Les matrices GeneChip™ Medicago Gene 1.0 ST vous permettent de :
• Mesurer l’expression, sur l’ensemble du gène, avec une résolution et une précision plus élevées qu’avec les solutions classiques des microarrays biaisés vers l’extrémité 3’
• Obtenir des données précises et reproductibles en utilisant de multiples mesures indépendantes pour chaque transcription

Données de départ
Modèles et organismes de recherche appliqués précieux pour la recherche en génomique comparative, la biologie évolutive, et qui continuent à jouer un rôle crucial dans la déchiffrement des mécanismes moléculaires sous-jacents aux maladies humaines et dans l’amélioration des cultures agricoles. Les puces à ADN GeneChip Gene 1.0 ST ont été développées afin d’analyser un large éventail de modèles et d’organismes de recherche appliquée. Ces organismes sont les derniers éléments ajoutés à la famille croissante des microarrays d’expression génétique offrant une couverture complète des transcriptions. Les puces à ADN GeneChip Gene 1.0 ST ont été conçues en collaboration avec des chercheurs influents, tels qu’Alan Archbald, chef de la Division génétique et génomique de l’institut Roslin (conception des puces à ADN de porcins), Léonard Zon, directeur du programme de recherche sur les cellules souches, et Yi Zhou, directeur en noyau génomique du programme de recherche sur les cellules souches au centre hospitalier pour enfants de Boston et à la Harvard Medical School de Boston (conception de la puce à ADN ZebraFish).

Principaux avantages
• Couverture de transcription la plus élevée : obtenez des mesures d’expression fiables du contenu bien annoté avec un nombre de sondes allant jusqu’à 26 par transcription
• Analyse du transcriptome complet : capturez les isoformes de transcription que vous pouvez manquer avec des conceptions d’expression biaisées vers l’extrémité 3’
• Corrélation élevée entre données : permet d’obtenir une corrélation élevée entre bandelettes inter et intra puces à ADN (R > 0,99)

Performances éprouvées au sein de l’industrie
Les puces à ADN GeneChip Gene 1.0 ST offrent une couverture complète du transcriptome pour certains modèles et organismes de recherche appliquée. Toutes les conceptions sont basées sur le contenu génomique le plus récent et offrent la couverture de sonde la plus élevée (jusqu’à 26 sondes sur toute la longueur du gène). Ceci permet de détecter avec précision les données nécessaires à l’analyse des microarrays du transcriptome entier et d’offrir une résolution et une précision plus élevées que les autres solutions classiques à base des microarrays biaisés vers l’extrémité 3’, disponibles sur le marché. L’approche analytique du transcriptome entier permet aux chercheurs de détecter plusieurs isoformes de transcription, y compris celles qui pourraient être manquées à l’aide d’une conception d’expression biaisées vers l’extrémité 3’, comme les variantes épissées, les transcriptions non polyadénylées, les transcriptions avec d’autres sites de polyadénylation et les transcriptions tronquées.

Solution complète de réactifs, logiciels et instruments pour des performances optimales des puces à ADN
Pour une prise en charge complète et pratique, la puce à ADN Gene 1.0 ST est fournie avec une solution complète comprenant des réactifs et des instruments GeneChip :
• Réactifs de marquage et de contrôle GeneChip TS Sense Target. Pour obtenir des informations détaillées sur la procédure de dosage et les performances, reportez-vous au manuel du dosage du marquage cible TS Sense
• Station fluidique GeneChip 450 pour assurer un traitement complet et autonome de la puce à ADN afin d’obtenir le plus haut niveau de reproductibilité
• Scanner GeneChip 3000 7G avec autochargeur en option pour l’acquisition d’images de la puce à ADN

Nous proposons plusieurs outils pour faciliter votre analyse de données, y compris la console d’expression GeneChip, le logiciel, le centre analytique NetAffx et le navigateur génomique intégré (IGB).

Le logiciel de la console d’expression est une application facile à utiliser qui permet de résumer des ensembles de sondes ainsi que d’évaluer au préalable la qualité des données. Un flux de travail simplifié permet à l’utilisateur d’analyser rapidement les données (voir la figure). Les données résultantes peuvent être analysées à l’aide d’applications logicielles provenant de fournisseurs logiciels compatibles GeneChip™.

Le centre analytique NetAffx, avec une mise à jour régulière des annotations biologiques et fonctionnelles de ses ensembles de sondes, est la ressource la plus complète pour les annotations de tableaux et les informations relatives aux séquences de sondes. Des outils de requête flexibles et des liens externes permettent aux chercheurs d’étudier des gènes et des annotations d’intérêt en profondeur. Cette ressource facilite l’interprétation des résultats des microarrays et la conception rapide des études en aval.

Flux de travail
Les chercheurs peuvent également utiliser l’IGB pour visualiser les résultats dans un contexte génomique. Les annotations génomiques, y compris les séquences RefSeq, les SNP et les emplacements génomiques provenant de diverses sources, peuvent être visualisées à côté des données du signal d’expression génétique des microarrays.

Le flux de travail de l’analyse des données des puces à ADN Gene 1.0 ST est similaire au flux de travail de l’analyse de l’expression génétique de l’extrémité 3’, à l’aide de la console d’expression 1.1, du logiciel tiers compatible GeneChip et des outils d’annotation du centre analytique NetAffx et de l’IGB.

Profil de contenu
Les puces à ADN GeneChip Gene 1.0 ST offrent la plus récente couverture du génome transcrit. Nous utilisons une collection complète de sources d’information pour concevoir des sondes capables d’interroger jusqu’à 26 séquences uniques de chaque transcription. Ensemble, ces 26 sondes 25-mer uniques peuvent interroger jusqu’à 650 bases par transcription. Cette couverture de sonde élevée de l’ensemble de la transcription est synonyme de performances et de confiance supérieures dans la qualité des données et permet de mettre à jour vos données expérimentales au fur et à mesure que la compréhension de chaque génome et transcriptome se développe.