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基因组DNA分离

人们通常使用260nm和280nm(A260/A280)的吸光度比值来衡量样本纯度。对于DNA而言,理想的比值为1.8,容许的范围在1.7-1.9之间。同时,A260/A230的比值也可用于检验样品是否存在其他物质的污染。DNA分子的理想比值范围在1.8-2.0。DNA的纯度也可通过琼脂糖凝胶电泳来检验。例如对于基因组DNA而言,需要观察长片段的平均大小。

在此推荐我们的ChargeSwitch®技术,这种DNA纯化技术针对微量或降解样本有很高的灵敏度。

请浏览此网页,该网页介绍了从血液中分离基因组DNA的各种试剂盒的特点。

是的,我们提供ChargeSwitch® 法医DNA纯化试剂盒。请点击 此处了解更多关于DNA提取的信息。

根据起始样品量和纯化方式的不同,我们专门设计了几种针对植物DNA提取的试剂盒。请点击此 链接了解我们目前供应的各种植物DNA提取试剂盒的特点。

我们推荐使用我们的PureLink®基因组DNA小提试剂盒或ChargeSwitch® 细菌基因组DNA小提试剂盒(货号CS11301),两款试剂盒均能够用于提取革兰氏阳性和革兰氏阴性的细菌样本。这种简易的单管操作方案无需离心或过滤步骤。请点击此处了解更多关于细菌DNA提取的信息。

我们推荐使用ChargeSwitch® 口腔细胞基因组DNA试剂盒,这款产品专用于从口腔细胞样本中分离高品质的基因组DNA。同时我们也提供标准化试剂盒(normalized kits),确保用户针对不同样品分离所得的DNA浓度进行标准化处理。

我们为此提供了三种试剂盒:用于FFPE组织的RecoverAll™总核酸分离试剂盒,MagMAX™ FFPE总核酸分离试剂盒和MagMAX™ FFPE DNA分离试剂盒。请点击此处详细了解三种试剂盒的各自特点及差异。

许多因素都可能影响从FFPE组织提取的DNA的总体质量和得率。以下为我们就如何解决这些关键影响因素而提出的一些建议:

  1. 组织获取和样本制备 - 在条件允许的情况下,组织应在外科切除下来后一小时内固定。使用中性福尔马林或多聚甲醛缓冲液固定的最佳时长为12-24小时。固定后的组织进入包埋程序之前,应彻底脱水。
  2. 组织块的储存 -在条件允许的情况下,储存的组织块尽量保证无切面。如果出现切面,氧气、水、光、以及外源感染(如真菌、昆虫等)等其他环境因素可能会造成组织块的进一步破坏。
  3. 用于DNA分离的组织类型、大小和数量 – 建议的组织厚度为10-20 µm。所用的切片数量取决于组织类型(决定细胞密度)和表面积大小(推荐大小:50-300 mm2)。过量的起始材料可能导致过滤柱堵塞,导致得率下降。
  4. 包埋组织时的过量石蜡 - 在条件允许的情况下,在纯化操作之前脱去组织样本上过多的石蜡。对于二甲苯纯化法而言,室温条件下的两次二甲苯处理通常能够彻底脱石蜡。必要情况下,可在更为强效的37–55°C条件下处理达30分钟。在二甲苯脱蜡操作完成后,须对沉淀物进行两次100%乙醇漂洗,再彻底去除100%乙醇。磁珠法采用全新的化学方法来处理石蜡,所选用的组织切片应在20 µm以内。

请点击此处阅读更多关于FFPE样本核酸提取的信息。

此处提供了一份用于DNA/RNA纯化的单独供应的缓冲液列表。

Yes. However, the yield from frozen blood is significantly lower than the yield from fresh blood.

The JetQuick Blood and Cell Culture DNA Maxiprep Kit can be used for blood samples >10 ml. The manual offers a protocol for the concentration of the sample first.

No. The JetQuick Blood and Cell Culture DNA Midiprep Kit and Maxiprep Kit are not validated for tissue samples.

