas, M. V., Hata, M. E., Mastrochirico-Filho, V. A., Pilarski, F., Batlouni, S. R., Porto-Foresti, F. et Hashimoto, D. T. Microsatellites associated with growth performance and analysis of resistance to Aeromonas hydrophila in tambaqui Colossoma macropomum. Front. Genet. 9, 3 (2018).
3. Gomes, F., Watanabe, L., Vianez, J., Nunes, M., Cardoso, J., Lima, C., Schneider, H. et Sampaio, I. Comparative analysis of the transcriptome of the Amazonian fish species Colossoma macropomum (tambaqui) and hybrid tambacu by next generation sequencing. PloS One 14, e0212755 (2019).
4. Mastrochirico-Filho, V. A., Borges, C. H. S., Freitas, M. V., Ariede, R. B., Pilarski, F., Utsunomia, R., Carvalheiro, R., Gutierrez, A. P., Peñaloza, C., Yáñez, J. M., Houston, R. D. & Hashimoto, D. T. Development of a SNP linkage map and genome-wide association study for resistance to Aeromonas hydrophila in pacu (Piaractus mesopotamicus). BMC Genomics 21, 672 (2020).
5. Mastrochirico-Filho, V. A., Hata, M. E., Kuradomi, R. Y., Freitas, M. V., Ariede, R. B., Pinheiro, D. G., Robledo, D., Houston, R. et Hashimoto, D. T. Transcriptome profiling of pacu (Piaractus mesopotamicus) challenged with pathogenic Aeromonas hydrophila: inference on immune gene response. Front. Genet. 11, 604 (2020).