Invitrogen™

OncoStat Panel, SNAP-ChIP™ Spike-in

Le SNAP-ChIP (normalisation de l’échantillon et immunoprécipitation de la chromatine de profilage des anticorps) est une technologie exclusive produite parAfficher plus

Référence	Quantité
A47343	10 réactions

Référence A47343

Prix (EUR)

447,00

Quantité:

10 réactions

Prix (EUR)

447,00

Le SNAP-ChIP (normalisation de l’échantillon et immunoprécipitation de la chromatine de profilage des anticorps) est une technologie exclusive produite par EpiCypher. Elle s’appuie sur des nucléosomes semi-synthétiques avec des codes-barres d’ADN portant des mutations histoniques distinctes comme contrôles spike-in ChIP.

• Étalons homogènes entièrement définis représentant fidèlement les mononucléosomes cibles dans l’échantillon expérimental
• Nucléosomes soumis à un contrôle qualité rigoureux pour assurer la cohérence entre les lots
• Codes-barres d’ADN uniques pouvant être distingués des génomes d’échantillons expérimentaux
• Spike-ins permettant de lire directement les performances des anticorps par ChIP
• Possibilité de surveiller la variabilité technique entre les échantillons
• Normes définies permettant une normalisation universelle de l’ensemble des expériences

Les panneaux SNAP-ChIP sont directement compatibles avec votre flux de travail actuel ChIP, avec des nucléosomes semi-synthétiques portant des mutations d’intérêt immunoprécipitées et traitées avec de la chromatine d’échantillon.

Les utilisateurs peuvent surveiller directement les capacités des anticorps (spécificité et enrichissement) lors d’une expérience ChIP en mesurant la récupération des nucléosomes sur et en dehors des cibles. Les spike-ins SNAP peuvent également être utilisés comme norme définie afin de normaliser vos données ChIP et de pouvoir contrôler la variabilité technique entre les expériences.

Le panneau OncoStat est constitué d’un pool de nucléosomes comportant sept marques bien étudiées de mutations histoniques H3.3 impliquées dans le cancer (histones H3.3K4M, H3.3K9M, H3.3K27M, H3.3G34R, H3.3G34V, H3.3G34W et H3.3K36M) et un contrôle H3.3 de type sauvage. Par ailleurs, ces huit nucléosomes sont tous enveloppés par deux codes-barres d’ADN indépendants (panneau contenant 16 codes-barres en tout), ce qui permet de réaliser une réplication technique interne durant chaque réaction ChIP. Un seul spike-in du panneau permet aux utilisateurs de vérifier la spécificité des anticorps en examinant la récupération post-IP des nucléosomes SNAP-ChIP sur et en dehors de la cible, ce qui permet ainsi de prendre en charge la génération de données ChIP de haute qualité.

Usage exclusivement réservé à la recherche. Ne pas utiliser pour des procédures de diagnostic.

Spécifications

DescriptionPanel de nucléosomes recombinants

Nbre de tests10 réactions

Quantité10 réactions

Gamme de produitsOncoStat, SNAP-ChIP

Type de produitPanel SNAP-ChIP

Unit SizeEach

Contenu et stockage

Conserver entre -5 et -30°C.

Foire aux questions (FAQ)

Can you please recommend specific histone PTM antibodies?

Thermo Fisher Scientific (https://www.thermofisher.com/us/en/home.html), in collaboration with EpiCypher, has performed extensive antibody testing for various histone PTMs, using SNAP-ChIP spike-in control panels to validate antibody specificity. For more information, please go to:
https://www.thermofisher.com/us/en/home/life-science/antibodies/invitrogen-antibody-validation/SNAP-ChIP-antibody-validation.html.

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Will the SNAP-ChIP spike-ins affect the required sequencing depth?

The SNAP-ChIP spike-ins represent <<1% of total nucleosomes in the sample, so sequencing depth is unaffected.

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With SNAP-ChIP panels, do you have specific guidelines for running the sequencing?

Paired-end sequencing is recommended for several reasons:
- Because the reverse barcodes are unique to each dNuc within a panel, they will not be reachable from the top strand in many NGS configurations (e.g., single end 50, 75, or 100 bp sequencing). Thus, half of the data associated with the SNAP-ChIP spike-ins (those from the top strand) cannot be confidently aligned to a specific nucleosome in the panel and will be discarded. The read depth associated with the SNAP-ChIP spike-ins will be concomitantly reduced.
- Paired-end sequencing allows read filtering to eliminate data associated with dinucleosomes (immunoprecipitated more efficiently than mononucleosomes* and thus overrepresented in the sequencing data). This bias can be mitigated by excluding fragments sized >220 bp from analysis.
* Grzybowski, A. T., Chen, Z. & Ruthenburg, A. J. Calibrating ChIP-Seq with Nucleosomal Internal Standards to Measure Histone Modification Density Genome Wide. Molecular Cell 58: 886-899, doi:10.1016/j.molcel.2015.04.022 (2015).

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Can you please recommend a native ChIP protocol to use with SNAP-ChIP spike-in?

Please see the following reference for a detailed native ChIP method:
Brand, M., Rampalli, S., Chaturvedi, C. P. & Dilworth, F. J. Analysis of epigenetic modifications of chromatin at specific gene loci by native chromatin immunoprecipitation of nucleosomes isolated using hydroxyapatite chromatography. Nature Protocols 3: 398-409, doi:10.1038/nprot.2008.8 (2008).

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I am planning to use SNAP-ChIP panels. Why should I use a native ChIP protocol with micrococcal nuclease (MNase) digestion vs. crosslinking/sonication?

SNAP-ChIP spike-in is directly compatible with both native and crosslinked approaches though the former is recommended. Crosslinking can impact antibody specificity and enrichment because crosslinked chromatin becomes more sticky and susceptible to epitope masking. In our experience, signal-to-noise ratios are often decreased in crosslinked samples compared to native ChIP.
In contrast, a native nuclei preparation that is micrococcal nuclease-digested to yield >95% pure mononucleosomes will yield samples that more closely resemble the SNAP-ChIP spike-ins (i.e., unfixed mononucleosomes). As a result, data obtained from the SNAP-ChIP controls will be most representative of the experimental samples.

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