BS3-d0 (bis(sulfosuccinimidyl) suberate-d0)

Thermo Scientific Pierce BS3-d0/d4 Reagenzien bilden einen zusammenpassenden Satz von schweren (deuterierten) und leichten Massenvarietäten des BS3-aminreaktiven Crosslinkers, der die Identifizierung der vernetzten Peptide durch Massenspektrometrie erleichtert.

Die BS3-d0/d4 Reagenzien sind Massen-Analoga des beliebten BS3 Crosslinkers (Art.-Nr. 21580). Die d-Zero-Variante (BS3-d0) besitzt gewöhnliche Wasserstoffatome, während die d-Four-Variante (BS3-d4) vier Deuteriumatome enthält, die sie genau vier Wasserstoffmasseneinheiten schwerer machen. Wenn die beiden Sorten gemischt und zur Vernetzung interagierender Proteine verwendet werden, ergeben sich charakteristische Massenmuster, die eine eindeutige Identifizierung der vernetzten Moleküle ermöglichen.

Merkmale von BS3-d0/d4 Reagenzien:

• Deuterium-markiertes BS3 und sein standardmäßiges, reines Wasserstoff-Analogon – Speziell für die Vernetzung von Proteinen zur Struktur-Funktionsanalyse mittels Massenspektrometrie
• Leichte Identifizierung vernetzter Fragmente – Peptidmassen, die sich durch vier Einheiten unterscheiden, identifizieren eindeutig die Quervernetzung an spezifischen Loci innerhalb einer Proteininteraktionsstruktur
• Anwendungsspezifische Instruktionen – Führen den Erstanwender durch die Anwendung
• Die Methode erfordert nur Mikrogrammmengen von Protein – Eine hervorragende Alternative zu NMR- oder Röntgenkristallographie-basierten Methoden, die große Mengen an Proteinen, spezielle Lösungsmittel oder Kristallbildung erfordern

Die Zugabe einer äquimolaren Mischung aus zwei identischen Vernetzungsmitteln, die sich nur in der Anzahl der Deuteriumatome in ihren chemischen Strukturen unterscheiden, bietet eine leistungsfähige Methode zur Identifizierung von nur in geringer Konzentration vorliegenden einzeln miteinander vernetzten Peptiden mittels Massenspektrometrie. Die Vernetzung von Proteininteraktionen mit BS2G-d0/d4 Reagenzien erzeugt charakteristische Massenmuster, bei denen sich vernetzte Peptide nach dem enzymatischen Verdau des vernetzten Protein- oder Proteinkomplexes durch vier Masseneinheiten unterscheiden. Eine weitere Analyse der Reaktionsprodukte kann zu dreidimensionalen Strukturinformationen mit niedriger Auflösung führen.

Die Reagenzien BS3-d0/d4 und BS2G-d0/BS2G-d4 sind homobifunktionale, Amin-reaktive, nicht spaltbare, wasserlösliche Vernetzungsmittel mit definierter Länge der Spacerarme. Diese Reagenzien können als molekulare Lineale zur Schätzung räumlicher Beziehungen in Struktur-Funktionsuntersuchungen von Proteinen dienen. Sowohl leichte als auch deuterierte Analoga reagieren effizient mit primären Aminen (–NH2) bei pH 7 bis 9, um stabile Amidbindungen zu bilden. Proteine enthalten in der Regel mehrere primäre Amine in der Seitenkette von Lysin-(K)-Resten und am N-Terminus jedes Polypeptids, die als Zielmoleküle für die beiden Sulfo-NHS-Ester-reaktiven Gruppen in jedem dieser Reagenzien zur Verfügung stehen. Diese Reagenzien werden als Natriumsalz geliefert und sind in Wasser mit einer Konzentration von bis zu 10 mM löslich.

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