Yes. However, the yield from frozen blood is significantly lower than the yield from fresh blood.

Trizol® 试剂

苯酚相和中间相可于4°C条件下过夜储存。样本也可在清洗液(用10%的酒精配置的0.1 M柠檬酸钠)中储存至少几个小时。也可将样本重悬于75%的乙醇中,在4°C条件下储存数月。

可以,单链DNA将在DNA相中分离。

DNAzol® 试剂

DNAzol®试剂可以用于组织、细胞或血液的DNA提取。DNAzol是一款包含了胍盐去垢剂的裂解液,能够选择性地沉淀细胞裂解液中的DNA。使用1 mL DNAzol®试剂能够从50 mg组织或1x107至3x107个细胞中分离基因组DNA。DNAzol® BD试剂专用于分离血液基因组DNA。使用1 mLDNAzol® BD试剂能够从0.5 mL全血中分离基因组DNA。植物DNAzol®试剂专用于分离植物基因组DNA。使用0.3 mL植物DNAzol®试剂能够从0.1 g植物组织中分离基因组DNA。

我们推荐将DNAzol®试剂储存于室温(一年之内可保持稳定),也可以将其储存于4°C。在37°C条件下储存1周并未显示不良效应。DNAzol®的裂解物(匀浆)可于15–30°C下储存1个月;在4°C或–20°C条件下储存10个月之后,DNAzol®裂解物(匀浆)中仍能够提取得到高分子量的、可被限制性内切酶完全酶切的基因组DNA,且DNA在PCR反应中也可以得到较好的结果。在漂洗阶段,DNA可以保存于95%的乙醇中,在15°C至30°C至少储存一周,或4°C左右条件下至少储存三个月。DNA保存于DNAzol®试剂中,可于室温下储存一个月,或4°C下储存十个月。

如需降低/去除样本中的RNA量,请使用1 µg/mL RNase A处理基因组DNA。

无需进行胰酶消化。直接在10 cm2的培养皿中加入1 mL DNAzol®试剂。前后摇晃平板,使DNAzol均匀覆盖培养皿。将裂解产物吸入离心管中,加入酒精用于沉淀基因组DNA。如果您希望用胰酶消化以便对细胞进行计数,请于胰酶消化之后离心得到用于DNA分离的细胞沉淀。完全吸去上清液后,向细胞沉淀中加入DNAzol®试剂。吹打细胞3–4次以使其彻底裂解,然后进行离心。

使用DNAzol®试剂分离得到的实际上是总DNA,所以质粒DNA也会和基因组DNA一并分离出来。线粒体基因组与质粒类似,也可通过DNAzol®试剂分离出来。可将离心步骤之前的乙醇室温孵育步骤从1分钟延长至5-10分钟,以获得最大的DNA得率。

GeneCatcherTM试剂盒

GeneCatcherTM技术利用磁珠分离基因组DNA。它专用于从人类血液中提取基因组DNA,无需离心步骤。GeneCatcherTM试剂盒还专门进行了设计和优化,可使用自动化液体处理平台Tecan Freedom EVO从血液中分离基因组DNA。请点击此处浏览完整的工作流程。

是的,该试剂盒兼容EDTA、柠檬酸和肝素。在使用GeneCatcherTM血液gDNA试剂盒时,尽管不会影响其纯化效果,但我们并不建议采用肝素作为抗凝剂,因为痕量级的肝素都可能成为强效的PCR抑制剂。

可以。处理全血白细胞层时,可使用与获得此白细胞层样本的全血相同体积的试剂来处理样本。如果原始血液样本的体积超过10 mL,可能需要将样本分成多等份来处理。

MagMaxTM设备

请点击此链接了解两套系统的比较结果。

MagMAX™ Express-96磁珠处理仪可兼容MagMAXTM Express-96孔板,深孔反应板(方孔)及PCR反应板(带裙边)。每一类型的反应板都有对应的优化过的MagMAXTM Express-96磁棒头和吸头。在这三种类型反应板中,MagMAXTM Express-96孔板可兼容所有三类磁头。方形孔的深孔板的样本最小体积必须为每孔2.2 mL(带盖2.0 mL)。

