Étalon de digestion de levure TMT11plex Pierce™

L’étalon de digestion de levures Thermo Scientific Pierce TMT11 plex est un mélange de peptides de levure lyophilisés de quatre souches congéniques marquées avec des réactifs TMT11 plex pour surveiller les performances du système LC-MS/MS pour la quantification Tandem Mass Tag (TMT).

Caractéristiques de l’étalon de digestion de levures Pierce TMT11 plex :
• pratique—pré-étiqueté avec des réactifs TMT11plex dans un format lyophilisé prêt à l’emploi
• hautement validé—souches de levures vérifiées pour le génotype, mélange équimolaire des souches marquées au TMT et quantification globale des protéines à l’aide de TMT
• diagnostic—excellent outil de dosage CQ pour l’évaluation de la qualité de l’état des instruments LC et MS
• quantitatif—conçu pour mesurer la précision quantitative des ions rapporteurs TMT pour chacun des 11 canaux

Les stratégies protéomiques quantitatives à l’aide de réactifs TMT permettent le multiplexage d’échantillons et la mesure précise d’abondance des protéines. Cependant, l’exécution réussie de ce flux de travail comprend plusieurs étapes pouvant nécessiter une optimisation, notamment la chromatographie, la spectrométrie de masse (MS) et l’analyse des données. Un paramètre essentiel pour la réussite de ce flux de travail est la capacité à détecter systématiquement les ions en fragments TMT sur les 11 canaux de multiplexage. Cette norme a été spécifiquement conçue comme un outil permettant de surveiller les performances du système LC-MS/MS pour la quantification TMT et l’optimisation et la validation des méthodes MS.

L’étalon de digestion de levures Pierce TMT11plex est composé de quatre souches congéniques de Saccharomyces cerevisiae (une ligne parentale, BY4741, et trois lignes dépourvues de protéines non essentielles Met6, His4 ou Ura2) marquées en trois exemplaires (souches d’invalidation) ou en double (souche parentale) avec des réactifs de marquage TMT11-plex (voir figure). Les souches d’invalidation sont utilisées en association avec la souche parentale pour permettre la comparaison de l’abondance des peptides et des protéines dans les souches supprimées et parentales afin de surveiller les performances du système pour la quantification.

Outre l’évaluation de contrôle de la qualité de routine, la norme peut également être utilisée comme outil de développement de méthodes pour mesurer l’exactitude, la précision et la gamme dynamique de différentes approches MS, notamment l’optimisation des paramètres de fractionnement hors ligne, de chromatographie, d’acquisition de MS ou d’analyse de données.

Les applications multifonctionnelles de cette norme permettront une quantification TMT plus reproductible d’un jour à l’autre et d’une expérience à l’autre.

Références :
1. Paulo JA, O’Connell JD, Gygi SP. A Triple Knockout (TKO) Proteomics Standard for Diagnosing Ion Interference in Isobaric Labeling Experiments. J Am Soc Mass Spectrom : 2016 10:1620-5.
2. Yang F, Shen Y, Camp DG 2nd, Smith RD. High-pH reversed-phase chromatography with fraction concatenation for 2D proteomic analysis. Expert Rev Proteomics. 2012 9(2):129-34.
3. Dayon L, Pasquarello C, Hoogland C, Sanchez JC, Scherl A. Combining low- and high-energy tandem mass spectra for optimized peptide quantification with isobaric tags. J Proteomics. 2010 73(4):769-77.
4. Diedrich JK, Pinto AF, Yates JR 3rd. Energy dependence of HCD on peptide fragmentation: stepped collisional energy finds the sweet spot. J Am Soc Mass Spectrom : 2013 24(11):1690-9.
5. Chiva C, Sabidó E. HCD-only fragmentation method balances peptide identification and quantitation of TMT-labeled samples in hybrid linear ion trap/orbitrap mass spectrometers. J Proteomics. 2014 96:263-70.

Produits associés :
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