Oncomine™ Pan-Cancer Cell-Free Assay

Le dosage sans cellules Pan-Cancer Oncomine fait partie d’une solution complète pour détecter plusieurs cibles dans l’ADN et l’ARN dérivés de tumeurs isolées de la fraction plasmatique du sang total. Le dosage fournit les réactifs et un groupe unique d’amorces PCR multiplex pour la préparation d’une bibliothèque d’amplicons à partir de l’acide nucléique total sans cellules (ANTc) obtenu à partir de la fraction plasmatique d’un seul tube de 10 ml de sang total. Cette bibliothèque peut ensuite être utilisée pour le séquençage de nouvelle génération (NGS) ciblé hautement multiplexé.

Avantages du dosage sans cellules Oncomine :
• Avec un seul tube de sang, il génère une bibliothèque d’amplicons à partir de l’ADN et de l’ARN avec une limite de détection de 0,1 % pour les SNV
• Taille des amplicons optimisée pour l’ADNc court, pour maximiser la vitesse de capture
• La technologie de séquençage de balises minimise les faux positifs en éliminant les erreurs intégrées par hasard
• La conception de dosage ciblée optimisée permet un NGS hautement multiplexé, réduisant les coûts de séquençage par échantillon
• Processus de deux jours pour un seul tube de 10 ml de sang à déclarer ; le temps total pour les bibliothèques ciblées est de seulement quatre heures
• Permet les études génétiques du cancer à partir de seulement 5 ng d’ADNc d’entrée
• Compatible avec les échantillons FFPE pour d’éventuelles études de concordance

Le panel de 52 gènes comprend :
• Gènes Hotspot (SNV) et indels courts : AKT1, ALK, AR, ARAF, BRAF, CHEK2, CTNNB1, DDR2,EGFR, ERBB2, ERBB3, ESR1, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FLT3, GNA11, GNAQ, GNAS, HRAS, IDH1, IDH2, KIT, KRAS, MAP2K1, MAP2K2, MET, MTOR, NRAS, NTRK1, NTRK3, PDGFRA, PIK3CA, RAF1, RET, ROS1, SF3B1, SMAD4, SMO
• Fusions de gènes : ALK, BRAF, ERG, ETV1, FGFR1, FGFR2, FGFR3, MET, NTRK1, NTRK3, RET, ROS1
• Saut de l’exon 14 de MET
• Nombre de copies des gènes (CNV) : CCND1, CCND2, CCND3, CDK4, CDK6, EGFR, ERBB2, FGFR1, FGFR2, FGFR3, MET, MYC
• Gênes suppresseur de tumeur : APC, FBXW7, PTEN, TP53

Ces gènes ont été identifiés comme étant fréquemment mutés dans plusieurs types de cancer, notamment : vessie, cerveau et système nerveux central, sein, col de l’utérus, côlon et rectum, endomètre, œsophage, estomac, tête et cou, rein, foie, poumon, mélanome, ovaire, pancréas, prostate, sarcome et thyroïde.

Limites de détection :
• SNV/indels courts : une limite de détection (LOD) d’un minimum de 0,1 % de fréquence d’allèles (AF) peut être atteinte avec une sensibilité de > 80 % et une spécificité de > 98 %*
• SNV/indels cibles complètes TP53 : 0,5 % d’AF (selon toutes les bases dans les amplicons)
• Fusions et saut d’exon MET : Le LOD d’un minimum de 1 % peut être atteint
• Cibles CNV : détection avec variation aussi faible que 1,4 fois.

Le kit d’isolation d’acide nucléique total sans cellules MagMAX (A36716) est fortement recommandé pour isoler l’ADN et l’ARN de la fraction plasmatique du sang total.

L’évolutivité et la flexibilité sont obtenues à l’aide de l’ensemble de codes-barres de séquençage de balises 1-24 ou 25-48 (No de cat. A31830 et A31847 respectivement) pour le multiplexage d’échantillons à code-barres sur les puces Ion S5.

L’analyse des SNV et des indels courts peut être réalisée à l’aide du logiciel Torrent Suite 5.2 ou version ultérieure. Afin d’analyser les SNV, les indels courts, les fusions et les CNV, le logiciel Ion Reporter 5.6 (basé sur cloud ou serveur) est requis.

Technologie
L’ADNc et l’ARNc sont détectés à des concentrations extrêmement faibles dans la fraction plasmatique du sang total. En raison de cette faible prévalence, une technologie de séquençage d’étiquettes est utilisée dans ce dosage. La technologie associe des marqueurs moléculaires uniques aux amorces spécifiques aux gènes. Après amplification, les molécules marquées sont regroupées en fonction des étiquettes. Les groupes contenant la même variante mutante dans 80 % des cas ou plus seront appelés positifs. Grâce à cette technologie de marquage, les groupes qui contiennent des erreurs aléatoires générées par le processus de séquençage/construction de la bibliothèque sont supprimés.

Contrairement à d’autres technologies avec des LOD de 1 à 5 %, le dosage sans cellules Pan-Cancer Oncomine a une limite de détection flexible jusqu’à 0,1 % pour les SNV ou une copie d’un mutant dans un fond de 1 000 copies de type sauvage. Pour atteindre 0,1 % de LOD, 20 ng d’ANTc d’entrée sont nécessaires. Des quantités plus faibles d’ANTc peuvent être utilisées, mais le pourcentage de LOD sera plus élevé en fonction de la quantité d’entrée.

Les biopsies liquides offrent plusieurs avantages par rapport aux biopsies de tumeurs solides classiques :
• Les échantillons de biopsie liquide sont moins invasifs. Ils peuvent être prélevés à plusieurs reprises afin de surveiller la progression du cancer
• Coût inférieur par rapport aux biopsies de tissus traditionnelles
• Temps de réponse plus rapide de l’échantillon aux résultats
• Meilleure représentation de l’hétérogénéité tumorale

*La sensibilité et la spécificité de chaque type de variante ont été déterminées à l’aide d’une collection de prélèvements d’échantillons positifs et d’ANTc isolés de donneurs sains normaux.