可以。您可在同一次运行中使用深孔板和MagMAXTM Express-96孔板。因此,您可以先采用较大体积的反应板开始处理,之后将纯化样本洗脱到小体积反应板(MagMAXTM Express-96孔板)中。

样品类型

起始材料量

常规得率

小鼠脑

10 mg

10–30 µg

小鼠肝脏

10 mg

15–60 µg

小鼠尾

0.5 cm

10–40 µg

小鼠脾脏

10 mg

15–80 µg

培养细胞

1x10^5个细胞

15–30 µg

全血白细胞层

50 µL

5–15 µg

血液样本

50 µL

1–3 µg

Whatman® FTA或SS 903卡

2次点样

0.2–1 µg

口腔拭子

单个拭子

0.2–1 µg

我们提供完整的MagMAXTM Express-96系统(又称MagMAXTM Express-96磁珠处理仪),能够以96孔板的形式纯化和处理蛋白、DNA、RNA和细胞样品。该处理仪能按照预先载入的纯化方案自动处理磁珠。

MagMAXTM Express-96的磁体使用非常稳定的材料制成。磁体的磁性不会变弱。不过,极端的机械外力或加热可能会对磁体造成损坏。

注:务必使MagMAXTM Express-96的磁棒头远离其他磁棒或其他磁体。磁体相互接触会引起严重损坏。

MagMAXTM Express-96系统不可靠近磁带、计算机磁盘及信用卡等磁性存储系统,这些物品可能会被MagMAXTM Express-96磁棒的强力磁场所损坏。MagMAXTM Express-96磁棒头不可靠近PC显示器,否则将可能造成显示器损坏。操控MagMAXTM Express-96磁棒头时,不可使用金属工具。

警告:本产品含有强力永磁体。佩戴心脏起搏器或金属义肢的人员不宜使用此设备。心脏起搏器或义肢靠近强磁场时,性能可能受到影响或发生损坏。

加热模块位于仪器内部,在实验方案执行过程中会被自动调用。MagMAXTM Express-96孔板与PCR反应板(带裙边)都能够通过专门设计的,可互换的加热模块进行加热。在实验方案中,可添加任意数量的加热步骤。在实验方案的执行过程中,当进入加热步骤时,反应板会自动移至专用的加热位置。加热步骤结束后,实验方案将自动进入下一步骤。

注:无法加入冷却步骤。

加热模块每分钟升温10°C,因此需要6分钟左右。

我们强烈建议保持每孔的液体体积在指定的限值范围内,以免试剂溢出。

由磁套进行的试剂混合发生在液面以下,这样可防止使用MagMAXTM Express仪器时出现气溶胶和溢出。

共有2排,每排12个磁棒头;2个上样板。

推荐使用深孔板。对于更大体积的样品(可达400 μL),请使用深孔配置。

很遗憾,没有。

有的,您可使用0.1 mM EDTA作为替代品(但是磁珠会沉降得慢一些)。

您可以根据您的实验操作习惯及具体实验需求选择磁力架。使用AM10027的磁力架,磁珠会聚集每孔的一侧,这样更有利于使用移液器从孔的另一侧吸取液体。AM10050的磁极在孔的周围,因此磁珠会在孔的周围聚集成环,更有利于使用自动化液体操作平台进行操作。

Table 1 of the manual lists all the different plants we have tested with the kit and the approximate DNA yields to expect.

You can find the .bdz files on the product page.

If higher DNA concentration is needed, the elution volume can be reduced to 50 µL when using the KingFisher Flex instrument. However, we have not tested this and the script may have to be changed accordingly.

