Le panel AgriSeq Applied Biosystems sur les marqueurs et les troubles du parentage et de l’identification (PITD) des félins (Applied Biosystems AgriSeq Feline Parentage and Identification Plus Trait and Disorders) est un panel combiné pour déterminer le parentage et l’identification (111 marqueurs SNP) et cibler des traits et des troubles cliniquement importants (43 marqueurs SNP, 1 MNP, 20 indel) chez les félins par génotypage par séquençage (GBS). Si vous le souhaitez, vous pouvez ajouter des marqueurs personnalisés supplémentaires à partir du génome de référence Felis_catus_8.0, s’ils sont compatibles. Le panel AgriSeq sur les PITD des félins permet le génotypage simultané multiplexé à l’aide du flux de travaux GBS ciblé AgriSeq. Le génome de référence Felis_catus_8.0 est utilisé pour l’analyse.

Une détection des marqueurs génétiques informatifs d’une grande uniformité est essentielle à la détection des caractères génétiques. Les méthodes de GBS ciblé, comme AgriSeq, ont l’avantage sur les approches de GBS non ciblé (par exemple, RADSeq) lors desquelles les pertes d’allèles et les données manquantes sont très probables. Grâce au flux de travaux AgriSeq, des centaines, voire des milliers, de marqueurs peuvent être ciblés simultanément de manière hautement reproductible sur divers ensembles d’échantillons. En collaboration avec de nombreux experts et laboratoires membres de l’ISAG, nous avons développé et validé les performances des 175 marqueurs SNP du panel. Les performances du panel ont été vérifiées à l’aide de tests orthogonaux, de tests de robustesse et de tests sur le terrain avec divers échantillons d’écouvillons oraux d’ADN félin. Les 111 marqueurs de parentage et d’identification SNP ont également été qualifiés à l’aide des échantillons de comparaison des félines de typage 2e SNP ISAG/ICAR 2019. Le panel AgriSeq complet sur les PITD des félins est conçu pour fournir des résultats de génotypage fiables pour la détermination du parentage, la vérification de l’identité et la prévision de troubles et de traits génétiques cliniquement importants.

Les caractéristiques du panel AgriSeq sur les PITD des félins comprennent :
• Génotypage reproductible de 111 marqueurs SNP pour la détermination du parentage et de l’identité
• Génotypage reproductible de 64 marqueurs (43 SNP, 1 MNP, 20 indel) ciblant 42 troubles génétiques et 22 caractères
• Flux de travaux simple et à haut débit
• Approche personnalisable pour la combinaison avec des marqueurs compatibles de traits et de troubles

Taux d’appel moyen supérieur à 99 % pour les marqueurs
Une reproductibilité et un taux d’appel pour le génotype élevés sont indispensables pour déterminer précisément le parentage et l’identité ou pour prédire avec précision les traits et les troubles. Des échantillons très divers d’ADN félin prélevé avec des écouvillons oraux sur le terrain ont été évalués à l’aide du flux de travaux GBS ciblé AgriSeq, et un taux d’appel d’échantillons moyen de 99,3 % a été obtenu pour la plupart des marqueurs (voir figure ci-dessous). La concordance des génotypes répliquée était supérieure à 99,5 % et les appels étaient hautement concordants avec les données orthogonales (100 %).

Flux de travail simple et à haut débit
Le panel AgriSeq sur les PITD des félins a été optimisé pour une utilisation dans le flux de travaux GBS ciblé AgriSeq. Jusqu’à 768 échantillons uniques peuvent être regroupés par puce, ce qui réduit considérablement le coût de séquençage et la main-d’œuvre par animal. Jusqu’à quatre de 384 plaques à puits peuvent être traitées en une seule journée et les résultats de séquençage complets peuvent être obtenus en trois jours. La flexibilité du flux de travaux AgriSeq permet de regrouper des centaines d’échantillons en un seul cycle de séquençage ciblant des centaines voire des milliers de marqueurs.

Combinez le panel AgriSeq sur les PITD des félins avec d’autres marqueurs pour une valeur de test maximale
Le flux de travaux GBS ciblé AgriSeq est très flexible, ce qui permet l’ajout de marqueurs et de panels compatibles pour un génotypage efficace et de grande valeur. Que vous cherchiez à combiner l’analyse de parentage avec des marqueurs de caractères spécifiques souhaités ou des marqueurs de défauts génétiques pour en éliminer les porteurs dans les programmes de reproduction, notre équipe dédiée de spécialistes en bio-informatique agrigénomique est disponible pour vous aider à concevoir des panels de hautes performances.

Le panel AgriSeq sur les PITD des félins, ainsi que le flux de travaux AgriSeq, offrent une méthode rationalisée et rentable pour la vérification du parentage et la détermination de l’identité des félins, ou la prévision des traits et des troubles.

REMARQUE : Le génome de référence Felis_catus_8.0 et d’autres fichiers nécessaires à l’analyse du panel AgriSeq sur les PITD des félins peuvent être obtenus en contactant le support technique.