PVP adsorbs polyphenols, removing them from the final eluate. DTT, a reducing agent, protects the DNA from degradation by preventing the oxidation of polyphenols. We generally recommend adding PVP for woody, lignified, or polyphenol samples (branches, twigs, needles, and wax-coated leaves). DTT can be helpful when working with seeds. Some seeds (e.g., seeds with a pesticide coat) do benefit from addition of PVP to Lysis Buffer A. If DTT supplementation to Lysis Buffer A was already attempted and has not helped, try again with PVP instead.

iPrepTM纯化仪

是的,iPrepTMPureLink®总RNA试剂盒可胜任此项应用。当屏幕上出现提示时,您可选取“No DNase(无DNA酶)”项。这样仪器就会收集样本中所有类型的核酸。不过,此试剂盒并没有为纯化DNA而进行过优化,所以由于裂解/结合缓冲液中GITC的存在,RNA和磁珠的结合能力会高于DNA。

iPrepTM纯化仪能够从多达13份样本(12份样本和1份阳性对照)中自动纯化核酸。您需要购买一款iPrepTM试剂盒,其中包含了样本制备试剂,其它相关试剂以及iPrepTM实验方案储存卡(iPrepTM Protocol Card),后者中预先编有纯化方案程序,指定了所应用的试剂体积和孵育时间。

iPrepTM试剂盒

推荐的iPrepTM储存卡

iPrepTMChargeSwitch® 组织基因组DNA提取试剂盒

iPrepTM血液与组织基因组DNA卡

iPrepTMChargeSwitch® 法医试剂盒

iPrepTM法医卡(包含口腔应用方案)

iPrep™ ChargeSwitch® 口腔细胞试剂盒

iPrepTM法医卡(包含口腔应用方案)

The iPrep™ Purification Instrument has been discontinued but we still offer iPrep™ purification kits and pre-programmed iPrep™ protocol cards to go along with the instrument.

PCR产物的纯化

纯化的片段大小介于100 bp与12 kb之间。我们的试剂盒附带两款缓冲液,结合缓冲液(B2)与结合缓冲液HC(B3)。结合缓冲液HC(B3)能够去除引物二聚体和小于300bp的扩增失败的短PCR产物。

与原试剂盒相比,微量试剂盒使用了相同的缓冲液(HC缓冲液除外),不同的纯化柱(微量)。试剂盒套装中包含了相同的离心柱,但多了一种用于凝胶中DNA提取的缓冲液,溶胶液(Gel Solubilization Buffer,L3)。

纯化的片段大小应介于100 bp与12 kb之间。

PureLink® PCR纯化试剂盒与PureLink® 凝胶纯化试剂盒两者间的缓冲液和操作步骤均不同。因此,您可以换用离心柱,但须注意使用正确的缓冲液和实验方案。

是的,您可以使用我们的试剂盒来纯化限制性内切酶酶切后的质粒DNA。

是的,您可以使用PureLink® PCR快速纯化试剂盒从液体样本中纯化任何100bp至12kb的双链DNA。超螺旋DNA也能够被纯化,只是可能会出现一些切口。

PureLink®试剂盒基于离心柱形式,而ChargeSwitch®试剂盒基于磁珠技术。在低pH条件下,磁珠带有正电从而能够结合带负电的核酸。

有的,请参见 页面,来比较ChargeSwitch®-Pro PCR纯化试剂盒与QIAquick® PCR纯化试剂盒两者所纯化的扩增子的测序结果。

琼脂糖凝胶提取

抱歉,我们不单独销售结晶紫。不过,TOPO XL试剂盒以及S.N.A.P.TM非紫外照射型凝胶纯化试剂盒(货号K200025)中均包含了本品。

可以,我们的凝胶提取试剂盒和TAE及TBE琼脂糖凝胶均兼容。

40bp至10kb范围内的DNA片段均可通过PureLink® 快速凝胶提取试剂盒进行纯化。不过,小于80bp的片段的回收率可能会降低50%乃至更多。对于单链DNA与RNA,下限为200nt。

可以,用水洗脱是可以的,不过请确保水质洁净,pH介于7.5和8.5之间。

常规和低熔点琼脂糖凝胶均适用。当凝胶浓度超过2%时,每100 mg 胶使用600 μL溶胶液进行溶解。

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